始帝信任子澄與泰，聚事削籓。兩人本書生，兵事非其所長。當耿炳文之敗也，子澄謂勝敗常事，不足慮。因薦曹國公李景隆可大任，帝遂以景隆代炳文。而景隆益無能為，連敗於鄭村壩、白溝河，喪失軍輜士馬數十萬。已，又敗於濟南城下。帝急召景隆還，赦不誅。子澄慟哭，請正其罪。帝不聽。子澄拊膺曰：「大事去矣，薦景隆誤國，萬死不足贖罪！」
及燕兵漸南，與齊泰同謫外，密令募兵。子澄微服由太湖至蘇州，與知府姚善倡義勤王。善上言：「子澄才足捍難，不宜棄閒遠以快敵人。」帝復召子澄，未至而京城陷。欲與善航海乞兵，善不可。乃就嘉興楊任謀舉事，為人告，俱被執。子澄至，成祖親詰之。抗辨不屈，磔死。族人無少長皆斬，姻黨悉戍邊。一子變姓名為田經，遇赦，家湖廣咸寧。正德中，進士黃表其後雲。
楊任，洪武中由人材起家，歷官袁州知府。時致仕，匿子澄于家，亦磔死。二子禮、益俱斬。親屬戍邊。
方孝孺，字希直，一字希古，寧海人。父克勤，洪武中循吏，自有傳。孝孺幼警敏，雙眸炯炯，讀書日盈寸，鄉人目為「小韓子。」長從宋濂學，濂門下知名士皆出其下。先輩胡翰、蘇伯衡亦自謂弗如。孝孺顧末視文藝，恆以明王道、致太平為己任。嘗臥病，絶糧，家人以告，笑曰：「古人三旬九食，貧豈獨我哉！」父克勤坐「空印」事誅，扶喪歸葬，哀動行路。既免喪，復從濂卒業。
洪武十五年，以吳沉、揭樞薦，召見。太祖喜其舉止端整，謂皇太子曰：「此莊士，當老其才。」禮遣還。後為仇家所連，逮至京。太祖見其名，釋之。二十五年，又以薦召至。太祖曰：「今非用孝孺時。」除漢中教授，日與諸生講學不倦。蜀獻王聞其賢，聘為世子師。每見，陳說道德。王尊以殊禮，名其讀書之廬曰「正學。」
及惠帝即位，召為翰林侍講。明年遷侍講學士，國家大政事輒咨之。帝好讀書，每有疑，即召使講解。臨朝奏事，臣僚面議可否，或命孝孺就扆前批答。時修《太祖實錄》及《類要》諸書，孝孺皆為總裁。更定官制，孝孺改文學博士。燕兵起，廷議討之，詔檄皆出其手。
建文三年，燕兵掠大名。王聞齊、黃已竄，上書請罷盛庸、吳傑、平安兵。孝孺建議曰：「燕兵久頓大名，天暑雨，當不戰自疲。急令遼東諸將入山海關攻永平；真定諸將渡盧溝搗北平，彼必歸救。我以大兵躡其後，可成擒也。今其奏事適至，宜且與報書，往返逾月，使其將士心懈。我謀定勢合，進而蹴之，不難矣。」帝以為然。命孝孺草詔，遣大理寺少卿薛嵓馳報燕，盡赦燕罪，使罷兵歸籓。又為宣諭數千言授嵓，持至燕軍中，密散諸將士。比至，嵓匿宣諭不敢出，燕王亦不奉詔。五月，吳傑、平安、盛庸發兵擾燕餉道。燕王復遣指揮武勝上書，伸前請。帝將許之。孝孺曰：「兵罷，不可復聚，願毋為所惑。」帝乃誅勝以絶燕。未幾，燕兵掠沛縣，燒糧艘。時河北師老無功，而德州又饋餉道絶，孝孺深以為憂。以燕世子仁厚，其弟高煦狡譎，有寵于燕王，嘗欲奪嫡，謀以計間之，使內亂。乃建議白帝：遣錦衣衛千戶張安賫璽書往北平，賜世子。世子得書不啟封，並安送燕軍前。間不得行。
明年五月，燕兵至江北，帝下詔征四方兵。孝孺曰：「事急矣。遣人許以割地，稽延數日，東南募兵漸集。北軍不長舟楫，決戰江上，勝負未可知也。」帝遣慶成郡主往燕軍，陳其說。燕王不聽。帝命諸將集舟師江上。而陳瑄以戰艦降燕，燕兵遂渡江。時六月乙卯也。帝憂懼，或勸帝他幸，圖興復。孝孺力請守京城以待援兵，即事不濟，當死社稷。乙丑，金川門啟，燕兵入，帝自焚。是日，孝孺被執下獄。
先是，成祖發北平，姚廣孝以孝孺為托，曰：「城下之日，彼必不降，幸勿殺之。殺孝孺，天下讀書種子絶矣。」成祖頷之。至是欲使草詔。召至，悲慟聲徹殿陛。成祖降榻，勞曰：「先生毋自苦，予欲法周公輔成王耳。」孝孺曰：「成王安在？」成祖曰：「彼自焚死。」孝孺曰：「何不立成王之子？」成祖曰：「國賴長君。」孝孺曰：「何不立成王之弟？」成祖曰：「此朕家事。」顧左右授筆札，曰：「詔天下，非先生草不可」孝孺投筆于地，且哭且罵曰：「死即死耳，詔不可草。」成祖怒，命磔諸市。孝孺慨然就死，作絶命詞曰：「天降亂離兮孰知其由，奸臣得計兮謀國用猶。忠臣發憤兮血淚交流，以此殉君兮抑又何求？鳴呼哀哉兮庶不我尤！」時年四十有六。其門人德慶侯廖永忠之孫鏞與其弟銘，檢遺骸瘞聚寶門外山上。
孝孺有兄孝聞，力學篤行，先孝孺死。弟孝友與孝孺同就戮，亦賦詩一章而死。妻鄭及二子中憲、中愈先自經死，二女投秦淮河死。
孝孺工文章，醇深雄邁。每一篇出，海內爭相傳誦。永樂中，藏孝孺文者罪至死。門人王稌潛錄為《侯城集》，故後得行于世。
仁宗即位，諭禮部：「建文諸臣，已蒙顯戮。家屬籍在官者，悉宥為民，還其田土。其外親戍邊者，留一人戍所，余放還。」萬曆十三年三月，釋坐孝孺謫戍者後裔，浙江、江西、福建、四川、廣東凡千三百餘人。而孝孺絶無後，惟克勤弟克家有子曰孝復。洪武二十五年嘗上書闕下，請減信國公湯和所加寧海賦，謫戍慶遠衛，以軍籍獲免。孝復子琬，後亦得釋為民。世宗時，松江人俞斌自稱孝孺後，一時士大夫信之，為纂《歸宗錄》。既而方氏察其偽，言于官，乃已。神宗初，有詔褒錄建文忠臣，建表忠祠于南京，首徐輝祖，次孝孺雲。
孝孺之死，宗族親友前後坐誅者數百人。其門下士有以身殉者，盧原質、鄭公智、林嘉猷，皆寧海人。
原質字希魯，孝孺姑子也。由進士授編修，歷官太常少卿。建文時，屢有建白。燕兵至，不屈，與弟原樸等皆被殺。
公智字叔貞；嘉猷名升，以字行。皆師事孝孺。孝孺嘗曰：「匡我者，二子也。」公智以賢良舉，為御史有聲。嘉猷，洪武丙子以儒士校文四川。建文初，入史館為編修。尋遷陝西僉事。嘗以事入燕邸，知高煦謀傾世子狀。孝孺間燕之謀，實嘉猷發之。
鬍子昭，字仲常，初名志高。榮縣人。孝孺為漢中教授時往從學，蜀獻王薦為縣訓導。建文初，與修《太祖實錄》，授檢討。累遷至刑部侍郎。
鄭居貞，閩人。與孝孺友善，以明經歷官鞏昌通判、河南參政。所至有善績。孝孺教授漢中，居貞作《鳳雛行》勖之。諸人皆坐黨誅死。
孝孺主應天鄉試，所得士有長洲劉政、桐城方法。
政，字仲理。燕兵起，草《平燕策》，將上之，以病為家人所沮。及聞孝孺死，遂嘔血卒。
法，字伯通。官四川都司斷事。諸司表賀成祖登極，當署名，不肯，投筆出。被逮，次望江，瞻拜鄉裡曰：「得望我先人廬舍足矣。」自沉于江。
成祖既殺孝孺，以草詔屬侍讀樓璉。璉，金華人，嘗從宋濂學。承命不敢辭。歸語妻子曰：「我固甘死，正恐累汝輩耳。」其夕，遂自經。或曰草詔乃括蒼王景，或曰無錫王達雲。
