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時胡宗憲為總督,誅海賊徐海、汪直。直部三千人,復勾倭入寇,閩、廣益騷。三十七年,都御史王詢請「分福建之福、興為一路,領以參將,駐福寧,水防自流江、烽火門、俞山、小埕至南日山,漳、泉為一路,領以參將,駐詔安,水防自南日山至浯嶼、銅山、玄鐘、走馬溪、安邊館。水陸兵皆聽節制。福建省城介在南北,去海僅五十里,宜更設參將,選募精稅部領哨船,與主客兵相應援」。部覆從之。廣東惠、潮亦增設參將,駐揭陽。福建巡撫都御史游震得言:「浙江溫、處與福寧接壤,倭所出沒,宜進戚繼光為副總兵,守之。而增設福寧守備,隷繼光。漳州之月港亦增設守備,隷總兵官俞大猷。延、建、邵為八閩上游,宜募兵以備緩急。」皆允行。既而宗憲被逮,罷總督官,以浙江巡撫趙炳然兼任軍事。炳然因請令定海總兵屬浙江,金山總兵屬南直,俱兼理水陸軍務,互相策應。其後,莆田倭寇平,乃復五水寨舊制。
五寨者,福寧之烽火門,福州之小埕澳,興化之南日山,泉州之浯嶼,漳州之西門澳,亦曰銅山。景泰三年,鎮守尚書薛希璉奏建者也,後廢。至是巡撫譚綸疏言:「五寨守扼外洋,法甚周悉,宜複舊。以烽火門、南日、浯嶼三宗為正兵,銅山、小埕二宗為遊兵。寨設把總,分汛地,明斥堠,嚴會哨。改三路參將為守備。分新募浙兵為二班,各九千人,春秋番上。各縣民壯皆補用精悍,每府領以武職一人,兵備使者以時閲視。」帝皆是之。狼山故設副總兵,至是改為鎮守總兵官,兼轄大江南北。迨隆慶初,倭漸不為患,而諸小寇往往有之。
萬曆三年,設廣東南澳總兵官,以其據漳、泉要害也。久之,倭寇朝鮮,朝廷大發兵往援,先後六年。於是設巡撫官于天津,防畿甸。後十餘年,從南直巡按御史顏思忠言,分淮安大營兵六百守廖角嘴。從福建巡撫丁繼嗣言,設兵自浙入閩之三江及劉澳,而易海澄團練營土著軍以浙兵。
天啟中,築城于澎湖,設游擊一,把總二,統兵三千,築砲台以守。先是,萬曆中,許孚遠撫閩,奏築福州海壇山,因及澎湖諸嶼,且言浙東沿海陳錢、金塘、玉環、南麂諸山俱宜經理,遂設南麂副總兵,而澎湖不暇及。其地遙峙海中,逶迤如修蛇,多岐港零嶼,其中空間可藏巨艘。初為紅毛所據,至是因巡撫南居益言,乃奪而守之。
自世宗世倭患以來,沿海大都會,各設總督、巡撫、兵備副使及總兵官、參將、游擊等員,而諸所防禦,于廣東則分東、中、西三路,設三參將;于福建則有五水寨;于浙則有六總,一金鄉、盤石二衛,一鬆門、海門二衛,一昌國衛及錢倉、爵溪等所,一定海衛及霩戺、大嵩等所,一觀海、臨山二衛,一海寧衛,分統以四參將;于南直隷則乍浦以東,金山衛設參將,黃浦以北,吳淞江口設總兵;于淮、揚則總兵駐通州,游擊駐廟灣,又于揚州設陸兵游擊,待調遣;于山東則登、萊、青三府設巡察海道之副使,管理民兵之參將,總督沿海兵馬備倭之都指揮,于薊、遼則大沽海口宿重兵,領以副總兵,而以密雲、永平兩游擊為應援。山海關外,則廣寧中、前等五所兵守各汛,以寧前參將為應援,而金、復、海、蓋諸軍皆任防海。三岔以東,九聯城外創鎮江城,設游擊,統兵千七百,哨海上,北與寬奠參將陸營相接,共計凡七鎮,而守備、把總、分守、巡徼會哨者不下數百員。以三、四、五月為大汛,九、十月為小汛。蓋遭倭甚毒,故設防亦最密雲。
日本地與閩相值,而浙之招寶關其貢道在焉,故浙、閩為最沖。南寇則廣東,北寇則由江犯留都、淮、揚,故防海外,防江為重。洪武初,于都城南新江口置水兵八千。已,稍置萬二千,造舟四百艘。又設陸兵于北岸浦子口,相掎角。所轄沿江諸郡。上自九江、廣濟、黃梅,下抵蘇、松、通、泰,中包安慶、池、和、太平,凡盜賊及販私鹽者,悉令巡捕,兼以防倭。永樂時,特命勛臣為帥視江操,其後兼用都御史。成化四年,從錦衣衛僉事馮瑤言,令江兵依地設防,于瓜、儀、太平置將領鎮守。後六年,守備定西侯蔣琬奏調建陽、鎮江諸衛軍補江兵缺伍。十三年,命擇武大臣一人職江操,毋攝營務。又五年,從南京都御史白昂言,敕沿江守備官互相應援,並給關防。著為令。弘治中,命新江口兩班軍如京營例,首班歇,即以次班操。嘉靖八年,江陰賊侯仲金等作亂,給事中夏言請設鎮守江、淮總兵官。已而寇平,總兵罷不設。十九年,沙賊黃艮等復起。帝詰兵部以罷總兵之故,乃復設,給旗牌符敕,提督沿江上下。後復裁罷。三十二年,倭患熾,復設副總兵于金山衛,轄沿海至鎮江,與狼山副總兵水陸相應。時江北俱被倭,於是量調九江、安慶官軍守京口、圌山等地。久之,給事中范宗吳言:「故事,操江都御史防江,應、鳳二巡撫防海。後因倭警,遂以鎮江而下,通常、狼、福諸處隷之操江,以故二撫臣得諉其責。操江又以向非本屬兵,難遙制,亦漠然視之,非委任責成意。宜以圌山、三江會口為操、撫分界。」報可。其後增上下兩江巡視御史,得舉劾有司將領,而以南京僉都御史兼理操江,不另設。
先是,增募水兵六千。隆慶初,以都御史吳時來請,留四之一,余悉罷遣,並裁中軍把總等官。已,復令分汛設守,而責以上下南北互相策應。又從都御史宋儀望言,諸軍皆分駐江上,不得居城市。萬曆二十年,以倭警,言者請復設京口總兵。南京兵部尚書衷貞吉等謂既有吳淞總兵,不宜兩設。乃設兵備使者,每春汛,調備倭都督,統衛所水、陸軍赴鎮江。後七年,操江耿定力奏:「長江千餘里,上江列營五,兵備臣三;下江列營五,兵備臣二。宜委以簡閲訓練,即以精否為兵備殿最。」部議以為然。故事,南北總哨官五日一會哨于適中地,將領官亦月兩至江上會哨。其後多不行。崇禎中,復以勛臣任操江,偷惰成習,會哨巡徼皆虛名,非有實矣。
衛所之外,郡縣有民壯,邊郡有土兵。
太祖定江東,循元制,立管領民兵萬戶府。後從山西行都司言,聽邊民自備軍械,團結防邊。閩、浙苦倭,指揮方謙請籍民丁多者為軍。尋以為患鄉裡,詔閩、浙互徙。時已用民兵,然非召募也。正統二年,始募所在軍余、民壯願自效者,陝西得四千二百人。人給布二匹,月糧四斗。景泰初,遣使分募直隷、山東、山西、河南民壯,撥山西義勇守大同,而紫荊、倒馬二關,亦用民兵防守,事平免歸。
成化二年,以邊警,復二關民兵。敕御史往延安、慶陽選精壯編伍,得五千餘人,號曰土兵。以延綏巡撫盧祥言邊民驍果,可練為兵,使護田裡妻子,故有是命。