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嘉靖元年築束鹿城西決口，修晉州紫城口堤。未幾，復連歲被水。十年冬，巡按御史傅漢臣言：「滹沱流經大名，故所築二堤沖敗，宜修復如舊。」乃命撫、按官會議。其明年，敕太仆卿何棟往治之，棟言：「河發渾源州，會諸山之水，東趨真定，由晉州紫城口之南入寧晉泊，會衛河入海，此故道也。晉州西高南下，因沖紫城東溢，而束鹿、深州諸處遂為巨浸。今宜起藁城張村至晉州故堤，築十八里，高三丈，廣十之，植椿榆諸樹。乃浚河身三十餘裡，導之南行，使歸故道，則順天、真、保諸郡水患俱平矣。」又用郎中徐元祉言，於真定浚滹沱河以保城池，又導束鹿、武強、河間、獻縣諸水，循滹沱以出。皆從之。自後數十年，水頗戢，無大害。
萬曆九年，給事中顧問言：「臣令任丘，見滹沱水漲，漂沒民田不可勝紀。請自饒陽、河間以下水占之地，悉捐為河，而募夫深浚河身，堅築堤岸，以圖永久。」命下撫、按官勘議。增築雄縣橫堤八里，任丘東堤二十里。
桑乾河，盧溝上源也。發源太原之天池，伏流至朔州馬邑雷山之陽，有金龍池者渾泉溢出，是為桑乾。東下大同古定橋，抵宣府保安州，雁門、應州、雲中諸水皆會。穿西山，入宛平界。東南至看舟口，分為二。其一東由通州高麗莊入白河。其一南流霸州，合易水，南至天津丁字灃入漕河，曰盧溝河，亦曰渾河。河初過懷來，束兩山間，不得肆。至都城西四十里石景山之東，地平土疏，衝激震盪，遷徙弗常。《元史》名盧溝曰小黃河，以其流濁也。上流在西山後者，盈涸無定，不為害。
嘉靖三十三年，御史宋儀望嘗請疏鑿，以漕宣、大糧。三十九年，都御史李文進以大同缺邊儲，亦請「開桑乾河以通運道。自古定橋至盧溝橋務裡村水運五節，七百餘裡，陸運二節，八十八里。春秋二運，可得米二萬五千餘石。且造淺船由盧溝達天津，而建倉務裡村、青白口八處，以備撥運。」皆不能行。下流在西山前者，泛溢害稼，畿封病之，堤防急焉。
洪武十六年浚桑乾河，自固安至高家莊八十里，霸州西支河二十里，南支河三十五里。永樂七年，決固安賀家口。十年，壞盧溝橋及堤岸，沒官田民廬，溺死人畜。洪熙元年，決東狼窩口。宣德三年，潰盧溝堤。皆發卒治之。六年，順天府尹李庸言：「永樂中，運河決新城，高從周口遂致淤塞。霸州桑圓裡上下，每年水漲無所泄，漫湧倒流，北灌海子凹、牛欄佃，請亟修築。」從之。七年，侍郎王佐言：「通州至河西務河道淺狹，張家灣西舊有渾河，請疏濬。」帝以役重止之。九年，決東狼窩口，命都督鄭銘往築。正統元年覆命侍郎李庸修築，並及盧溝橋小屯廠潰岸，明年工竣。越三年，白溝、運河二水俱溢，決保定縣安州堤五十餘處。覆命庸治之，築龍王廟南石堤。七年築渾河口。八年築固安決口。
成化七年，霸州知州蔣愷言：「城北草橋界河，上接渾河，下至小直沽注於海。永樂間，渾河改流，西南經固安、新城、雄縣抵州，屢決為害。近決孫家口，東流入河，又東抵三角澱。小直沽乃其故道，請因其自然之勢，修築堤岸。」詔順天府官相度行之。十九年命侍郎杜謙督理盧溝河堤岸。弘治二年，決楊木廠堤，命新寧伯譚祐、侍郎陳政、內官李興等督官軍二萬人築之。正德元年築狼窩決口。久之，下流支渠盡淤。
嘉靖十年從郎中陸時雍言，發卒浚導。三十四年修柳林至草橋大河。四十一年命尚書雷禮修盧溝河岸。禮言：「盧溝東南有大河，從麗莊園入直沽下海，沙澱十餘裡。稍東岔河，從固安抵直沽，勢高。今當先浚大河，令水歸故道，然後築長堤以固之。決口地下水急，人力難驟施。西岸故堤綿亙八百丈，遺址可按，宜並築。」詔從其請。明年旋工，東西岸石堤凡九百六十丈。
萬曆十五年九月，神宗幸石景山，臨觀渾河。召輔臣申時行至幄次，諭曰：「朕每聞黃河衝決，為患不常，欲觀渾河以知水勢。今見河流洶湧如此，知黃河經理倍難。宜飭所司加慎，勿以勞民傷財為故事。至選用務得人，吏、工二部宜明喻朕意。」
膠萊河，在山東平度州東南，膠州東北。源出高密縣，分南北流。南流自膠州麻灣口入海，北流經平度州至掖縣海倉口入海。議海運者所必講也。元至元十七年，萊人姚演獻議開新河，鑿地三百餘裡，起膠西縣東陳村海口，西北達膠河，出海倉口，謂之膠萊新河。尋以勞費難成而罷。
明正統六年，昌邑民王坦上言：“漕河水淺，軍卒窮年不休。往者江南常海運，自太倉抵膠州。州有河故道接掖縣，宜浚通之。由掖浮海抵直沽，可避東北海險數千里，較漕河為近。。部覆寢其議。
嘉靖十一年，御史方遠宜等覆議開新河。以馬家墩數里皆石岡，議復寢。十七年，山東巡撫胡纘宗言：「元時新河石座舊跡猶在，惟馬壕未通。已募夫鑿治，請復浚淤道三十餘裡。」命從其議。
至十九年，副使王獻言：「勞山之西有薛島、陳島，石砑林立，橫伏海中，最險。元人避之，故放洋走成山正東，逾登抵萊，然後出直沽。考膠萊地圖，薛島西有山曰小竺，兩峰夾峙。中有石岡曰馬壕，其麓南北皆接海崖，而北即麻灣，又稍北即新河，又西北即萊州海倉。由麻灣抵海倉才三百三十里，由淮安逾馬壕抵直沽，才一千五百里，可免鐃海之險。元人嘗鑿此道，遇石而止。今鑿馬壕以趨麻灣，浚新河以出海倉，誠便。」獻乃於舊所鑿地迤西七丈許鑿之。其初土石相半，下則皆石，又下石頑如鐵。焚以烈火，用水沃之，石爛化為燼。海波流匯，麻灣以通，長十有四里，廣六丈有奇，深半之。由是江、淮之舟達於膠萊。踰年，復浚新河，水泉旁溢，其勢深闊，設九閘，置浮梁，建官署以守。而中間分水嶺難通者三十餘裡。時總河王以旂議復海運，請先開平度新河。帝謂妄議生擾，而獻亦適遷去，於是工未變而罷。
三十一年，給事中李用敬言：「膠萊新河在海運舊道西，王獻鑿馬家壕，導張魯、白、現諸河水益之。今淮舟直抵麻灣，即新河南口也，從海倉直抵天津，即新河北口也。南北三百餘裡，潮水深入。中有九穴湖、大沽河，皆可引濟。其當疏濬者百餘裡耳，宜急開通。」給事中賀涇、御史何廷鈺亦以為請。詔廷鈺會山東撫、按官行視。既而以估費浩繁，報罷。
隆慶五年，給事中李貴和復請開濬，詔遣給事中胡檟會山東撫、按官議。檟言：「獻所鑿渠，流沙善崩，所引白河細流不足灌注。他若現河、小膠河、張魯河、九穴、都泊皆潢污不深廣。膠河雖有微源，地勢東下，不能北引。諸水皆不足資。上源則水泉枯涸，無可仰給；下流則浮沙易潰，不能持久。擾費無益。」巡撫梁夢龍亦言：「獻誤執元人廢渠為海運故道，不知渠身太長，春夏泉涸無所引注，秋冬暴漲無可蓄泄。南北海沙易塞，舟行滯而不通。」乃復報罷。
