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歷代以來，漕粟所都，給官府廩食，各視道里遠近以為準。太祖都金陵，四方貢賦，由江以達京師，道近而易。自成祖遷燕，道里遼遠，法凡三變。初支運，次兌運、支運相參，至支運悉變為長運而制定。
洪武元年北伐，命浙江、江西及蘇州等九府，運糧三百萬石於汴梁。已而大將軍徐達令忻、崞、代、堅、台五州運糧大同。中書省符下山東行省，募水工發萊州洋海倉餉永平衛。其後海運餉北平、遼東為定製。其西北邊則浚開封漕河餉陝西，自陝西轉餉寧夏、河州。其西南令川、貴納米中鹽，以省遠運。於時各路皆就近輸，得利便矣。
永樂元年納戶部尚書鬱新言，始用淮船受三百石以上者，道淮及沙河抵陳州潁岐口跌坡，別以巨舟入黃河抵八柳樹，車運赴衛河輸北平，與海運相參。時駕數臨幸，百費仰給，不止餉邊也。淮、海運道凡二，而臨清倉儲河南、山東粟，亦以輸北平，合而計之為三運。惟海運用官軍，其餘則皆民運雲。
自浚會通河，帝命都督賈義、尚書宋禮以舟師運。禮以海船大者千石，工窳輒敗，乃造淺船五百艘，運淮、揚、徐、兗糧百萬，以當海運之數。平江伯陳瑄繼之，頗增至三千餘艘。時淮、徐、臨清、德州各有倉。江西、湖廣、浙江民運糧至淮安倉，分遣官軍就近輓運。自淮至徐以浙、直軍，自徐至德以京衛軍，自德至通以山東、河南軍。以次遞運，歲凡四次，可三百萬餘石，名曰支運。支運之法，支者，不必出當年之民納；納者，不必供當年之軍支。通數年以為裒益，期不失常額而止。由是海陸二運皆罷，惟存遮洋船，每歲于河南、山東、小灘等水次，兌糧三十萬石，十二輸天津，十八由直沽入海輸薊州而已。不數年，官軍多所調遣，遂復民運，道遠數愆期。
宣德四年，瑄及尚書黃福建議復支運法，乃令江西、湖廣、浙江民運百五十萬石於淮安倉，蘇、松、寧、池、廬、安、廣德民運糧二百七十四萬石於徐州倉，應天、常、鎮、淮、揚、鳳、太、滁、和、徐民運糧二百二十萬石於臨清倉，令官軍接運入京、通二倉。民糧既就近入倉，力大減省，乃量地近遠，糧多寡，抽民船十一或十三、五之一以給官軍。惟山東、河南、北直隷則徑赴京倉，不用支運。尋令南陽、懷慶、汝寧糧運臨清倉，開封、彰德、衛輝糧運德州倉，其後山東、河南皆運德州倉。
六年，瑄言：「江南民運糧諸倉，往返幾一年，誤農業。令民運至淮安、瓜洲，兌與衛所。官軍運載至北，給與路費耗米，則軍民兩便。」是為兌運。命群臣會議。吏部蹇義等上官軍兌運民糧加耗則例，以地遠近為差。每石，湖廣八斗，江西、浙江七斗，南直隷六斗，北直隷五斗。民有運至淮安兌與軍運者，止加四斗，如有兌運不盡，仍令民自運赴諸倉，不願兌者，亦聽其自運。軍既加耗，又給輕賫銀為洪閘盤撥之費，且得附載他物，皆樂從事，而民亦多以遠運為艱。於是兌運者多，而支運者少矣。軍與民兌米，往往恃強勒索。帝知其弊，敕戶部委正官監臨，不許私兌。已而頗減加耗米，遠者不過六斗，近者至二斗五升。以三分為率，二分與米，一分以他物準。正糧斛面鋭，耗糧俱平概。運糧四百萬石，京倉貯十四，通倉貯十六。臨、徐、淮三倉各遣御史監收。
正統初，運糧之數四百五十萬石，而兌運者二百八十萬餘石，淮、徐、臨、德四倉支運者十之三四耳。土木之變，復盡留山東、直隷軍操備。蘇、松諸府運糧仍屬民。景泰六年，瓦剌入貢，乃復軍運。天順末，兌運法行久，倉入覬耗餘，入庾率兌斛面，且求多索，軍困甚。憲宗即位，漕運參將袁佑上言便宜。帝曰：「律令明言，收糧令納戶平準，石加耗不過五升。今運軍願明加，則倉吏侵害過多可知。今後令軍自概，每石加耗五升，毋溢，勒索者治罪。」後從督倉中官言，加耗至八升。久之，復溢收如故，屢禁不能止也。
初，運糧京師，未有定額。成化八年始定四百萬石，自後以為常。北糧七十五萬五千六百石，南糧三百二十四萬四千四百石，其內兌運者三百三十萬石，由支運改兌者七十萬石。兌運之中，湖廣、山東、河南折色十七萬七千七百石。通計兌運、改兌加以耗米入京、通兩倉者，凡五百十八萬九千七百石。而南直隷正糧獨百八十萬，薊州一府七十萬，加耗在外。浙賦視蘇減數萬。江西、湖廣又殺焉。天津、蘇州、密雲、昌平，共給米六十四萬餘石，悉支兌運米。而臨、德二倉，貯預備米十九萬餘石，取山東、河南改兌米充之。遇災傷，則撥二倉米以補運，務足四百萬之額，不令缺也。
至成化七年，乃有改兌之議。時應天巡撫滕昭令運軍赴江南水次交兌，加耗外，復石增米一斗為渡江費。後數年，帝乃命淮、徐、臨、德四倉支運七十萬石之米，悉改水次交兌。由是悉變為改兌，而官軍長運遂為定製。然是時，司倉者多苛取，甚至有額外罰，運軍展轉稱貸不支。弘治元年，都御史馬文升疏論運軍之苦，言：「各直省運船，皆工部給價，令有司監造。近者，漕運總兵以價不時給，請領價自造。而部臣慮軍士不加愛護，議令本部出料四分，軍衛任三分，舊船抵三分。軍衛無從措辦，皆軍士賣資產、鬻男女以供之，以造船之苦也。正軍逃亡數多，而額數不減，俱以餘丁充之，一戶有三、四人應役者。春兌秋歸，艱辛萬狀。船至張家灣，又僱車盤撥，多稱貸以濟用，此往來之苦也。其所稱貸，運官因以侵漁，責償倍息。而軍士或自載土產以易薪米，又格於禁例，多被掠奪。今宜加造船費每艘銀二十兩，而禁約運官及有司科害搜檢之弊，庶軍困少蘇。」詔從其議。五年，戶部尚書葉淇言：「蘇、松諸府，連歲荒歉，民買漕米，每石銀二兩。而北直隷、山東、河南歲供宣、大二邊糧料，每石亦銀一兩。去歲，蘇州兌運已折五十萬石，每石銀一兩。今請推行於諸府，而稍差其直。災重者，石七錢，稍輕者，石仍一兩。俱解部轉發各邊，抵北直隷三處歲供之數，而收三處本色以輸京倉，則費省而事易集。」從之。自後歲災，輒權宜折銀，以水次倉支運之糧充其數，而折價以六七錢為率，無復至一兩者。
先是，成化間行長運之法。江南州縣運糧至南京，令官軍就水次兌支，計省加耗輸輓之費，得餘米十萬石有奇，貯預備倉以資緩急之用。至是，巡撫都御史以兌支有弊，請令如舊上倉而後放支。戶部言：「兌支法善，不可易。」詔從部議，以所餘就貯各衛倉，作正支銷。又從戶部言，山東改兌糧九萬石，仍聽民自運臨、德二倉，令官軍支運。正德二年，漕運官請疏通水次倉儲，言：「往時民運至淮、徐、臨、德四倉，以待衛軍支運，後改附近州縣水次交兌。已而並支運七十萬石亦令改兌。但七十萬石之外，猶有交兌不盡者，民仍運赴四倉，久無支銷，以致陳腐。請將浙江、江西、湖廣正兌糧米三十五萬石，折銀解京，而令三省衛軍赴臨、德等倉，支運如所折之數。則諸倉米不腐，三省漕卒便於支運。歲漕額外，又得三十五萬折銀，一舉而數善具矣。」帝命部臣議，如其請。六年，戶部侍郎邵寶以漕運遲滯，請復支運法。戶部議，支運法廢久，不可卒復，事遂寢。
