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六年五月，穆宗崩。六月乙卯朔，日有食之。甲子，即皇帝位。以明年為萬曆元年，詔赦天下。祀建文朝盡節諸臣于鄉 ，有苗裔者恤錄。庚午，罷高拱。丁丑，高儀卒。壬午，禮部尚書呂調陽兼文淵閣大學士，預機務。秋七月丁亥，初通漕運于密雲。庚寅，察京官。己亥，戒諭廷臣，詔曰：「近歲以來，士習澆漓，官方刓缺，詆老成為無用，矜便佞為有才。遂使朝廷威福之柄，徒為人臣報復之資。用是薄示懲戒，余皆曲貸。諸臣宜祓除前愆，共維新政。若溺于故習，背公徇私，獲罪祖宗，朕不敢赦。」庚子，尊皇后曰仁聖皇太后，貴妃曰慈聖皇太后。八月戊午，祀大社大稷。九月甲午，葬莊皇帝于昭陵。冬十月己未，侍郎王遴、吳百朋、汪道昆分閲邊防。辛酉，停刑。十一月乙未，河工成。十二月辛酉，振榆林、延綏饑。甲戌，以大行未期，罷明年元夕燈火及宮中宴。
萬曆元年春二月癸丑，禦經筵。三月丙申，詔內外官舉將材。夏四月乙丑，潮、惠賊平。庚午，旱 ，諭百官修省。五月甲申，詔內外官慎刑獄。六月壬申，振淮安水災。秋七月，河決徐州。九月癸未，振荊州、承天及濟南災。丙戌，四川都掌蠻平。癸卯，停刑。冬十一月庚辰，命諸司立程限文簿，以防稽緩。十二月己未，振遼東饑。是年，暹羅、琉球入貢。
二年春正月甲午，召見朝覲廉能官于皇極門。二月甲寅，振四川被寇諸縣。三月癸巳，賜孫繼皋等進士及第、出身有差。夏四月丙寅，詔內外官行久任之法。五月辛丑 ，穆宗神主祔太廟。八月己巳，振山西災。庚午，振淮、揚、徐水災。冬十月甲寅，決囚。丁卯，視朝閲銓選。閏十二月庚寅，詔罷明年元夕燈火。是年，琉球入貢。
三年春正月丁未，享太廟。二月戊寅，祀大社大稷。辛巳，詔南京職務清簡，官不必備。丙申 ，始命日講官分直記注起居，纂緝章奏，臨朝侍班。夏四月己巳朔，日有食之，既。壬申，書謹天戒、任賢能、親賢臣、遠嬖佞、明賞罰、謹出入、慎起居、節飲食、收放心、存敬畏、納忠言、節財用十二事于座右，以自警。五月庚子，淮、揚大水，詔察二府有司，貪酷老疾者罷之。六月戊辰，浙江海溢。戊寅，命撫、按官，有司賢否一體薦劾，不得偏重甲科。是夏，蘇、松、常、鎮大水。秋八月丙子，禮部侍郎張四維為禮部尚書兼東閣大學士，預機務。丁丑，河決高郵、碭山。戊子，免淮、揚、鳳、徐被水田租。九月戊午，京師地震。冬十月丁卯，地再震，敕群臣修省。戊辰，停刑。十一月乙巳，祀天于南郊。十二月辛未，詔罷明年元夕燈火。是年，安南、琉球、暹羅、土魯番入貢。
四年春正月丁巳，遼東巡按御史劉台以論張居正逮下獄，削籍。夏五月戊申，祀地于北郊。六月庚辰，復遣內臣督蘇、杭織造。秋七月丁酉 ，諭吏、戶二部清吏治，蠲逋賦有差，明年漕糧折收十之三。壬寅，遣御史督修江、浙水利。甲辰，修泗州祖陵。辛亥，草灣河工成。八月壬戌，釋奠于先師孔子。是秋，河決崔鎮。冬十月乙亥，振徐州及豐、沛、睢寧、金鄉、魚台、單、曹七縣水災，蠲租有差。是年，安南、琉球、烏斯藏、土魯番、天方、撒馬兒罕、魯迷、哈密入貢。
五年春正月己酉，詔鳳陽、淮安力舉營田。二月乙丑，振廣西饑。三月乙巳，賜沈懋學等進士及第、出身有差。夏五月癸巳，廣東羅旁瑤平。秋八月癸亥 ，河複決崔鎮。閏月乙酉朔，日食，陰雲不見。九月己卯，起複張居正。冬十月乙巳，以論張居正奪情，杖編修吳中行、檢討趙用賢、員外郎艾穆、主事沈思孝，罷黜謫戍有差。丁未，杖進士鄒元標，戍邊。十一月癸丑，以星變考察百官。是年，琉球入貢。
六年春正月，築決河堤。二月戊戌，免兗、青、登、萊所屬逋賦。庚子，立皇后王氏。三月甲寅，禮部尚書馬自強兼文淵閣大學士 ，吏部侍郎申時行兼東閣大學士，預機務。甲子，張居正葬父歸。夏四月乙未，免湖廣、四川逋賦。丙午，詔戶部歲增金花銀二十萬兩。六月乙未，張居正還京師。秋七月乙卯，呂調陽致仕。丙子，詔江北諸府民，年十五以上無田者，官給牛一頭、田五十畝開墾，三年後起科。九月庚午，詔蘇州諸府開墾荒田，六年後起科。辛未，停刑。冬十月辛卯，馬自強卒。十一月辛酉，禮天于南郊。是年，烏斯藏入貢。
七年春正月戊辰，詔毀天下書院。二月己丑，遣使分閲邊防。三月甲子，免淮、揚逋賦。夏五月癸亥，祀地于北郊。六月辛卯 ，核兩畿、山東、陝西勛戚田賦。秋七月壬子，振蘇、松水災，蠲稅糧。戊午，京師地震。是年，烏斯藏入貢。
八年春二月辛未朔，日有食之。戊子，耕耤田。戊戌，河工成。三月辛亥，奉兩宮皇太后如天壽山謁陵 ，免所過田租。甲寅，還宮。丁卯，賜張懋修等進士及第、出身有差。夏閏四月庚申，廣西八寨賊平。冬十月辛丑，汰內外冗官。乙巳，振蘇、松、常、鎮饑。十一月丙子，詔度民田。是年，琉球入貢。
九年春正月庚午，敕邊臣備警。辛未，裁諸司冗官。癸酉，土蠻犯錦州，游擊周之望敗沒。己卯 ，命翰林官日四人入直。辛巳，裁南京冗官。甲申，遼東總兵官李成梁襲敗土蠻于襖郎兔。三月丙寅，大閲。是月，土蠻犯遼陽，副總兵曹簠禦之，敗績。夏四月丁酉，振山西被災州縣。乙卯，振蘇、松、淮、鳳、徐、宿災。戶部進《萬曆會計錄》。秋八月丁未，揚州大水。九月丁亥，停刑。冬十月己亥，土蠻犯廣寧、義州，李成梁禦卻之。十一月丙戌，振真定、順德、廣平災，免稅糧。是年，裁各省冗官，核徭賦，汰諸司冒濫冗費。琉球、安南、土魯番、天方、撒馬兒罕、魯迷、哈密、烏斯藏入貢。
十年春二月癸巳，順義王俺答卒。丁酉，免天下積年逋賦。三月庚申，杭州兵變，執巡撫吳善言。丁卯 ，兵部侍郎張佳胤巡撫浙江，討定之。丙子，泰寧衛部長速把亥犯義州，李成梁擊斬之。己卯，倭寇溫州。夏四月戊子朔，諭禮部，令民及時農桑，勿事遊惰。甲午，寧夏土軍馬景殺參將許汝繼，巡撫都御史晉應槐討誅之。庚子，以久旱敕修省。五月庚申，免先師孔子及宋儒硃熹、李侗、羅從彥、蔡沈、胡安國、游酢、真德秀、劉子翬，故大學士楊榮後裔賦役有差。庚辰，振畿內饑。六月丁亥朔，日有食之。壬寅，振太原、平陽、潞安饑。乙巳，前禮部尚書潘晟兼武英殿大學士，吏部侍郎余有丁為禮部尚書兼文淵閣大學士，預機務。晟尋罷。丙午，張居正卒。秋七月庚午，振平、慶、延、臨、鞏饑。九月丙辰，以皇長子生，詔赦天下。甲子，上兩宮皇太后徽號。冬十月丙申，蘇、松大水，蠲振有差。十二月壬辰，太監馮保謫奉禦，籍其家。壬寅，復建言諸臣職。是年，免畿內、山西被災稅糧。哈密、烏斯藏入貢。
