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趙良弼還自關右，奏劉太平、霍魯海反狀，皆如希憲言。初分漢地為十道，乃並京兆、四川為一道，以希憲為宣撫使。太平、霍魯海聞之，乘驛急入京兆，密謀為變。後三日，希憲至，宣佈詔旨，遣使安諭六盤。未幾，斷事官闊闊出遣使來告：渾都海已反，殺所遣使者朵羅台，遣人諭其黨密裡火者于成都、乞台不花于青居，使各以兵來援，又多與蒙古軍奧魯官兀奴忽等金帛，盡起新軍，且約太平、霍魯海同日俱發。希憲得報，召僚屬謂曰：「上新即位，責任吾等，正為今日。不早為之計，殆將無及。」遣萬戶劉黑馬、京兆治中高鵬霄、華州尹史廣，掩捕太平、霍魯海及其黨，獲之，盡得其奸謀，悉置於獄。復遣劉黑馬誅密裡火者，總帥汪惟正誅乞台不花，具以驛聞。時關中無兵備，命汪惟良將秦、鞏諸軍進六盤，惟良以未得上旨為辭，希憲即解所佩虎符銀印授之曰：「此皆身承密旨，君但辦吾事，制符已飛奏矣。」又付銀一萬五千兩，以充功賞，出庫幣制軍衣。惟良感激，遂行。又發蜀卒更戍及在家余丁，推節制諸軍蒙古官八春將之，謂之曰：「君所將之眾，未經訓練，六盤兵精，勿與爭鋒，但張聲勢，使不得東，則大事濟矣。」會有詔赦至，希憲命絞太平等於獄，屍于通衢，方出迎詔，人心遂安。乃遣使自劾停赦行刑、徵調諸軍、擅以惟良為帥等罪，帝深善之。曰：「《經》所謂行權，此其是也。」別賜金虎符，使節制諸軍，且詔曰：「朕委卿以方面之權，事當從宜，毋拘常制，坐失事機。」
西川將紐鄰奧魯官將舉兵應渾都海，八春獲之，系其黨五十餘人于乾州獄，送二人至京兆，請並殺之。二人自分必死，希憲謂海僚佐曰：「渾都海不能乘勢東來，保無他慮。今眾志未一，猶懷反側，彼軍見其將校執囚，或別生心，為害不細。今因其懼死，並加寬釋，使之感恩效力，就發此軍余丁，往隷八春，上策也。」初，八春既執諸校，其軍疑懼，駭亂四出，莫可禁遏，及知諸校獲全，紐鄰奧魯官得釋，大喜過望。切諭其屬出兵效力，人人感悅，八春亦釋然開悟，果得精騎數千，將與俱西。詔以希憲為中書右丞，行秦蜀省事。渾都海聞京兆有備，遂西渡河，趨甘州，阿藍答兒復自和林提兵與之合，分結隴、蜀諸將，又使紐鄰兄宿敦為書招紐鄰。於是成都帥百家奴，興元忙古台，青居汪惟正、欽察，俱遣使言，人心危疑，事不可測。希憲遣使深諭戒之，兩川諸將素憚希憲威名，按堵從命。渾都海、阿藍答兒合軍而東，諸將失利，河右大震，西土親王執畢帖木兒輜重皆空，就食秦雍。朝議欲棄兩川，退守興元，希憲力言不可，乃止。會親王合丹及汪惟良、八春等合兵復戰西涼，大敗之，俘斬略盡，得二叛首以送，梟之京兆市。事聞，帝大嘉之曰：「希憲真男子也。」進拜平章政事，賜宅一區。時希憲年三十矣。
希憲奏：四川降民，皆散處山谷，宜申敕軍吏，禁止俘掠，違者，千戶以下與犯人同罪。又禁諸人無販易生口。由是四川遂安，降者益眾。又罷解鹽戶所摘軍，及京兆諸處無籍戶之戍靈州屯田者，以寬民力。欽察獲宋臣張炳震、王政二人，俱以母老，願賜矜放，希憲皆遣之還。因為書與宋四川制置余玠，諭以天道人事，玠得書，愧感自守，不敢復輕動。鞏昌帥府言，鎮戎州有謀為叛者，連引四百餘人，希憲詳推之，惟誅首惡五人。宋將劉整以瀘州降，盡系前歸宋者數百人待報。希憲奏釋之，且致書宰臣，待整以恩，當得其死力。整後首建取襄陽之策，果立勛效。宋將家屬之在北者，希憲歲給其糧，仕于宋者，子弟得越界省其親，人皆感之。
李璮反山東，事連王文統，平章趙璧素忌希憲勛名，因言文統由張易、希憲薦引，遂至大用，且關中形勝之地，希憲得民習，有商挺、趙良弼為之輔，此事宜關聖慮。帝曰：「希憲自幼事朕，朕知其心，挺、良弼皆正士，何慮焉。」蜀降人費正寅以私怨譖希憲因李璮叛，亦修城治兵，潛畜異志。帝因惑之，命中書右丞南合代希憲行省，且覆視所告事，卒無實狀。詔希憲還京師。陛見，言曰：「方關陝叛亂，川蜀未寧，事急星火，臣隨宜行事，不謀佐貳，如寅所言，罪止在臣，臣請逮系有司。」帝撫禦床曰：「當時之言，天知之，朕知之，卿果何罪！」慰諭良久。進拜中書平章政事。一日夜半，召希憲入禁中，從容道籓邸時事，因及趙璧所言。希憲曰：「昔攻鄂時，賈似道作木柵環城，一夕而成，陛下顧扈從諸臣曰‘吾安得如似道者用之’。劉秉忠、張易進曰‘山東王文統，才智士也，今為李璮幕僚’。詔問臣，臣對‘亦聞之，實未嘗識其人也’。」帝曰：「朕亦記此。」
希憲在中書，振舉綱維，綜劾名實，汰逐冗濫，裁抑僥倖，興利除害，事無不便，當時翕然稱治，典章文物，粲然可考。又建言：「國家自開創已來，凡納土及始命之臣，咸令世守，至今將六十年，子孫皆奴視部下，都邑長吏，皆其皁隷僮使，前古所無，宜更張之，使考課黜陟。」始議行遷轉法。
至元元年，丁母憂，率親族行古喪禮，勺飲不入口者三日，慟則嘔血，不能起，寢臥草土，廬于墓傍。宰執以憂制未定，欲極力起之，相與詣廬，聞號痛聲，竟不忍言。未幾，有詔奪情起複，希憲雖不敢違旨，然出則素服從事，入必縗絰。及喪父，亦如之。
奸臣阿合馬領左右部，專總財賦，會其黨相攻擊，帝命中書推覆，眾畏其權，莫敢問。希憲窮治其事，以狀聞，杖阿合馬，罷所領歸有司。帝諭希憲曰：「吏廢法而貪，民失業而逃，工不給用，財不贍費，先朝患此久矣。自卿等為相，朕無此憂。」對曰：「陛下聖猶堯、舜，臣等未能以皋陶、稷、契之道讚輔治化，以致太平，懷愧多矣。今日小治，未足多也。」因論及魏徵，對曰：「忠臣良臣，何代無之，顧人主用不用爾。」有內侍傳旨入朝堂，言某事當爾，希憲曰：「此閹宦預政之漸，不可啟也。」遂入奏，杖之。
言者訟丞相史天澤親黨布列中外，威權日盛，漸不可制。詔罷天澤政事，使待鞫問。希憲進曰：「天澤事陛下久，知天澤深者，無如陛下。始自潛籓，多經任使，將兵牧民，悉有治效。陛下知其可付大事，用為輔相。小人一旦有言，陛下當熟察其心跡，果有肆橫不臣者乎？今日信臣，故臣得預此旨，他日有訟臣者，臣亦遭疑矣。臣等備員政府，陛下之疑信若此，何敢自保。天澤既罷，亦當罷臣。」帝良久曰：「卿且退，朕思之。」明日，帝召希憲諭曰：「昨思之，天澤無對訟者。」事遂解。又有訟四川帥欽察者，帝敕中書急遣使誅之。明日，希憲覆奏，帝怒曰：「尚爾遲回耶！」對曰：「飲察大帥，以一小人言被誅，民心必駭，收系至此，與訟者廷對，然後明其罪于天下為宜。」詔遣能者按問。其後事竟無實，欽察得免。
