太常禮儀院，秩正二品，掌大禮樂、祭享宗廟社稷、封贈謚號等事。中統元年，中都立太常寺，設寺丞一員。至元二年「文學」、「教育」、「政治學」中的「亞里士多德」。，翰林兼攝太常寺。九年，立太常寺，設卿一員，正三品；少卿以下五員，品秩有差。十三年，省並衙門，以侍儀司併入太常寺。十四年，增博士一員。十六年，又增法物庫子，掌公服法服之藏。二十年，升正三品，別置侍儀司。至大元年，改升院，設官十二員，正二品。四年，復為太常寺，正三品。延祐元年，復改升院，正二品，以大司徒領之。七年，降從二品。天歷二年，復升正二品。定置院使二員，正二品；同知二員，正三品；僉院二員，從三品；同僉二員，正四品；院判二員，正五品；經歷一員，從五品；都事一員，從七品；照磨兼管勾承發架閣一員，正八品。屬官：博士二員，正七品；奉禮郎二員，奉禮兼檢討一員，並從八品；協律郎二員，從八品；太祝十員，從八品；禮直管勾一員，從九品；令史四人，通事、知印、譯史各二人，宣使四人，典吏三人。
太廟署，秩從六品，掌宗廟行禮，兼廩犧署事。至元三年始置。令二員，從六品；丞一員，從七品。
郊祀署，秩從六品。大德九年始置。掌郊祀行禮，兼廩犧署事。令二員，從六品；丞二員，從七品。
社稷署，秩從六品。大德元年始置。令二員，從六品；丞一員，從七品。
大樂署，秩從六品。中統五年始置。令二員，從六品；丞一員，從七品。掌管禮生樂工四百七十九戶。
典瑞院，秩正二品。掌寶璽、金銀符牌。中統元年，始置符寶郎二員。至元十六年，立符寶局，給六品印。十七年，升正五品。十八年，改典瑞監，秩正三品。二十年，降為正四品，省卿二員。二十九年，復正三品，仍置監卿二員。大德十一年，升典瑞院，正二品。置院使四員，正二品；同知二員，正三品；僉院二員，從三品；同僉二員，正四品；院判二員，正五品；經歷二員，從五品；都事二員，從七品；照磨兼管勾承發架閣庫一員，正八品；令史四人，譯史四人，知印、通事各一人，宣使四人，典吏三人。
太史院，秩正二品，掌天文曆數之事。至元十五年，始立院，置太史令等官一員。至大元年，升從二品，設官十員。延祐三年，升正二品，設官十五員。後定置院使五員，正二品；同知二員，正三品；僉院二員，從三品；同僉二員，正四品；院判二員，正五品；經歷一員，從五品；都事一員，從七品；管勾一員，從九品；令史三人，譯史一人，知印二人，通事一人，宣使二人，典吏二人。
春官正兼夏官正一員，正五品。
秋官正兼冬官正中官正一員，正五品。
保章正五員，正七品。
保章副五員，正八品。
掌歷二員，正八品。
腹裡印歷管勾一員，從九品。
各省司歷十二員，正九品。
印歷管勾二員，從九品。
靈台郎一員，正七品。
監候六員，從八品。
副監候六員，正九品。
星曆生四十四員。
挈壺正一員，從八品。
司辰郎二員，正九品。
燈漏直長一人。
教授一員，從八品。
學正一員，從九品。
校書郎二員，正八品。
太醫院，秩正二品，掌醫事，制奉禦藥物，領各屬醫職。中統元年，置宣差，提點太醫院事，給銀印。至元二十年，改為尚醫監，秩正四品。二十二年，復為太醫院，給銀印，置提點四員，院使、副使、判官各二員。大德五年，升正二品，設官十六員。十一年，增院使二員。皇慶元年，增院使二員。二年，增院使一員。至治二年，定置院使一十二員，正二品；同知二員，正三品；僉院二員，從三品；同僉二員，正四品；院判二員，正五品；經歷二員，從七品；都事二員，從七品；照磨兼承發架閣庫一員，正八品；令史八人，譯史二人，知印二人，通事二人，宣使七人。
廣惠司，秩正三品，掌修制御用回回藥物及和劑，以療諸宿衛士及在京孤寒者。至元七年，始置提舉二員。十七年，增置提舉一員。延祐六年，升正三品。七年，仍正五品。至治二年，復為正三品，置卿四員，少卿、丞各二員。後定置司卿四員，少卿二員，司丞二員，經歷、知事、照磨各一員。
大都、上都回回藥物院二，秩從五品，掌回回藥事。至元二十九年始置。至治二年，撥隷廣惠司，定置達魯花赤一員、大使二員、副使一員。
禦藥院，秩從五品，掌受各路鄉貢、諸蕃進獻珍貴藥品，修造湯煎。至元六年始置。達魯花赤一員，從五品；大使二員，從五品；副使三員，正七品；直長一員，都監二員。
禦藥局，秩從五品，掌兩都行篋藥餌。至元十年始置。大德九年，分立行禦藥局，掌行篋藥物。本局但掌上都藥倉之事。定置達魯花赤一員，從五品；局使二員，從五品；副使二員，正七品。
行禦藥局，秩從五品。達魯花赤一員，大使二員，副使三員，品秩同上。掌行篋藥餌。大德九年始置。
禦香局，秩從五品，提點一員，司令一員，掌修合御用諸香。至大元年始置。
大都惠民局，秩從五品，掌收官錢，經營出息，市藥修劑，以惠貧民。中統二年始置，受太醫院劄。至元十四年，定從六品秩。二十一年，升從五品。
上都惠民司，提點一員，司令一員。中統四年始置，品秩並同上。
醫學提舉司，秩從五品。至元九年始置。十三年罷，十四年復置。掌考校諸路醫生課義，試驗太醫教官，校勘名醫撰述文字，辨驗藥材，訓誨太醫子弟，領各處醫學。提舉一員，副提舉一員。
官醫提舉司，秩從五品，掌醫戶差役、詞訟。至元二十五年置。
大都、保定、彰德、東平四路，設提舉、同提舉、副提舉各一員。
河間、大名、晉寧、大同、濟寧、廣平、冀寧、濟南、遼陽、興和十路，設提舉、副提舉各一員。
衛輝、懷慶、大寧，設提舉一員。
奎章閣學士院，秩正二品。天歷二年，立於興聖殿西，命儒臣進經史之書，考帝王之治。大學士二員，正三品。尋升為學士院。大學士，正二品；侍書學士，從二品；承製學士，正三品；供奉學士，正四品；參書，從五品。多以它官兼領其職。至順元年，增大學士二員，共四員。侍書學士二員，承製學士二員，供奉學士二員。首領官：參書二員，典簽二員，照磨一員，內掾四人，譯文內掾二人，知印二人，怯裡馬赤一人，宣使四人，典書五人。屬官：授經郎二員。
群玉內司，秩正三品，天歷二年始置，掌奎章圖書寶玩，及凡常禦之物。監司一員，正三品；司尉一員，從三品；亞尉一員，正四品；僉司二員，從四品；司丞二員，正五品；典簿一員，正七品；令史二人，知印一人，怯裡馬赤一人，奏差、典吏各二人，給使八人，司膳四人。
藝文監，秩從三品。天歷二年置，專以國語敷譯儒書，及儒書之合校讎者俾兼治之。大監檢校書籍事二員，從三品；少監同檢校書籍事二員，從四品；監丞參檢校書籍事二員，從五品；典簿一員，照磨一員，令史四人，譯史一人，怯裡馬赤一人，奏差二人，典吏三人。
監書博士，秩正五品。天歷二年始置。品定書畫，擇朝臣之博識者為之。博士二員，正五品；書吏一人。
藝林庫，秩從六品。提點一員，從六品；大使一員，副使一員，正七品；庫子二人，本把二人。掌藏貯書籍。天歷二年始置。
