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時王安石以執政與陳升之領三司條例，命轍為之屬。呂惠卿附安石，轍與論多相牾。安石出《青苗書》使轍熟議，曰：「有不便，以告勿疑。」轍曰：「以錢貸民，使出息二分，本以救民，非為利也。然出納之際，吏緣為奸，雖有法不能禁，錢入民手，雖良民不免妄用；及其納錢，雖富民不免逾限。如此，則恐鞭箠必用，州縣之事不勝煩矣。唐劉晏掌國計，未嘗有所假貸。有尤之者，晏曰：‘使民僥倖得錢，非國之福；使吏倚法督責，非民之便。吾雖未嘗假貸，而四方豐凶貴賤，知之未嘗逾時。有賤必糴，有貴必糶，以此四方無甚貴、甚賤之病，安用貸為？’晏之所言，則常平法耳。今此法見在而患不修，公誠能有意於民，舉而行之，則晏之功可立俟也。」安石曰：「君言誠有理，當徐思之。」自此逾月不言青苗。
會河北轉運判官王廣廉奏乞度僧牒數千為本錢，于陝西漕司私行青苗法，春散秋斂，與安石意合，於是青苗法遂行。安石因遣八使之四方，訪求遺利。中外知其必迎合生事，皆莫敢言。轍往見陳升之曰：「昔嘉祐末，遣使寬恤諸路，各務生事，還奏多不可行，為天下笑。今何以異此？」又以書抵安石，力陳其不可。安石怒，將加以罪，升之止之，以為河南推官。會張方平知陳州，闢為教授。三年，授齊州掌書記。又三年，改著作佐郎。復從方平簽書南京判官。居二年，坐兄軾以詩得罪，謫監筠州鹽酒稅，五年不得調。移知績溪縣。
哲宗立，以秘書省校書郎召。元祐元年，為右司諫。宣仁後臨朝，用司馬光、呂公著，欲革弊事，而舊相蔡確、韓縝、樞密使章惇皆在位，窺伺得失，轍皆論去之。呂惠卿始諂事王安石，倡行虐政以害天下。及勢鈞力敵，則傾陷安石，甚于仇讎，世尤惡之，至是，自知不免，乞宮觀以避貶竄。轍具疏其奸，以散官安置建州。
司馬光以王安石僱役之害，欲復差役，不知其害相半于僱役。轍言：「自罷差役僅二十年，吏民皆未習慣。況役法關涉眾事，根芽盤錯，行之徐緩，乃得審詳。若不窮究首尾，忽遽便行，恐既行之後，別生諸弊。今州縣役錢，例有積年寬剩，大約足支數年，且依舊僱役，盡今年而止。催督有司審議差役，趁今冬成法，來年役使鄉戶。但使既行之後，無復人言，則進退皆便。」光又以安石私設《詩》、《書新義》考試天下士，欲改科舉，別為新格。轍言：「進士來年秋試，日月無幾，而議不時決。詩賦雖小技，比次聲律，用功不淺。至于治經，誦讀講解，尤不輕易。要之，來年皆未可施行。乞來年科場，一切如舊，惟經義兼取註疏及諸家論議，或出己見，不專用王氏學。仍罷律義，令舉人知有定論，一意為學，以待選試，然後徐議元祐五年以後科舉格式，未為晚也。」光皆不能從。
初，神宗以夏國內亂，用兵攻討，乃于熙河增蘭州，于延安增安疆、米脂等五砦。二年，夏遣使賀登位，使還，未出境，又遣使入境。朝廷知其有請蘭州、五砦地意，大臣議棄守未決。轍言曰：「頃者西人雖至，疆場之事，初不自言。度其狡心，蓋知朝廷厭兵，確然不請，欲使此議發自朝廷，得以為重。朝廷深覺其意，忍而不予，情得勢窮，始來請命，一失此機，必為後悔。彼若點集兵馬，屯聚境上，許之則畏兵而予，不復為恩；不予則邊釁一開，禍難無已。間不容髮，正在此時，不可失也。況今日之事，主上妙年，母后聽斷，將帥吏士，恩情未接，兵交之日，誰使效命？若其羽書沓至，勝負紛然，臨機決斷，誰任其責？惟乞聖心以此反覆思慮，早賜裁斷，無使西人別緻猖狂。」於是朝廷許還五砦，夏人遂服。遷起居郎、中書舍人。
朝廷議回河故道，轍為公著言：「河決而北，自先帝不能回。今不因其舊而修其未至，乃欲取而回之，其為力也難，而為責也重，是謂智勇勢力過先帝也。」公著悟，竟未能用。進戶部侍郎。轍因轉對，言曰：「財賦之原，出於四方，而委于中都。故善為國者，藏之於民，其次藏之州郡。州郡有餘，則轉運司常足；轉運司既足，則戶部不困。唐制，天下賦稅，其一上供，其一送使，其一留州。比之於今，上供之數可謂少矣。然每有緩急，王命一出，舟車相銜，大事以濟。祖宗以來，法制雖殊，而諸道蓄藏之計，猶極豐厚。是以斂散及時，縱舍由己，利柄所在，所為必成。自熙寧以來，言利之臣，不知本末之術，欲求富國，而先困轉運司。轉運司既困，則上供不繼；上供不繼，而戶部亦憊矣。兩司既困，故內帑別藏，雖積如丘山，而委為朽壤，無益於算也。」尋又言：
臣以祖宗故事考之，今日本部所行，體例不同，利害相遠，宜隨事措置，以塞弊原。謹具三弊以聞：其一曰分河渠案以為都水監，其二曰分冑案以為軍器監，其三曰分修造案以為將作監。三監皆隷工部，則本部所專，其餘無幾，出納損益，制在他司。頃者，司馬光秉政，知其為害，嘗使本部收攬諸司利權。當時所收，不得其要，至今三案猶為他司所擅，深可惜也。
蓋國之有財，猶人之有飲食。飲食之道，當使口司出納，而腹制多寡。然後分佈氣血，以養百骸，耳目賴之以為聰明，手足賴之以為力。若不專任口腹，而使手足、耳目得分治之，則雖欲求一飽不可得矣，而況于安且壽乎！今戶部之在朝廷，猶口腹也，而使他司分治其事，何以異此？自數十年以來，群臣每因一事不舉，輒入建他司。利權一分，用財無藝。他司以辦事為效，則不恤財之有無；戶部以給財為功，則不問事之當否。彼此各營一職，其勢不復相知，雖使戶部得材智之臣，終亦無益，能否同病，府庫卒空。今不早救，後患必甚。
昔嘉祐中，京師頻歲大水，大臣始取河渠案置都水監。置監以來，比之舊案，所補何事？而大不便者，河北有外監丞，侵奪轉運司職事。轉運司之領河事也，郡之諸埽，埽之吏兵、儲蓄，無事則分，有事則合。水之所向，諸埽趨之，吏兵得以並功，儲蓄得以並用。故事作之日，無暴斂傷財之患，事定之後，徐補其闕，兩無所妨。自有監丞，據法責成，緩急之際，諸埽不相為用，而轉運司不勝其弊矣。此工部都水監為戶部之害，一也。
先帝一新官制，並建六曹，隨曹付事，故三司故事多隷工曹，名雖近正而實非利。昔冑案所掌，今內為軍器監而上隷工部，外為都作院而上隷提刑司，欲有興作，戶部不得與議。訪聞河北道近歲為羊渾脫，動以千計。渾脫之用，必軍行乏水，過渡無船，然後須之。而其為物，稍經歲月，必至蠹敗。朝廷無出兵之計，而有司營戢，不顧利害，至使公私應副，虧財害物。若專在轉運司，必不至此。此工部都作院為戶部之害，二也。
昔修造案掌百工之事，事有緩急，物有利害，皆得專之。今工部以辦職為事，則緩急利害，誰當議之？朝廷近以箔場竹箔，積久損爛，創令出賣，上下皆以為當。指揮未幾，復以諸處營造，歲有科制，遂令般運堆積，以破出賣之計。臣不知將作見工幾何，一歲所用幾何？取此積彼，未用之間，有無損敗，而遂為此計。本部雖知不便，而以工部之事，不敢復言。此工部將作監為戶部之害，三也。
