呂公著，字晦叔，幼嗜學，至忘寢食。父夷簡器異之，曰：「他日必為公輔。」恩補奉禮郎，登進士第，召試館職，不就。通判潁州，郡守歐陽修與為講學之友。後修使契丹，契丹主問中國學行之士，首以公著對。判吏部南曹，仁宗獎其恬退，賜五品服。除崇文院檢討、同判太常寺。壽星觀營真宗神禦殿，公著言：「先帝已有三種禦，而建立不已，殆非祀無豐昵之義。」進知制誥，三辭不拜。改天章閣待制兼侍讀。
英宗親政，加龍圖閣直學士。方議追崇濮王，或欲稱皇伯考，公著曰：「此真宗所以稱太祖，豈可施于王。」及下詔稱親，且班諱，又言：「稱親則有二父之嫌，王諱但可避于上前，不應與七廟同諱。」呂誨等坐論濮王去，公著言：「陛下即位以來，納諫之風未彰，而屢絀言者，何以風示天下？」不聽。遂乞補外，帝曰：「學士朕所重，其可以去朝廷？」請不已，出知蔡州。
神宗立，召為翰林學士、知通進銀台司。司馬光以論事罷中丞，還經幄。公著封還其命曰：「光以舉職賜罷，是為有言責者不得盡其言也。」詔以告直付閣門。公著又言：「制命不由門下，則封駁之職，因臣而廢。願理臣之罪，以正紀綱。」帝諭之曰：「所以徙光者，賴其勸學耳，非以言事故也。」公著請不已，竟解銀台司。
熙寧初，知開封府。時夏秋淫雨，京師地震。公著上疏曰：「自昔人君遇災者，或恐懼以致福，或簡誣以致禍。上以至誠待下，則下思盡誠以應之，上下至誠而變異不消者，未之有也。惟君人者去偏聽獨任之弊，而不主先入之語，則不為邪說所亂。顏淵問為邦，孔子以遠佞人為戒。蓋佞人惟恐不合于君，則其勢易親；正人惟恐不合于義，則其勢易疏。惟先格王正厥事，未有事正而世不治者也。」禮官用唐故事，請以五月禦大慶殿受朝，因上尊號。公著曰：「陛下方度越漢、唐，追復三代，何必于陰長之日，為非禮之會，受無益之名？」從之。
二年，為御史中丞。時王安石方行青苗法，公著極言曰：「自古有為之君，未有失人心而能圖治，亦未有能脅之以威、勝之以辯而能得人心者也。昔日之所謂賢者，今皆以此舉為非，而生議者一切祗為流俗浮論，豈昔皆賢而今皆不肖乎？」安石怒其深切。帝使舉呂惠卿為御史，公著曰：「惠卿固有才，然奸邪不可用。」帝以語安石，安石益怒，誣以惡語，出知潁州。
八年，彗星見，詔求直言。公著上疏曰：「陛下臨朝願治，為日已久，而左右前後，莫敢正言。使陛下有欲治之心，而無致治之實，此任事之臣負陛下也。夫士之邪正、賢不肖，既素定矣。今則不然，前日所舉，以為天下之至賢；而後日逐之，以為天下至不肖。其於人材既反覆不常，則於政事亦乖戾不審矣。古之為政，初不信於民者有之，若子產治鄭，一年而人怨之，三年而人歌之。陛下垂拱仰成，七年于此，然輿人之誦，亦未有異於前日，陛下獨不察乎？」
起知河陽，召還，提舉中太一宮，遷翰林學士承旨，改端明殿學士、知審官院。帝從容與論治道，遂及釋、老，公著問曰：「堯、舜知此道乎？」帝曰：「堯、舜豈不知？」公著曰：「堯、舜雖如此，而惟以知人安民為難，所以為堯、舜也。」帝又言唐太宗能以權智禦臣下。對曰：「太宗之德，以能屈己從諫爾。」帝善其言。
未幾，同知樞密院事。有欲復肉刑者，議取死囚試劓、刖，公著曰：「試之不死，則肉刑遂行矣。」乃止。夏人幽其主，將大舉討之。公著曰：「問罪之師，當先擇帥，苟未得人，不如勿舉。」及兵興，秦、晉民力大困，大臣不敢言，公著數白其害。
元豐五年，以疾丐去位，除資政殿學士、定州安撫使。俄永樂城陷，帝臨朝嘆曰：「邊民疲弊如此，獨呂公著為朕言之耳。」徙揚州，加大學士。將立太子，帝謂輔臣，當以呂公著、司馬光為師傅。
哲宗即位，以侍讀還朝。太皇太后遣使迎，問所欲言，公著曰：「先帝本意，以寬省民力為先。而建議者以變法侵民為務，與己異者一切斥去，故日久而弊愈深，法行而民愈困。誠得中正之士，講求天下利病，協力而為之，宜不難矣。」至則上言曰：「人君初即位，當正始以示天下，修德以安百姓。修德之要，莫先於學。學有緝熙于光明，則日新以底至治者，學之力也。謹昧死陳十事，曰畏天、愛民、修身、講學、任賢、納諫、薄斂、省刑、去奢、無逸。」又乞備置諫員，以開言路。拜尚書左丞、門下侍郎。
元祐元年，拜尚書右仆射兼中書侍郎。三省並建，中書獨為取旨之地。乃請事于三省者，與執政同進呈，取旨而各行之。又執政官率數日一聚政事堂，事多決於其長，同列莫得預。至是，始命日集，遂為定製。與司馬光同心輔政，推本先帝之志，凡欲革而未暇與革而未定者，一一舉行之。民歡呼鼓舞，咸以為便。光薨，獨當國，除吏皆一時之選。時科舉罷詞賦，專用王安石經義，且雜以釋氏之說。凡士子自一語上，非新義不得用，學者至不誦正經，唯竊安石之書以干進，精熟者轉上第，故科舉益弊。公著始令禁主司不得出題老、莊書，舉子不得以申、韓、佛書為學，經義參用古今諸儒說，毋得專取王氏。復賢良方正科。
右司諫賈易以言事訐直詆大臣，將峻責，公著以為言，止罷知懷州。退謂同列曰：「諫官所論，得失未足言。顧主上春秋方盛，慮異明有進諛說惑亂者，正賴左右爭臣耳，不可豫使人主輕厭言者也。」眾莫不歎服。
吐蕃首領鬼章青宜結久為洮、河患，聞朝廷弭兵省戍，陰與夏人合謀復取熙、岷。公著白遣軍器丞游師雄以便宜諭諸將，不逾月，生致于闕下。
帝宴近臣于資善堂，出所書唐人詩分賜。公著乃集所講書要語明白、切于治道者，凡百篇進之，以備游意翰墨，為聖學之助。
三年四月，懇辭位，拜司空、同平章軍國事。宋興以來，宰相以三公平章重事者四人，而公著與父居其二，士艷其榮。詔建第于東府之南，啟北扉，以便執政會議。凡三省、樞密院之職，皆得總理。間日一朝，因至都堂，其出不以時，蓋異禮也。
明年二月薨，年七十二。太皇太后見輔臣泣曰：「邦國不幸，司馬相公既亡，呂司空復逝。」痛閔久之。帝亦悲感，即詣其家臨奠，賜金帛萬。贈太師、申國公，謚曰正獻，御筆碑首曰「純誠厚德」。
公著自少講學，即以治心養性為本，平居無疾言遽色，于聲利紛華，泊然無所好。暑不揮扇，寒不親火，簡重清靜，蓋天稟然。其識慮深敏，量閎而學粹，遇事善決，苟便于國，不以私利害動其心。與人交，出於至誠，好德樂善，見士大夫以人物為意者，必問其所知與其所聞，參互考實，以達于上。每議政事，博取眾善以為善，至所當守，則毅然不回奪。神宗嘗言其於人材不欺，如權衡之稱物。尤能避遠聲跡，不以知人自處。
始與王安石善，安石兄事之，安石博辯騁辭，人莫敢與亢，公著獨以精識約言服之。安石嘗曰：「疵吝每不自勝，一詣長者，即廢然而反，所謂使人之意消者，于晦叔見之。」又謂人曰：「晦叔為相，吾輩可以言仕矣。」後安石得志，意其必助己，而數用公議，列其過失，以故交情不終。于講說尤精，語約而理盡。司馬光曰：「每聞晦叔講，便覺己語為煩。」其為名流所敬如此。
