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元昊圍延州，既解去，鈐轄內侍盧守勤與通判計用章更訟于朝。時內侍用事者，多為守勤遊說，朝廷議薄守勤罪，而流用章嶺南。清臣上疏曰：「臣聞眾議，延州之圍，盧守勤首對范雍號泣，謀遣李康伯見元昊，為偷生之計。計用章以為事急，不若退保鄜州，李康伯遂有‘死難，不可出城見賊’之語。自元昊退，守勤懼金明之失、二將之沒，朝廷歸罪邊將；又思倉卒之言，一旦為人所發，則禍在不測。遂反覆前議，移過於人，先為奏陳，冀望取信。正如黃德和誣奏劉平，欲免退走之罪。尋聞計用章亦疏斥守勤事狀，詔文彥博置劾，未分曲直，而遽罪用章、康伯，牲赦守勤。此必有議者結中人、惑聖聽，以為方當用師邊陲，不可輕起大獄。臣觀前史，魏尚、陳湯雖有功，尚不免削爵，罰作案驗吏士。何況擁兵自固，觀望不出，恣縱羌賊，破一縣，擒二將。大罪未戮，又自蔽其過，矯誣上奏，此而不按，何罪不容？設用章有退保之言，止坐畏懦；而守勤謀見賊之行，乃是歸款。二者之責，孰重孰輕，望詔彥博鞫正其獄。苟用章之狀果虛，守勤之罪果白，用章更置重科，物論亦允。無容偏聽一辭，以虧王道無黨之義。」其後獄具，守勤才降湖北兵馬都監。
時西師未解，急於經費，中書進擬三司使，清臣初不在選中。帝曰：「葉清臣才可用。」擢為起居舍人、龍圖閣學士、權三司使公事。始奏編前後詔敕，使吏不能欺，簿帳之叢冗者，一切刪去。內東門、禦廚皆內侍領之，凡所呼索，有司不敢問，乃為合同以檢其出入。清臣與宋庠、鄭戩雅相善，為呂夷簡所惡，出知江寧府。踰年，入翰林學士，知通進銀台司、勾當三班院。丁父憂，言者以清臣為知兵，請起守邊。及服除，宰相陳執中素不悅之，即除翰林侍讀學士、知邠州。道由京師，因請對，改澶州，進尚書戶部郎中、知青州。徙知永興軍，浚三白渠，溉田逾六千頃。
仁宗禦天章閣，召公卿，出手詔問當世急務。清臣聞之，為條對，極論時政闕失，其言多劘切權貴。且曰：「陛下欲息奔競，此系中書。若宰相裁抑奔競之流，則風俗惇厚，人知止足；宰相用憸佞之士，則貪榮冒進，激成渾波。向有職在管庫，日趨走時相之門。入則取街談巷言，以資耳目；出則竊廟謨朝論，以驚流輩。一旦皆擢職司，以酬所任。比日人士競踵此風，出入權要之家，時有‘三屍’、‘五鬼’之號。乃列館職，或置省曹。且台諫官為天子耳目，今則不然，盡為宰相肘腋。宰相所惡，則捃以微瑕，公行擊搏；宰相所善，則從而唱和，為之先容。中書政令不平，賞罰不當，則箝口結舌，未嘗敢言。人主纖微過差，或宮闈小事，即極言過當，用為訐直。供職未逾歲時，遷擢已加常等。宋禧為御史，勸陛下宮中畜犬設棘，以為守衛。削弱朝體，取笑四夷，不加訶譴，擢為諫官。王達兩為湖南、江西轉運使，所至苛虐，誅剝百姓，徒配無辜，特以宰相故舊，不次拔擢，遂有河北之行。如此，是長奔競也。」其他所列利害甚眾。
會河決商胡，北道艱食，復以為翰林學士、權三司使。舊制，有三司使、權使公事，而清臣所除，止言「權使」，自是分三等焉。以戶部副使向傳式不職，奏請出之。皇祐元年春，帝禦便殿，訪近臣以備邊之策。清臣上對，略曰：
陛下臨禦天下，二十八年，未嘗一日自暇自逸。而西夏、契丹頻歲為患者，豈非將相大臣，不得其人，不能為陛下張威德而攘四夷乎？昔王商在廷。單于不敢仰視。郅都臨代，匈奴不敢犯邊。今內則輔相寡謀，綱紀不振；外則兵不素練，將不素蓄。此外寇得以內侮也。慶歷，劉六符來，執政無術略，不能折衝樽俎，以破其謀。六符初亦疑大國之有人，藏奸計而未發。既見表裡，遂肆陸梁。只煩一介之使，坐致二十萬物，永匱膏血，以奉腥膻。此有識之士，所以為國長太息也。
今詔問：「北使詣闕，以伐西戎為名，即有邀求，何以答之？」臣聞誓書所載，彼此無求。況元昊叛邊，累年致討，契丹坐觀金鼓之出，豈有毫髮之助？今彼國出師，輒求我助，奸盟違約，不亦甚乎？若使辯捷之人，判其曲直，要之一戰，以破其謀，我直彼曲，豈不憚服。苟不知咎，或肆侵陵，方河朔災傷之餘，野無廬舍，我堅壁自守，縱令深入，其能久居？既無所因之糧，則亟當遁去。然後選擇驍勇，遏絶歸師，設伏出奇，邀擊首尾，若不就禽，亦且大敗矣。
詔問：「輔翊之能，方面之才，與夫帥領偏裨，當今敦可以任此者。」臣以為不患無人，患有人而不能用爾。今輔翊之臣，抱忠義之深者，莫如富弼。為社稷之固者，莫知范仲淹。諳古今故事者，莫如夏竦。議論之敏者，莫如鄭戩。方面之才，嚴重有紀律者，莫如韓琦。臨大事能斷者，莫如田況。剛果無顧避者，莫如劉渙。宏達有方略者，莫如孫沔。至于帥領偏裨，貴能坐運籌策，不必親當矢石，王德用素有威名，范仲淹深練軍政，龐籍久經邊任，皆其選也。狄青、范全頗能馭眾，蔣偕沉毅有術略，張亢倜儻有膽勇，劉貽孫材武剛斷，王德基純慤勁勇，此可補偏裨者也。
詔謂：「朔方災傷，軍儲缺乏。」此則三司失計置，轉運使不舉職，固非一日。既往固已不咎，來者又復不追，臣未見其可也。且如施昌言承久弊之政，方欲竭思慮、辦職事，一與賈昌朝違戾，遂被移徙，軍儲何由不乏？自去年秋八月，計度市糴，而昌朝執異議，仲春尚未與奪，財賦何緣得豐？先朝置內帑，本備非常。今為主者之吝，自分彼我，緩急不以為備，則臣不知其所為也。至如粒食之重，轉徙為難，莫若重立爵等，少均萬數，豪民詿誤，使得入粟，以免杖笞，必能速辦。夫能儉嗇以省費，漸致于從容。德音及此，天下之福也。比日多以卑官躐請厚奉，或身為內供奉而有遙刺之給，或為觀察使便占留後之封，幸門日開，賜予無藝，若令有司執守，率循舊規，庶幾物力亦獲寬弛。
詔問：「戰馬乏絶，何策可使足用？」臣前在三司，嘗陳監牧之弊，占良田九萬餘頃，歲費錢百萬緡。天閒之數，才三四萬，急有徵調，一不可用。今欲不費而馬立辦，莫若賦馬于河北、河東、陝西、京東西五路。上戶一馬，中戶二戶一馬，養馬者復其一丁。如此，則坐致戰馬二十萬匹，不為難矣。
時清臣以河北乏兵食，自汴漕米繇河陰輸北道者七十餘萬；又請發大名庫錢，以佐邊糴。而安撫使賈昌朝格詔不從，清臣固爭，且疏其跋扈不臣。宰相方欲兩中之，乃徙昌朝鄭州，罷清臣為侍讀學士、知河陽。卒，贈左諫議大夫。
清臣天資爽邁，遇事敢行，奏對無所屈。郭承祐妻舒王元偁女，封郡主，給奉；及承祐為殿前副都指揮使，妻以不加封，請增月給，清臣執奏不可。仁宗曰：「承祐管軍，妻又諸王女，當優之。」清臣曰：「是終為僥倖。」遂卷其奏置懷中，不行。數上書論天下事，陳九議、十要、五利，皆當世可行者。有文集一百六十捲。子均，為集賢校理。
