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是时，魏王泰礼秩如嫡，群臣未敢谏。帝从容访左右曰：「方今何事尤急？」岑文本泛言礼义为急，帝以不切，未领可。遂良曰：「今四方仰德，谁弗率者？唯太子、诸王宜有定分。」帝曰：「有是哉！朕年五十，日以衰怠，虽长子守器，而弟、支子尚五十人，心常念焉。自古宗姓无良，则倾败相仍，公等为我简贤者保傅之。夫事人久，情媚熟，则非意自生，其令王府官不得过四考，著为令。」帝尝怪：「舜造漆器，禹雕其俎，谏者十余不止，小物何必尔邪？」遂良曰：「雕琢害力农，纂绣伤女工，奢靡之始，危亡之渐也。漆器不止，必金为之，金又不止，必玉为之，故谏者救其源，不使得开。及夫横流，则无复事矣。」帝咨美之。
于时皇子虽幼，皆外任都督、刺史，遂良谏曰：「昔二汉以郡国参治，杂用周制。今州县率仿秦法，而皇子孺年并任刺史，陛下诚以至亲扞四方。虽然，刺史，民之师帅也，得人则下安措，失人则家劳攰。故汉宣帝曰：‘与我共治，惟良二千石乎。’臣谓皇子未冠者，可且留京师，教以经学，畏仰天威，不敢犯禁，养成德器，审堪临州，然后敦遣。昔东汉明、章诸帝，友爱子弟，虽各有国，幼者率留京师，训饬以礼。讫其世，诸王数十百，惟二人以恶败，自余餐和染教，皆为善良。此前事已验，惟陛下省察。」帝嘉纳。
太子承乾废，魏王泰间侍，帝许立为嗣，因谓大臣曰：「泰昨自投我怀中云：‘臣今日始得为陛下子，更生之日也。臣惟有一子，百年后，当杀之，传国晋王。’朕甚怜之。」遂良曰：「陛下失言。安有为天下主而杀其爱子，授国晋王乎？陛下昔以承乾为嗣，复宠爱泰，嫡庶不明，纷纷至今。若必立泰，非别置晋王不可。」帝泣曰：「我不能。」即诏长孙无忌、房玄龄、李勣与遂良等定策立晋王为皇太子。
时飞雉数集宫中，帝问：「是何祥也？」遂良曰：「昔秦文公时，有侲子化为雉，雌鸣陈仓，雄鸣南阳。侲子曰：‘得雄者王，得雌者霸。’文公遂雄诸侯，始为宝鸡祠。汉光武得其雄，起南阳，有四海。陛下本封秦，故雄雌并见，以告明德。」帝悦，曰：「人之立身，不可以无学。遂良所谓多识君子哉！」俄授太子宾客。
薛延陀请婚，帝己纳其聘，复绝之。遂良曰：「信为万事本，百姓所归。故文王许枯骨而不违，仲尼去食存信，贵之也。延陀，曩一俟斤耳。因天兵北讨，荡平沙塞，威加诸外，而恩结于内，以为余寇不可以无酋长，故玺书鼓纛，立为可汗。负抱之恩，与天无极。数遣使请婚于朝，陛下既开许，为御北门受献食。今一朝自为进退，所惜少，所失多，亏信夷狄，方生嫌恨，殆不可以训戎兵、励军事也。且龙沙以北，部落牛毛，中国击之不能尽，亦犹可北败，芮芮兴，突厥亡，延陀盛。是以古人虚外实内，怀之以德。使为恶，在夷不在华；失信，在彼不在此也。惟陛下裁幸。」不纳。
帝欲自讨辽东，遂良固劝无行：「一不胜，师必再兴；再兴，为忿兵。兵忿者，胜负不可必。」帝然可。会李勣诋其计，帝意遂决东。遂良惧，上言：「臣请譬诸身。两京，腹心也；四境，手足也；殊裔绝域，殆非支体所属。高丽王陛下所立，莫离支杀之。讨其逆，夷其地，固不可失，但遣一二慎将，付锐兵十万，翔■云輣，唾手可取。昔侯君集、李靖皆庸人尔，犹能撅高昌，缨突厥，陛下止发踪指示，得归功圣明。前日从陛下平天下，虓士爪臣，气力未衰，可驱策，惟陛下所使。臣闻涉辽而左，或水潦，平地淖三尺，带方、玄菟，海壤荒漫，决非万乘六师所宜行。」是时，帝锐意荡平，不见省。进黄门侍郎，参综朝政。莫离支遣使贡金，遂良曰：「古者讨杀君之罪，不受其赂。鲁纳郜鼎太庙，《春秋》讥之。今莫离支所贡不臣之篚，不容受。」诏可，以其使属吏。
帝既平高昌，岁调兵千人往屯，遂良诵诤不可，帝志取西域，寘其言不用。西突厥寇西州，帝曰：「往魏征、褚遂良劝我立麹文泰子弟，不用其计，乃今悔之。」帝于寝宫侧别置院居太子，遂良谏，以为「朋友深交者易怨，父子滞爱者多愆。宜许太子间还东宫，近师傅，专学艺，以广懿德。」帝从其言。会父丧免，起复，拜中书令。
帝寝疾，召遂良、长孙无忌曰：「叹武帝寄霍光，刘备托诸葛亮，朕今委卿矣。太子仁孝，其尽诚辅之。」谓太子曰：「无忌、遂良在，而毋忧。」因命遂良草诏。高宗即位，封河南县公，进郡公。坐事出为同州刺史。再岁，召拜吏部尚书、同中书门下三品，监修国史，兼太子宾客。进拜尚书右仆射。
帝将立武昭仪，召长孙无忌、李勣、于志宁及遂良人。或谓无忌当先谏，遂良曰：「太尉，国元舅，有不如意，使上有弃亲之讥。」又谓勣上所重，当进，曰：「不可。司空，国元勋，有不如意，使上有斥功臣之嫌。」曰：「吾奉遗诏，若不尽愚，无以下见先帝。」既入，帝曰：「罪莫大于绝嗣，皇后无子，今欲立昭仪，谓何？」遂良曰：「皇后本名家，奉事先帝。先帝疾，执陛下手语臣曰：‘我儿与妇今付卿！」且德音在陛下耳，可遽忘之？皇后无它过，不可废。”帝不悦。翌日，复言，对曰：「陛下必欲改立后者，请更择贵姓。昭仪昔事先帝，身接帷第，今立之，奈天下耳目何？」帝羞默。遂良因致笏殿阶，叩头流血，曰：「还陛下此笏，丐归田里。」帝大怒，命引出。武氏从幄后呼曰：「何不扑杀此獠？」无忌曰：「遂良受顾命，有罪不加刑。」会李勣议异，武氏立，乃左迁遂良潭州都督。
显庆二年，徙桂州，未几，贬爱州刺史。遂良内忧祸，恐死不能自明，乃上表曰：「往者承乾废，岑文本、刘洎奏东宫不可少旷，宜遣濮王居之，臣引义固争。明日仗入，先帝留无忌、玄龄、勣及臣定策立陛下。当受遗诏。独臣与无忌二人在，陛下方草土号恸，臣即奏请即位大行柩前。当时陛下手抱臣颈，臣及无忌请即还京，发哀大告，内外宁谧。臣力小任重，动贻伊戚，蝼螘余齿，乞陛下哀怜。」帝昏懦，牵于武后，讫不省。岁余，卒，年六十三。
