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于時北師始還，傷痍未復，戰士才數千，賊衆十餘萬，舳艫亙千里。孟昶、諸葛長人懼，欲擁天子過江，帝曰：「今兵士雖少，猶足一戰，若其克濟，臣主同休；如其不然，不復能草間求活，吾計決矣。」初，帝征慕容超，惟孟昶勸行，丙辰，昶乃表天子，引罪，仰藥而死。
時議者欲分兵屯守諸津，帝曰：「賊衆我寡，分其兵則人測虛實，一處失利，則沮三軍之心，若聚衆石頭，則衆力不分。」戊午，帝移鎮石城。乙丑，賊大至，帝曰：「賊若新亭直上，且將避之；若回泊蔡洲，成禽耳。」徐道覆欲自新亭焚舟而戰，循多疑少決，每求萬全，乃泊蔡洲以待軍潰。帝登石頭以望，見之，悅。庚辰，賊設伏于南岸，疑兵向白石。帝率劉毅、諸葛長人北拒焉，留參軍徐赤特戍查浦，戒令勿戰。帝既北，賊焚查浦而至張侯橋，赤特與戰，大敗，賊進屯丹陽郡。帝馳還石頭，斬徐赤特。解甲久之，乃出陣于南塘。七月庚申，循自蔡洲退，將還歸尋陽，帝遣輔國將軍王仲德等追之。使建威將軍孫處自海道襲番禺，戒之曰：「我十二月必破祅寇，卿亦足至番禺，先傾其巢窟也。」
十月，帝率舟師南伐，使劉毅監太尉留府。是月，徐道覆寇江陵，荊州刺史劉道規大破之，道覆走還湓口。十一月，孫處至番禺，克其城，盧循父嘏奔始興，處撫其人以守。十二月己卯，大軍次大雷。庚辰，賊方江而下，帝躬提幡鼓，命衆軍齊力擊之，軍中多萬鈞神弩，所至莫不摧陷。帝自于中流蹙之，因風水之勢，賊艦悉薄西岸，岸上軍先備火具焚之，大敗。循還尋陽，遂走豫章，悉力柵左裡。丙申，大軍次左裡，將戰，帝麾之，麾竿折，幡沈于水，衆咸懼，帝笑曰：「昔覆舟之役亦如此，今勝必矣。」攻其柵，循單舸走，衆皆降。師旋，晉帝遣侍中黃門勞師於行所。
七年正月己未，振旅而歸，改授大將軍、揚州牧，給班劍二十人，本官並如故。固辭。凡南北征伐戰亡者，並列上賻贈，屍喪未反者，遣主帥迎接，致還本土。
二月，盧循至番禺，爲孫處所破，收余衆南走。劉藩、孟懷玉斬徐道覆于始興。
自晉中興以來，朝綱弛紊，權門兼併，百姓流離，不得保其産業。桓玄頗欲厘改，竟不能行。帝既作輔，大示軌則，豪強肅然，遠近禁止。至是，會稽餘姚虞亮復藏匿亡命千餘人。帝誅亮，免會稽內史司馬休之。
晉帝又申前詔，帝固辭。於是改授太尉、中書監，乃受命，奉送黃鉞。
交州刺史杜惠度斬盧循父子，函七首送都。先是，諸州郡所遣秀才、孝廉多非其人，帝乃表申明舊例，策試之。
荊州刺史劉道規疾患，求歸，八年四月，改授豫州刺史，以豫州刺史劉毅代之。毅既有雄才大志，與帝俱興復晉室，自謂京城、廣陵功足相抗，雖權事推帝，而心不服也。厚自矜許，朝士素望者並多歸之，與尚書仆射謝混、丹陽尹郗僧施並深相結。及鎮江陵，豫州舊府多割以自隨，請僧施爲南蠻校尉。帝知毅終爲異端，心密圖之。毅至西，稱疾篤，表求從弟兗州刺史藩以爲副貳，帝僞許焉。九月，藩入朝，帝命收藩及謝混，並賜死。自表討毅，又假黃鉞，率諸軍西征。以前鎮軍將軍司馬休之爲平西將軍、荊州刺史，兗州刺史道憐鎮丹徒，豫州刺史諸葛長人監太尉留府事，加太尉司馬丹陽尹劉穆之建威將軍，配以實力。壬午，發建鄴，遣參軍王鎮惡、龍驤將軍蒯恩前襲江陵，克之，毅及黨與皆伏誅。
十一月，帝至江陵，分荊州十郡爲湘州，帝仍進督焉。以西陽太守朱齡石爲益州刺史，使伐蜀。晉帝進帝太傅、揚州牧，加羽葆、鼓吹，班劍二十人。
九年二月乙丑，帝至自江陵。初，諸葛長人貪淫驕橫，帝每優容之。劉毅既誅，長人謂所親曰：「昔年醢彭越，今年殺韓信，禍其至矣。」將謀作亂。帝剋期至都，而每淹留不進。公卿以下，頻日奉候于新亭，長人亦驟出。既而帝輕舟密至，已還東府矣。長人到門，引前，卻人閒語，凡平生言所不盡者，皆與及之，長人甚悅。帝已密命左右丁旿自幔後出，于坐拉焉，死於床側。輿屍付廷尉，並誅其弟黎人。旿驍勇有力，時人語曰，「勿跋扈，付丁旿」。
先是，山湖川澤皆爲豪強所奪，百姓薪采漁釣，皆責稅直，至是禁斷之。時人居未一，帝上表定製，於是依界土斷，惟徐、兗、青三州居晉陵者不在斷例。諸流寓郡縣，多所並省。以帝領鎮西將軍、豫州刺史。帝固讓太傅、揚州牧及班劍，奉還黃鉞。
七月，朱齡石平蜀，斬譙縱，傳首建鄴。
九月，晉帝以帝平齊、定盧循功，封帝次子義真爲桂陽縣公；並重申前命，授帝太傅、揚州牧，加羽葆、鼓吹，班劍二十人。將吏百僚敦勸，乃受羽葆、鼓吹、班劍，餘固辭。
十年，息人簡役，築東府城，起府舍。
帝以荊州刺史司馬休之宗室之重，又得江、漢人心，疑其有異志；而休之子譙王文思在都，招聚輕俠，帝執送休之，令自爲其所。休之表廢文思，並與帝書陳謝。
十一年正月，帝收休之子文寶、兄子文祖，並賜死，率衆西討。復假黃鉞，領荊州刺史。以中軍將軍道憐監留府事。休之上表自陳，並罪狀帝。休之府錄事參軍韓延之有干用才，帝未至江陵，密書招之。延之報書曰：「承親率戎馬，遠履西偏，闔境士庶，莫不惶駭。辱疏，知以譙王前事，良增嘆息。司馬平西體國忠貞，款懷待物，以公有匡複之勛，家國蒙賴，推德委誠，每事詢仰。譙王往以微事見劾，猶自表遜位；況以大過而當默邪！來示雲，‘處懷期物，自有由來’。今伐人之君，啖人以利，真可謂‘處懷期物’者矣。劉藩死於閶闔之門，諸葛斃于左右之手，甘言詫方伯，襲之以輕兵，遂使席上靡款懷之士，閫外無自信諸侯，以爲得算，良所恥也。吾雖鄙劣，嘗聞道于君子，以平西之至德，寧可無授命之臣乎？假天長喪亂，九流渾濁，當與臧洪游于地下。不復多雲。」帝視書嘆息，以示將佐曰：「事人當如此。」
三月，軍次江陵。初，雍州刺史魯宗之負力好亂，且慮不爲帝容，常爲讖曰：「魚登日，輔帝室。」與休之相結。至是，率其子竟陵太守軌會于江陵。帝濟江，休之衆潰，與軌等奔襄陽，江陵平。加領南蠻校尉。將拜南蠻，遇四廢日，佐史鄭鮮之等白遷日，不許。下書開寬大之恩。四月，進軍襄陽，休之等奔姚興。晉帝復申前令，授太傅、揚州牧，劍履上殿，入朝不趨，贊拜不名，加前部羽葆、鼓吹，置左右長史、司馬、從事中郎四人，封第三子義隆爲北彭城縣公。八月甲子，帝至自江陵，奉還黃鉞，固辭太傅、州牧、前部羽葆、鼓吹，其餘受命。
十二年正月，晉帝詔帝依舊闢士，加領平北將軍、兗州刺史，增督南秦，凡二十二州。帝以平北文武寡少，不宜別置，於是罷平北府，以並大府。三月，加帝中外大都督。
