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吐蕃祿東贊屯青海，遣使者論仲琮入見，表陳吐谷渾之罪，且請和親。上不許，遣左衛郎將劉文祥使于吐蕃，降璽書責讓之。
秋，八月，戊申，上以海東累歲用兵，百姓困于徵調，士卒戰溺死者甚眾，詔罷三十六州所造船，遣司元太常伯竇德玄等分詣十道，問人疾苦，黜陟官吏。德玄，毅之曾孫也。
九月，戊午，熊津道行軍總管、右威衛將軍孫仁師等破百濟餘眾及倭兵于白江，拔其周留城。
初，劉仁願、劉仁軌既克真峴城，詔孫仁師將兵浮海助之。百濟王丰南引倭人以拒唐兵。仁師與仁願、仁軌合兵，勢大振。諸將以加林城水陸之沖，欲先攻之，仁軌曰：「加林險固，急攻則傷士卒，緩之則曠日持久。周留城，虜之巢穴，群凶所聚，除惡務本，宜先攻之，若克周留，諸城自下。」於是仁師、仁願與新羅王法敏將陸軍以進，仁軌與別將杜爽、撫餘隆將水軍及糧船自熊津入白江，以會陸軍，同趣周留城。遇倭兵于白江口，四戰皆捷，焚其舟四百艘，煙炎灼天，海水皆赤。百濟王豐脫身奔高麗，王子忠勝、忠志等帥眾降，百濟盡平，唯別帥遲受信據任存城，不下。
初，百濟西部人黑齒常之，長七尺餘，驍勇有謀略，仕百濟為達率兼郡將，猶中國刺史也。蘇定方克百濟，常之帥所部隨眾降。定方縶其王及太子，縱兵劫掠，壯者多死。常之懼，與左右十餘人遁歸本部，收集亡散，保任存山，結柵以自固，旬月間歸附者三萬餘人。定方遣兵攻之，常之拒戰，唐兵不利；常之復取二百餘城，定方不能克而還。常之與別部將沙吒相如各據險以應福信，百濟既敗，皆帥其眾降。劉仁軌使常之、相如自將其眾，取任存城，仍以糧仗助之。孫仁帥曰：「此屬獸心，何可信也！」仁軌曰：「吾觀二人皆忠勇有謀，敦信重義；但向者所托，未得其人，今正是其感激立效之時，不用疑也。」遂給其糧仗，分兵隨之，攻拔任存城，遲受信棄妻子，奔高麗。
詔劉仁軌將兵鎮百濟，召孫仁帥、劉仁願還。百濟兵火之餘，比屋凋殘，殭屍滿野。仁軌始命瘞骸骨，籍戶口，理村聚，署官長，通道涂，立橋樑，補堤堰，復陂塘，課耕桑，賑貧乏，養孤老，立唐社稷，頒正朔及廟諱；百濟大悅，闔境各安其業。然後修屯田，儲糗糧，訓士卒，以圖高麗。
劉仁願至京帥，上問之曰：「卿在海東，前後奏事，皆合機宜，復有文理。卿本武人，何能如是？」仁願曰：「此皆劉仁軌所為，非臣所及也。」上悅，加仁軌六階，正除帶方州刺史，為築第長安，厚賜其妻子，遣使賫璽書勞勉之。上官儀曰：「仁軌遭黜削而能盡忠，仁願秉節制而能推賢，皆可謂君子矣。」
冬，十月，辛巳朔，詔太子每五日于光順門內視諸司奏事，其事之小者，皆委太子決之。
十二月，庚子，詔改來年元。
壬寅，以安西都護高賢為行軍總管，將兵擊弓月以救于闐。
是歲，大食擊波斯、拂菻，破之；南侵婆羅門，吞滅諸胡，勝兵四十餘萬。
高宗天皇大聖大弘孝皇帝中之上麟德元年（甲子，公元六六四年）
春，正月，甲子，改雲中都護府為單于大都護府，以殷王旭輪為單于大都護。
初，李靖破突厥，遷三百帳于雲中城，阿史德氏為其長。至是，部落漸眾，阿史德氏詣闕，請如胡法立親王為可汗以統之。上召見，謂曰：「今之可汗，古之單于也。」故更為單于都護府，而使殷王遙領之。
二月，戊子，上行幸萬年宮。
夏，四月，壬子，衛州刺史道孝王元慶薨。
丙午，魏州刺史郇公孝協坐臓，賜死。司宗卿隴西王傅義等奏孝協父叔良死王事，孝協無兄弟，恐絶嗣。上曰：「畫一之法，不以親疏異制，苟害百姓，雖皇太子亦所不赦。孝協有一子，何憂乏祀乎！」孝協竟自盡于第。
五月，戊申朔，遂州刺史許悼王孝薨。
乙卯，于昆明之弄棟川置姚州都督府。
秋，七月，丁未朔，詔以三年正月有事于岱宗。
八月，丙子，車駕還京師，幸舊宅，留七月；壬午，還蓬萊宮。
