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乙酉，詔廢太子承乾為庶人，幽于右領軍府。上欲免漢王元昌死，群臣固爭，乃賜自盡于家，而宥其母、妻、子。侯君集、李安儼、趙節、杜荷等皆伏誅。左庶子張玄素、右庶子趙弘智、令狐德棻等以不能諫爭，皆坐免為庶人。餘當連坐者，悉赦之。詹事于志寧以數諫，獨蒙勞勉。以紇干承基為祐川府折衝都尉，爵平棘縣公。
侯君集被收，賀蘭楚石復詣闕告其事，上引君集謂曰：「朕不欲令刀筆吏辱公，故自鞫公耳。」君集初不承。引楚石具陳始未，又以所與承乾往來啟示之，君集辭窮，乃服。上謂侍臣曰：「君集有功，欲乞其生，可乎？」群臣以為不可。上乃謂君集曰：「與公長訣矣！」因泣下，君集亦自投于地；遂斬之於市。君集臨刑，謂監刑將軍曰：「君集蹉跌至此！然事陛下于籓邸，擊取二國，乞全一子以奉祭祀。」上乃原其妻及子，徙嶺南。籍沒其家，得二美人，自幼飲人乳而不食。
初，上使李靖教君集兵法，君集言于上曰：「李靖將反矣。」上問其故，對曰：「靖獨教臣以其粗而匿其精，以是知之。」上以問靖，靖對曰：「此乃君集欲反耳。今諸夏已定，臣之所教，足以制四夷，而君集固求盡臣之術，非反而何！」江夏王道宗嘗從容言于上曰：「君集志大而智小，自負微功，恥在房玄齡、李靖之下，雖為吏部尚書，未滿其志。以臣觀之，必將為亂。」上曰：「君集材器，亦何施不可！朕豈惜重位，但次第未至耳，豈可億度，妄生猜貳邪！」及君集反誅，上乃謝道宗曰：「果如卿言！」
李安儼父，年九十餘，上愍之，賜奴婢以養之。
太子承乾既獲罪，魏王泰日入侍奉，上面許立為太子，岑文本、劉洎亦勸之；長孫無忌固請立晉王治。上謂侍臣曰：「昨青雀投我懷云：『臣今日始得為陛下子，乃更生之日也。臣有一子，臣死之日，當為陛下殺之，傳位晉王。』人誰不愛其子，朕見其如此，甚憐之。」諫議大夫褚遂良曰：「陛下言大失。願審思，勿誤也！安有陛下萬歲後，魏王據天下，肯殺其愛子，傳位晉王者乎！陛下日者既立承乾為太子，復寵魏王，禮秩過于承乾，以成今日之禍。前事不遠，足以為鑒。陛下今立魏王，願先措置晉王，始得安全耳。」上流涕曰：「我不能爾！」因起，入宮。魏王泰恐上立晉王治，謂之曰：「汝與元昌善，元昌今敗，得無憂乎？」治由是憂形于色，上怪，屢問其故，治乃以狀告；上憮然，始悔立泰之言矣。上面責承乾，承乾曰：「臣為太子，復何所求！但為泰所圖，時與朝臣謀自安之術，不逞之人遂教臣為不軌耳。今若泰為太子，所謂落其度內。」
承乾既廢，上禦兩儀殿，群臣俱出，獨留長孫無忌、房玄齡、李世勣、褚遂良，謂曰：「我三子一弟，所為如是，我心誠無聊賴！」因自投于床，無忌等爭前扶抱；上又抽佩刀欲自刺，遂良奪刀以授晉王治。無忌等請上所欲，上曰：「我欲立晉王。」無忌曰：「謹奉詔；有異議者，臣請斬之！」上謂治曰：「汝舅許汝矣，宜拜謝。」治因拜之。上謂無忌等曰：「公等已同我意，未知外議何如？」對曰：「晉王仁孝，天下屬心久矣，乞陛下試召問百官，有不同者，臣負陛下萬死。」上乃禦太極殿，召文武六品以上，謂曰：「承乾悖逆，泰亦凶險，皆不可立。朕欲選諸子為嗣，誰可者？卿輩明言之。」眾皆歡呼曰：「晉王仁孝，當為嗣。」上悅，是日，泰從百餘騎至永安門；敕門司盡闢其騎，引泰入肅章門，幽于北苑。丙戌，詔立晉王治為皇太子，禦承天門樓，赦天下，酺三日。上謂侍臣曰：「我若立泰，則是太子之位可經營而得。自今太子失道，籓王窺伺者，皆兩棄之，傳諸子孫，永為後法。且泰立，則承乾與治皆不全；治立，則承乾與泰皆無恙矣。」
臣光曰：唐太宗不以天下大器私其所愛，以杜禍亂之原，可謂能遠謀矣！
丁亥，以中書令楊師道為吏部尚書。初，長廣公主適趙慈景，生節；慈景死，更適師道。師道與長孫無忌等共鞫承乾獄，陰為趙節道地，由是獲譴。上至公主所，公主以首擊地，泣謝子罪，上亦拜泣曰：「賞不避仇讎，罰不阿親戚，此天下至公之道，不敢違也，以是負姊。」
己丑，詔以長孫無忌為太子太師，房玄齡為太傅，蕭瑀為太保，李世勣為詹事，瑀、世勣並同中書門下三品。同中書門下三品自此始。又以左衛大將軍李大亮領右衛率，前詹事于志寧、中書侍郎馬周為左庶子，吏部侍郎蘇勖、中書舍人高季輔為右庶子，刑部侍郎張行成為少詹事，諫議大夫褚遂良為賓客。
