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及太子勇以讒廢，晉王廣為太子，秀意甚不平。太子恐秀終為後患，陰令楊素求其罪而譖之。上遂征秀，秀猶豫，欲謝病不行。總管司馬源師諫，秀作色曰：「此自我家事，何預卿也！」師垂涕對曰：「師忝參府幕，敢不盡心！聖上有敕追王，以淹時月，今乃遷延未去。百姓不識王心，倘生異議，內外疑駭，發雷霆之詔，降一介之使，王何以自明？願王熟計之！」朝廷恐秀生變，戊子，以原州總管獨子瓜楷為益州總管，馳傳代之。楷至，秀猶未肯行；楷諷諭久之，乃就路。楷察秀有悔色，因勒兵為備；秀行四十餘裡，將還襲楷，覘知有備，乃止。
八月，甲子，皇后獨孤氏崩。太子對上及宮人哀慟絶氣，若不勝喪者；其處私室，飲食言笑如平常。又，每朝令進二溢米，而私令外取肥肉脯鮓，置竹桶中，以蠟閉口，衣袱裹而納之。
著作郎王劭上言：「佛說：『人應生天上及生無量壽國之時，天佛放大光明，以香花妓樂來迎。』伏惟大行皇后福善禎符，備諸秘記，皆云是妙善菩薩。臣謹案八月二十二日，仁壽官內再雨金銀花；二十三日，大寶殿後夜有神光；二十四日卯時，永安宮北有自然種種音樂，震滿虛空；至夜五更，奄然如寐，遂即升遐，與經文所說，事皆符驗。」上覽之悲喜。
九月，丙戌，上至自仁壽宮。
冬，十月，癸丑，以工部尚書楊達為納言。達，雄之弟也。
閏月，甲申，詔楊素、蘇威與吏部尚書牛弘等修定五禮。
上令上儀同三司蕭吉為皇后擇葬地，得吉處，云：「卜年二千，卜世二百。」上曰：「吉凶由人，不在於地。高緯葬父，豈不卜乎！俄而國亡。正如我家墓田，若雲不吉，朕不當為天子；若雲不凶，我弟不當戰沒。」然竟從吉言。吉退，告族人蕭平仲曰：「皇太子遣宇文左率深謝余云：『公前稱我當為太子，竟有其驗，終不忘也。今卜山陵，務令我早立。我立之後，當以富貴相報。』吾語之曰：『後四載，太子禦天下。』若太子得政，隋其亡乎！吾前紿雲『卜年二千』者，三十字也；『卜世二百』者，取世二傳也。汝其識之！」
壬寅，葬文獻皇后于太陵。詔以「楊素經營葬事，勤求吉地，論素此心，事極誠孝，豈與夫平戎定寇比其功業！可別封一子義康公，邑萬戶。」並賜田三十頃，絹萬段，米萬石，金珠綾錦稱是。
蜀王秀至長安，上見之，不與語；明日，使使切讓之。秀謝罪，太子諸王流涕庭謝。上曰：「頃者秦王糜費財物，我以父道訓之。今秀蠹害生民，當以君道繩之。」於是付執法者。開府儀同三司慶整諫曰：「庶人勇既廢，秦王已薨，陛下見子無多，何至如是！蜀王性甚耿介，今被重責，恐不自全。」上大怒，欲斷其舌，因謂群臣曰：「當斬秀于市以謝百姓。」乃令楊素等推治之。
太子陰作偶人，縛手釘心，枷鎖杻械，書上及漢王姓名，仍雲「請西嶽慈父聖母神兵收楊堅、楊諒神魂，如此形狀，勿令散蕩。」密埋之華山下，楊素髮之；又云秀妄述圖讖，稱京師妖異，造蜀地征祥；並作檄文，雲「指期問罪」，置秀集中，俱以聞奏。上曰：「天下寧有是邪！」十二月，癸巳，廢秀為庶人，幽之內侍省，不聽與妻子相見，唯獠婢二人驅使，連坐者百餘人。秀上表摧謝曰：「伏願慈恩，賜垂矜愍，殘息未盡之間，希與瓜子相見；請賜一穴，令骸骨有所。」瓜子，其愛子也。上因下詔數其十罪，且曰：「我今不知楊堅、楊諒是汝何親？」後乃聽與其子同處。
初，楊素嘗以少譴敕送南台，命治書侍御史柳彧治之。素恃貴，坐彧床。彧從外來見之，于階下端笏整容謂素曰：「奉敕治公之罪！」素遽下。彧據案而坐，立素于庭，辨詰事狀。素由是銜之。蜀王秀嘗從彧求李文博所撰《治道集》，彧與之；秀遺彧奴婢十口。及秀得罪，素奏彧以內臣交通諸侯，除名為民，配戍懷遠鎮。
帝使司農卿趙仲卿往益州窮案秀事，秀之賓客經過之處，仲卿必深文致法，州縣長吏坐者太半。上以為能，賞賜甚厚。
