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南燕主備德聞桓玄敗，命北地王鐘等將兵欲取江南，會備德有疾而止。
夏，四月，己丑，武陵王遵入居東宮，內外畢敬；遷除百官稱制書，教稱令書。以司馬休之監荊、益、梁、寧、秦、雍六州諸軍事、領荊州刺史。
庚寅，桓玄挾帝至江陵，桓石康納之。玄更署置百官，以卞范之為尚書仆射。自以奔敗之後，恐威令不行，乃更增峻刑罰，眾益離怨。殷仲文諫，玄怒曰：「今以諸將失律，天文不利，故還都舊楚；而群小紛紛，妄興異議！方當糾之以猛，未可施之以寬也。」荊、江諸郡聞玄播越，有上表奔問起居者，玄皆不受，更令所在賀遷新都。
初，王謐為玄佐命元臣，玄之受禪，謐手解帝璽綬；乃玄敗，眾謂謐宜誅，劉裕特保全之。劉毅嘗因朝會，問謐璽綬所在。謐內不自安，逃奔曲阿。裕箋白武陵王，迎還複位。
桓玄兄子歆引氐帥楊秋寇歷陽，魏詠之帥諸葛長民、劉敬宣、劉鐘共擊破之，斬楊秋于練固。
玄使武衛將軍庾稚祖、江夏太守桓道恭帥數千人就何澹之等共守湓口。何無忌、劉道規至桑落洲，庚戌，澹之等引舟師逆戰。澹之常所乘舫羽儀旗幟甚盛，無忌曰：「賊帥必不居此，欲詐我耳，宜亟攻之。」眾曰：「澹之不在其中，得之無益。」無忌曰：「今眾寡不敵，戰無全勝，澹之既不居此舫，戰士必弱，我以勁兵攻之，必得之；得之，則彼勢沮而我氣倍，因而薄之，破賊必矣。」道規曰：「善！」遂往攻而得之，因傳呼曰：「已得何澹之矣」。澹之軍中驚擾。無忌之眾亦以為然，乘勝進攻澹之等，大破之。無忌等克湓口，進據尋陽，遣使奉送宗廟主祏還京師……加劉裕都督江州諸軍事。
桑落之戰，胡籓所乘艦為官軍所燒，籓全鎧入水，潛行三十許步，乃得登岸。時江陵路已絶，乃還豫章。劉裕素聞籓為人忠直，引參領軍軍事。
桓玄收集荊州兵，曾未三旬，有眾二萬，樓船、器械甚盛。甲寅，玄復帥諸軍挾帝東下，以苻宏領梁州刺史，為前鋒；又使散騎常侍徐放先行，說劉裕等曰：「若能旋軍散甲，當與之更始，各授位任，令不失分。」
劉裕以諸葛長民都督淮北諸軍事，鎮山陽；以劉敬宣為江州刺史。
柔然可汗社侖從弟悅代大那謀殺社侖，不克，奔魏。
燕王熙于友騰苑起逍遙宮，連房數百，鑿曲光海，盛夏，士卒不得休息，曷死者大半。
西涼世子譚卒。
劉毅、何無忌、劉道規、下邳太守平昌孟懷玉帥眾自尋陽西上，五月，癸酉，與桓玄遇于崢嶸洲。毅等兵不滿萬人，而玄戰士數萬，眾憚之，欲退還尋陽。道規曰：「不可！彼眾我寡，強弱異勢，今若畏懦不進，必為所乘，雖至尋陽，豈能自固！玄雖竊名雄豪，內實恇怯；加之已經奔敗，眾無固心。決機兩陣，將雄者克，不在眾也。」因麾眾先進。毅等從之。玄常漾舸于舫側以備敗走，由是眾莫有鬥心。毅等乘風縱火，盡鋭爭先，玄眾大潰，燒輜重夜遁。郭銓詣毅降。玄故將劉統、馮稚等聚黨四百人襲破尋陽城。毅遣建威將軍劉懷隷討平之。懷肅，懷敬之弟也。
玄挾帝單舸西走，留永安何皇后及王皇后于巴陵。殷仲文時在玄艦，求出別船收集散卒，因叛玄，奉二後奔夏口，遂還建康。
己卯，玄與帝入江陵。馮該勸使更下戰，玄不從，欲奔漢中就桓希，而人情乖沮，號令不行。庚辰，夜中，處分欲發，城內已亂，乃與親近腹心百餘人乘馬出城西走。至城門，左右于暗中斫玄，不中，其徒更相殺害，前後交橫。玄僅得至船，左右分散，惟卞范之在側。
辛巳，荊州別駕王康產奉帝入南郡府舍，太守王騰之帥文武為侍衛。
玄將之漢中，屯騎校尉毛修之，璩之弟子也，誘玄入蜀，玄從之。寧州刺史毛璠，璩之弟也，卒於官。璩使其兄孫祐之及參軍費恬帥數百人，送璠喪歸江陵，壬午，遇玄于枚回洲。祐之、恬迎擊玄，矢下如雨，玄嬖人丁仙期、萬蓋等以身蔽玄，皆死。益州督護漢嘉馮遷抽刀，前欲擊玄，玄拔頭上玉導與之，曰：「汝何人，敢殺天子！」遷曰：「我殺天子之賊耳！」遂斬之，又斬桓石康、桓浚、庾責之，執桓昇送江陵，斬于市。乘輿返正于江陵，以毛修之為驍騎將軍。甲申，大赦，諸以畏逼從逆者一無所問。戊寅，奉神主于太廟。劉毅等傳送玄首，梟于大桁。
