他的使者的生花妙筆曾把他描繪成十分得意的樣子，坐在對他唯命是從的歐洲君王和大主教之上。在弗拉拉召開的全國宗教大會的微薄的面紗暴露出了他的虛弱；拉丁人在舉行首次會議時僅只有
5位大主教、
18位主教和
10位寺院住持出席，他們中絶大部分都是這位意大利教皇的臣民或同鄉。除了勃艮第的公爵外，西部的權勢人物無一屈尊前往或派員參加；該會議也不可能壓過尤金尼厄斯的身份和地位，違抗巴塞爾的合法決議，那是最後通過重新選舉決定的。
而在此情況下，有人提出休戰或將這事暫時擱置，並得到了同意，直到佩利奧洛格斯能夠取得拉丁人的同意，從這一不很受歡迎的聯合中，獲得某些世俗的報酬；於是，在第一次會議之後，公開的大會議程暫停了
6個多月。皇帝帶著他所挑選的一批寵臣和土耳其禁衛軍，確定以距離弗拉拉
6英里的一所舒適寬敞的修道院為他們的夏季駐地；在打獵的歡樂中把教會和國家的苦難全拋到了九霄雲外；並且一心要消滅獵物，對侯爵或管理人員的正當抱怨完全不予理采。與此同時，他的不幸的希臘人民正遭受着背井離鄉和貧困的煎熬；為這些外來人提供的每月三四金弗羅林的生活費，儘管這筆錢總數還不足
700弗羅林，但由於羅馬朝廷的貧窮或政策，卻被一再拖欠。他們渴望早日獲得解脫，可是已有三重鎖鏈擋住了他們逃走的出路；要出弗拉拉的城門必須有上司發給的通行證；威尼斯政府已安排好捕捉和遣返一切出逃的人，而在君士坦丁堡等待他們的是無法逃脫的懲罰；逐出教會、罰款和不問聖職高低一律判處當眾剝光衣服嚴厲鞭打。希臘人只有在除了饑餓和爭吵別無選擇的情況下才可能甘願召開那第一次會議，而他們更是極不情願從弗拉拉趕往佛羅倫薩去參加一次正在潰逃中的會議。這一新的轉移實出於絶對的必要：該城受到了鼠疫的襲擊；侯爵的忠誠已十分可疑；米蘭公爵的僱傭兵已把守住城門，而由於他們已佔領了羅馬尼阿，教皇、皇帝和主教們要想探索一條穿過亞平寧行人稀少的通道並非是沒有困難和危險的。
然而，所有這些障礙全被時間和策略征服了。
巴塞爾的神甫的騷亂對尤金尼厄斯的事業，非但無所損害，反倒起了促進作用：歐洲各民族都厭惡分裂，並不承認被選舉出的先後曾作過薩伏伊的公爵、隱士和教皇的費利克斯五世；而那些大君主們已逐漸被他的競爭者改造成一個有利的中立派或堅定的擁護者了。
而那些使節，其中也有幾位值得尊敬的人士，全逃到數量和聲望都在無形中日益增長的羅馬軍隊中去；巴塞爾議會參加的人數減少到了
39名主教和
300名下級教士；而佛羅倫薩的拉丁人卻可以拿出一個包括教皇本人在內的
8位紅衣主教、
2位大主教長、
8位大主教、
52位主教和
45位寺院住持或宗教首領的名單來。
在經過
9個月的努力和
25次會議的辯論之後，他們終於再度達成了希臘人的有利而光榮的大聯合。有
4個問題在兩教會之間進行了激烈的爭論：
1．在以基督身體為主的聖餐禮上使用未經發酵的麵包問題。
2．煉獄的性質。
3．教皇的至高無上的權力。
4．聖靈的單一性或雙重性問題。兩民族的立場各由
15位神學辯護士負責主要發言：拉丁人一方由口才永不枯竭的紅衣主教尤利安主持，而以弗所的馬爾可和尼斯的貝薩裡翁則是希臘軍營的勇敢而強有力的騎手。看到其中的第一個問題現在已成為因一時、一地的風尚不同而無端有所變異的無足重輕的禮儀問題，我們不免會讚揚人類的理性確有一些進步了。
至于第二個問題，雙方都一致認為，為了清除掉信徒們的可以清除的罪惡，應該有一個過渡的清洗過程；但他們的靈魂是否能被真火淨化卻是個可疑的問題，這問題可以在幾年之內由爭論的雙方即時予以解決。
至高無上的權力問題看來是個更重大、更關鍵的問題，然而，羅馬主教一向被東方尊為五大主教中的第一位；他們毫不懷疑地承認，他的司法權力可以與神聖的教規並行而不悖：其間只有一個可以因一時的方便而加以劃定或迴避的伸縮性。聖靈究竟是單獨生自聖父還是出自聖父與聖子，是一個更使人深思的信仰問題；而在弗拉拉和佛羅倫薩的會議上，拉丁人所增加的和子字樣又被劃分成了兩個問題，它是否合法和它是否合乎正統。我也許沒有必要在這裡多談我對這個問題的不偏不倚，無動于衷的態度：但我卻不能不想到，卡爾西頓宗教會議反對，在尼斯信條，或可乾脆說，在君士坦丁堡信條之外，再加上任何條款的禁令，卻會大大增強了希臘人的地位。
在人世的事務中很難想象一批立法者如何能管住下一代被授予和他們同等權力的立法者，使他們按自己的意願行事。然而神的啟示的作用必然是真實的，不可改易的；一個主教個人或一個省級宗教會議，也不得擅自作主改變正統教會的裁決。
在教義的實質問題上，對立雙方旗鼓相當，永遠難分勝負；一個神的參與攪亂了人的理性；而躺在聖壇上的福音書是沉默無言的；前代人留下的各種不同文本可能有人弄虛作假，加以篡改或隨意進行改動；而希臘人對拉丁聖徒的為人和作品均一無所知。關於這一點我們至少可以肯定，他們中任何一方都可能被對方的論點說服。偏見可以被理性之光所照亮，表面的一片也可能會得到我們的各種感官所獲得的更全面的觀察的認可。但是那些主教和僧侶卻從很小便只學會反覆背誦一套神秘的言詞：他們的民族的和個人的榮譽都依賴於他們那不斷唸唸有詞，他們的狹隘的頭腦更因一場公開辯論中的惡言惡語變得僵化和狂亂。
而當他們還迷失在一派紛爭的烏煙瘴氣中的時候，教皇卻正極力謀求一個表面上的聯合，非此亦無能達到他們彼此相會的目的；公開辯論的頑固性在私下面對面的交談中，也有所緩解。年邁和虛弱的大主教約瑟夫已顯得力不能支，他的臨終之言使會談增添了一些仁愛與和諧的氣氛，而他即將空出的職位可能在一些有野心的教士心中引起一番希望。
俄羅斯和尼斯，伊西多爾和貝薩裡翁的大主教們的積極而無條件的服從態度，都很快得到了榮升為紅衣主教的鼓勵和報償。
貝薩裡翁在最初的辯論中一直是希臘教會的最熱烈、最有口才的辯護人；而如果這個背教者，這個雜種，被他的國家所指責，那麼在宗教的傳說中，他便似乎是一個少有的愛國志士的典範。他只是不得不始而大聲反對，繼而順從以贏得好感。
在兩位宗教事務副手的幫助下，皇帝使自己的論點既適合當時的總的情況，又適用於主教們的個人特點，他們也便一個接一個被他的權威和榜樣的作用所感動了。
