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在君主的嚴厲的命令之下，西里爾來到了以弗所，在那裡他被行政官員們，按照已經集中了呂底亞和愛奧尼亞的軍隊用以鎮壓這位大主教的狂熱的不服管制的隨員的聶斯脫利和東部人的要求，加以抵制、威脅和囚禁。他不考慮可否會得到朝廷的寬容，公然從看守的手中逃走，倉促上船，拋下了那個不完備的會議，躲進了安全、獨立的主教的堡壘。但是，他的被派往朝廷和市政府去的足智多謀的使者卻竭力平息皇帝的怒氣，求得他的寬容，並取得了成功。
那位意志薄弱的阿爾卡狄烏斯的兒子卻在妻子和妹妹、宦官和宮中婦女們的互相矛盾的影響之下，始終拿不定主意：他們的主導情緒是迷信和貪婪；而正統基督教的頭目們也便不遺餘力地在前一個問題上危言聳聽，而在後一個問題上大力滿足。君士坦丁堡及其近郊到處修建了興旺的寺院，那神聖的長老達利馬提烏斯和優迪克本早已把自己的熱情和忠心奉獻給西里爾的事業、對瑪麗的崇拜和統一體的基督。從教會出現危險的第一天開始，他們的誓言已被一個更崇高的不可抵禦的職責所代替。大隊的僧人和隱士手裡舉着點燃的蠟燭，口中對上帝的母親唱着讚歌，在他們的帶領下，從他們的寺院奔向皇宮。這空前的盛況使人民群眾為之振奮、激動，而渾身發抖的帝王則靜聽著聖徒們的禱告和祈求。他們大膽宣稱，除非他們全歸向阿塔納西烏斯的正統繼承人，並接受他的信條，他們便誰也不用希望得救。在這同時，每一條通向皇宮的道路都正受到金幣的轟擊。在讚頌和祝福的光明正大的名義之下，男女朝臣全以其權勢和貪慾的大小分別得到不同數目的賄賂。但他們的無厭的貪求已把君士坦丁堡和亞歷山大里亞的教會財富洗劫一空；以致那位大主教的權威也無法壓下教士們的正當抱怨，為了支付這一可恥的腐敗行徑的開銷，他們已欠下
6萬鎊的債務了。
從一個帝國的重大壓力下救出自己的弟弟的普爾喀麗婭是正統派的最堅定的支柱；宗教會議上的大聲疾呼派和宮廷裡的小聲嘀咕派的聯盟是如此緊密，西里爾只要能夠除去一個宦官，換上一個得到提奧多西喜愛的宦官，他便肯定可以獲得成功了。
然而，這埃及人仍不能吹噓說自己已獲得光榮的或決定性的勝利。皇帝，忽然表現出異乎尋常的堅定，一定要堅守自己曾許諾保護無辜的東部主教們的諾言；西里爾儘量設法緩解了他的憤怒仇恨情緒，在他得以對不幸的聶斯脫利進行全面報復之前，他勉強含含糊糊承認了基督的兩重性。
魯莽和頑固的聶斯脫利，直到會議結束，一直受到西里爾的壓迫、朝廷的冷遇和他的東部朋友們的不明確的支持。一種恐懼或憤怒的情緒促使他，在時間還不算過晚的時候，來一個光榮的自願退位：他的願望，或至少是他的要求，當即獲得應允；他於是被十分風光地從以弗所送到了安條克他原來修行的舊寺院了不久以後，他的繼承人馬克西米安和普羅克修斯成了君士坦丁堡合法的主教。
但是，那位被貶黜的主教，在他的沉寂的斗室中，怎麼也無法再安於一個普通僧人的冷清、安全的生活了。
對過去他懷念不已，對現在他十分不滿，對未來他有充分的理由感到不安：東部的主教相繼把他的不受歡迎的名字排除在他們的一切活動之外，而把聶斯脫利尊為堅定信仰維護者的分立派的人數則與日俱減。在他在安條克居住了
4年之後，提奧多西親手簽訂了一項命令，把他歸於西門一類術士之列，對他的言論和追隨者一概加以取締，把他的作品投入火中，他本人先被流放到阿拉伯的彼得拉，最後又被轉移到利比亞沙漠中的孤島之一綠洲去。
雖然已和教堂、和整個世界脫離接觸，這位流徒卻仍為頑固思想和戰爭意識所苦。一個屬於米倫米或努比亞族的遊牧部落進入了他的孤獨的牢房：離開時卻扔下了一大批無用的俘虜；但聶斯脫利剛一到達尼羅河的岸邊，他便發現他實在寧願逃開一個羅馬人的正統教的城市，而去接受野蠻人的較溫和的奴役。他的逃跑被看作是一項新的罪行而受到懲罰：這位大主教的精神感動了埃及的民族和教會的權勢人物；行政官員、士兵、僧侶全都虔誠地折磨基督的敵人和西里爾；而且，在埃塞俄比亞的領土範圍之內，這個異端分子一時被送出，一時又被放回，直到後來這反覆的旅途勞頓已使他衰邁的殘軀實在不耐其苦了。
但他的頭腦卻仍然思想敏鋭，自有獨立見解，蒂巴伊斯的市長看到他寫的佈道的書信不禁驚訝不已；亞歷山大里亞的正統基督教的暴君死去時，他還安然健在，在經過
16年的流放生活之後，卡爾西頓的宗教會議也許將會重新恢復他的榮譽，或至少讓他重回到教會中生活。聶斯脫利的死使他無法聽從他們的對他十分歡迎的召喚；他的病可能為關於他的死的惡意中傷的傳聞增添了幾分色彩：說什麼他的誹謗神明的工具，他的舌頭，被蟲子吃掉了。
他被埋葬在上埃及的一個被人叫作克姆尼斯，或潘諾波利斯，或阿克米的城市中；但詹姆斯黨的不朽的怨毒之心卻曆數代人而不衰，一直堅持向他的墳上砸去石塊，並散播那個愚蠢的傳說，說是上天對正直和邪惡的人一視同仁遍撒的雨露，從無一滴落到他的墳上。仁慈的人可能禁不住為聶斯脫利的不幸命運灑幾滴同情之淚；但正義的人卻會看到，他所受的迫害完全是他自己十分贊同並曾施之於人的做法。
優迪克派的異端邪說和第二次以弗所會議亞歷山大里亞的大主教在進行統治
32年之後，今已死去，拋下正統基督教徒去無節制地發泄狂熱，和沿用已取得的勝利。在埃及的教會和東部寺院中都嚴格宣揚唯一神性的學說（只是一個神性的化身），阿波利拉烏斯的原始信條因得到西里爾的承認而得到保護；他的可敬的朋友優迪克這個名字一直被用於一個和聶斯脫利的敘利亞邪說最為針鋒相對的派別。他的對手優迪克是那
300名僧人的住持，或方丈，或最高領導人；但如果拜占廷大主教弗拉維安的憤恨或冒失不曾使這一醜聞呈現在整個基督教世界的眼前，一個思想簡單、一字不識的隱士的意見便可能早已消失在他曾躺臥了
70多年的地洞裡了。
