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玄自篡盜之後，驕奢荒侈，遊獵無度，以夜繼晝。兄偉葬日，旦哭晚游，或一日之中屢出馳騁。性又急暴，呼召嚴速，直官咸繫馬省前，禁內嘩雜，無復朝廷之體。於是百姓疲苦，朝野勞瘁，怨怒思亂者十室八九焉。於是劉裕、劉毅、何無忌等共謀興復。裕等斬桓脩于京口，斬桓弘于廣陵，河內太守辛扈興、弘農太守王元德、振威將軍童厚之、竟陵太守劉邁謀為內應。至期，裕遣周安穆報之，而邁惶遽，遂以告玄。玄震駭，即殺扈興等，安穆馳去得免。封邁重安侯，一宿又殺之。
裕率義軍至竹裡，玄移還上宮，百僚步從，召侍官皆入止省中。赦揚、豫、徐、兗、青、冀六州，加桓謙征討都督、假節，以殷仲文代桓脩，遣頓丘太守吳甫之、右衛將軍皇甫敷北距義軍。裕等於江乘與戰，臨陣斬甫之，進至羅落橋，與敷戰，復梟其首。玄聞之大懼，乃召諸道術人推算數為厭勝之法，乃問眾曰：「朕其敗乎？」曹靖之對曰：「神怒人怨，臣實懼焉。」玄曰：「人或可怨，神何為怒？」對曰：「移晉宗廟，飄泊失所，大楚之祭，不及于祖，此其所以怒也。」玄曰：「卿何不諫？」對曰：「輦上諸君子皆以為堯舜之世，臣何敢言！」玄愈忿懼，使桓謙、何澹之屯東陵，卞范之屯覆舟山西，眾合二萬，以距義軍。裕至蔣山，使羸弱貫油帔登山，分張旗幟，數道並前。玄偵侯還云：「裕軍四塞，不知多少。」玄益憂惶，遣武衛將軍庾頤之配以精卒，副援諸軍。于時東北風急，義軍放火，煙塵張天，鼓噪之音震駭京邑。劉裕執鉞麾而進，謙等諸軍一時奔潰。玄率親信數千人聲言赴戰，遂將其子升、兄子浚出南掖門，西至石頭，使殷仲文具船，相與南奔。
初，玄在姑孰，將相星屢有變；篡位之夕，月及太白，又入羽林，玄甚惡之。及敗走，腹心勸其戰，玄不暇答，直以策指天。而經日不得食，左右進以粗飯，咽不能下。升時年數歲，抱玄胸而撫之，玄悲不自勝。
劉裕以武陵王遵攝萬機，立行台，總百官。遣劉毅、劉道規躡玄，誅玄諸兄子及石康兄權、振兄洪等。
玄至尋陽，江州刺史郭昶之給其器用兵力。殷仲文自後至，望見玄舟，旌旗輿服備帝者之儀，嘆息曰：「敗中復振，故可也。」玄於是逼乘輿西上。桓歆聚黨向歷陽，宣城內史諸葛長民擊破之。玄于道作起居注，敘其距義軍之事，自謂經略指授，算無遺策，諸將違節度，以致虧喪，非戰之罪。於是不遑與群下謀議，唯耽思誦述，宣示遠近。玄至江陵，石康納之，張幔屋于城南，署置百官，以卞范之為尚書仆射，其餘職多用輕資。於是大修舟師，曾未三旬，眾且二萬，樓船器械甚盛。謂其群黨曰：「卿等並清涂翼從朕躬，都下竊位者方應謝罪軍門，其觀卿等入石頭，無異雲霄中人也。」
玄以奔敗之後，懼法令不肅，遂輕怒妄殺，人多離怨。殷仲文諫曰：「陛下少播英譽，遠近所服，遂掃平荊雍，一匡京室，聲被八荒矣。既據有極位，而遇此圮運，非為威不足也。百姓喁喁，想望皇澤，宜弘仁風，以收物情。」玄怒曰：「漢高、魏武幾遇敗，但諸將失利耳！以天文惡，故還都舊楚，而群小愚惑，妄生是非，方當糾之以猛，未宜施之以恩也。」玄左右稱玄為「桓詔」，桓胤諫曰：「詔者，施于辭令，不以為稱謂也。漢魏之主皆無此言，唯聞北虜以苻堅為『苻詔』耳。願陛下稽古帝則，令萬世可法。」玄曰：「此事已行，今宣敕罷之，更為不祥。必其宜革，可待事平也。」荊州郡守以玄播越，或遣使通表，有匪寧之辭，玄悉不受，仍乃更令所在表賀遷都。
玄遣游擊將軍何澹之、武衛將軍庾稚祖、江夏太守桓道恭就郭銓以數千人守湓口。又遣輔國將軍桓振往義陽聚眾，至弋陽，為龍驤將軍胡譁所破，振單騎走還。何無忌、劉道規等破郭銓、何澹之、郭昶之於桑落洲，進師尋陽。玄率舟艦二百發江陵，使苻宏、羊僧壽為前鋒。以鄱陽太守徐放為散騎常侍，欲遣說解義軍，謂放曰：「諸人不識天命，致此妄作，遂懼禍屯結，不能自反。卿三州所信，可明示朕心，若退軍散甲，當與之更始，各授位任，令不失分。江水在此，朕不食言。」放對曰：「劉裕為唱端之主，劉毅兄為陛下所誅，並不可說也。輒當申聖旨于何無忌。」玄曰：「卿使若有功，當以吳興相敘。」放遂受使，入無忌軍。
魏詠之破桓歆于歷陽，諸葛長民又敗歆于芍陂，歆單馬渡淮。毅率道規及下邳太守孟懷玉與玄戰于崢嶸洲。于時義軍數千，玄兵甚盛，而玄懼有敗衄，常漾輕舸于舫側，故其眾莫有鬥心。義軍乘風縱火，盡鋭爭先，玄眾大潰，燒輜重夜遁，郭銓歸降。玄故將劉統、馮稚等聚黨四百人，襲破尋陽城，毅遣建威將軍劉懷肅討平之。玄留永安皇后及皇后于巴陵。殷仲文時在玄艦，求出別船收集散軍，因叛玄，奉二後奔于夏口。玄入江陵城，馮該勸使更下戰，玄不從，欲出漢川，投梁州刺史桓希，而人情乖阻，制令不行。玄乘馬出城，至門，左右于暗中斫之，不中，前後相殺交橫，玄僅得至船。於是荊州別駕王康產奉帝入南郡府舍，太守王騰之率文武營衛。
