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三年春二月，帝在尋陽。庚寅夜，濤水入石頭，漂殺人戶。乙卯，建武將軍劉裕帥沛國劉毅、東海何無忌等舉義兵。丙辰，斬桓玄所署徐州刺史桓修於京口，青州刺史桓弘于廣陵。丁巳，義師濟江。三月戊午，劉裕斬玄將吳甫之於江乘，斬皇甫敷于羅落。己未，玄眾潰而逃。庚申，劉裕置留台，具百官。壬戌，桓玄司徒王謐推劉裕行鎮軍將軍、徐州刺史、都督揚徐兗豫青冀幽並八州諸軍事、假節。劉裕以謐領揚州刺史、錄尚書事。辛酉，劉裕誅尚書左仆射王愉、愉子荊州刺史綏、司州刺史溫詳。辛未，桓玄逼帝西上。丙戌，密詔以幽逼于玄，萬機虛曠，令武陵王遵依舊典，承製總百官行事，加侍中，余如故。並大赦謀反大逆己下，惟桓玄一祖之後不宥。夏四月己丑，大將軍、武陵王遵稱制，總萬機。庚寅，帝至江陵。庚戌，輔國將軍何無忌、振武將軍劉道規及桓玄將庾稚、何澹之戰于湓口，大破之。玄復逼帝東下。五月癸酉，冠軍將軍劉毅及桓玄戰于崢嶸洲，又破之。己卯，帝復幸江陵。辛巳，荊州別駕王康產、南郡太守王騰之奉帝居于南郡。壬午，督護馮遷斬桓玄于貊盤洲。乘興反正于江陵。甲申，詔曰：「姦凶篡逆，自古有之。朕不能式遏杜漸，以致播越。賴鎮軍將軍裕英略奮發，忠勇絶世，冠軍將軍毅等誠心宿著，協助同嘉謀。義聲既振，士庶效節，社稷載安，四海齊慶。其大赦，凡諸畏逼事屈逆命者，一無所問。」戊寅，奉神主人于太廟。閏月己丑，桓玄故將揚武將軍桓振陷江陵，劉毅、何無忌退守尋陽，帝復蒙塵于賊營。六月，益州刺史毛璩討偽梁州刺史桓希，斬之。秋七月戊申，永安皇后何氏崩。八月癸酉，祔葬穆帝章皇后于永平陵。九月，前給事中刁騁、秘書丞王邁之謀反，伏誅。冬十月，盧循寇廣州，刺史吳隱之為循所敗。執始興相阮腆之而還。慕容德死，兄子超嗣偽位。
義熙元年春正月，帝在江陵。南陽太守魯宗之起義兵，襲破襄陽。己丑，劉毅次於馬頭。桓振以帝屯于江津。辛卯，宗之破振將溫楷于柞溪，進次紀南，為振所敗。振武將軍劉道規擊桓謙，走之。乘輿反正，帝與琅邪王幸道規舟。戊戌，詔曰：「朕以寡德，夙纂洪緒。不能緝熙遐邇，式遏奸宄。逆臣桓玄乘釁肆亂，乃誣罔天人，篡據極位。朕躬播越，淪胥荒裔，宣皇之基，眇焉以墜。賴鎮軍將軍裕忠武英斷，誠冠終古。運謀機始，貞賢協其契；抆淚誓眾，義士感其心。故霜戈一揮。巨猾奔迸，三率棱威，大憝授首。而孽振猖狂，嗣凶荊郢。幸天祚社稷，義旗載捷，狡徒沮潰，朕獲反正。斯實宗廟之靈，勤王之勛。豈朕一人獨享伊祜，思與億兆幸茲更始。其大赦，改元，唯玄振一祖及同黨不在原例。賜百官爵二級，鰥寡孤獨谷人五斛，大酺五日。」二月丁巳，留台備乘輿法駕，迎帝于江陵。弘農太守戴寧之、建威主簿徐惠子等謀反，伏誅。平西參軍譙縱害平西將軍、益州刺史毛璩，以蜀叛。三月，桓振復襲江陵，荊州刺史司馬休之奔于襄陽。建威將軍劉懷肅討振，斬之。帝至自江陵。乙未，百官詣闕請罪。詔曰：「此非諸卿之過，其還率職。」戊戌，舉章皇后哀三日，臨于西堂。劉裕及何無忌等抗表遜位，不許。庚子，以琅邪王德文為大司馬，武陵王遵為太保，加鎮軍將軍劉裕為侍中、車騎將軍、都督中外諸軍事。甲辰，詔曰：「自頃國難之後，人物凋殘，常所供奉，猶不改舊，豈所以視人如傷，禹湯歸過之誡哉！可籌量減省。」夏四月，劉裕旋鎮京口。戊辰，餞于東堂。五月癸未，禁絹扇及摴蒲。游擊將軍、章武王秀，益州刺史司馬軌之謀反，伏誅。桓玄故將桓亮、苻宏、刁預寇湘州，守將擊走之。秋八月甲子，封臨川王子修之為會稽王。冬十一月，乞付乾歸伐仇池，仇池公楊盛大破之。是歲，涼武昭王玄盛遣使奉表稱籓。
二年春正月，益州刺史司馬榮期擊譙縱將譙子明於白帝，破之。夏五月，封高密王子法蓮為高陽王。秋七月，梁州刺史楊孜敬有罪，伏誅。冬十月，論匡複之功，封車騎將軍劉裕為豫章郡公，撫軍將軍劉毅南平郡公，右將軍何無忌安成郡公，自余封賞各有差。乙亥，以左將軍孔安國為尚書左仆射。十二月，盜殺零陵太守阮野。
三年春二月己酉，車騎將軍劉裕來朝。誅東陽太守殷仲文、南蠻校尉殷叔文、晉陵太守殷道叔、永嘉太守駱球。己丑，大赦，除酒禁。夏五月，大水。六月，姚興將赫連勃勃僭稱天王于朔方，國號夏。秋七月戊戌朔，日有蝕之。汝南王遵之有罪，伏誅。八月，遣冠軍將軍劉敬宣持節監征蜀諸軍事。冬十一月，赫連勃勃大敗禿髮傉檀，傉檀奔于南山。是歲，高雲、馮跋殺慕容熙，雲僭即帝位。
四年春正月甲辰，以琅邪王德文領司徒，車騎將軍劉裕為揚州刺史、錄尚書事。庚申，侍中、太保、武陵王遵薨。夏四月，散騎常侍、尚書左仆射孔安國卒。甲午，加吏部尚書孟昶尚書左仆射。冬十一月辛卯，雷。梁州刺史楊思平有罪，棄市。癸丑，大風拔樹。是月，禿髮傉檀僭即涼王位。十二月，陳留王曹靈誕薨。
