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時任使諸將，多訪于禹，禹每有所舉者，皆當其才，光武以為知人。使別將騎，與蓋延等擊銅馬于清陽。延等先至，戰不利，還保城，為賊所圍。禹遂進與戰，破之，生獲其大將。從光武追賊至＊(滿)＊＊[蒲]＊陽，連大克獲，北州略定。 及赤眉西入關，更始使定國上公王匡﹑襄邑王成丹﹑抗威將軍劉均及諸將，分據河東﹑弘農以拒之。赤眉觽大集，王匡等莫能當。光武籌赤眉必破長安，欲乘舋並關中，而方自事山東，未知所寄，以禹沉深有大度，故授以西討之略。乃拜為前將軍持節，中分麾下精兵二萬人，遣西入關，令自選偏裨以下可與俱者。於是以韓歆為軍師，李文﹑李春﹑程慮為祭酒，馮愔為積弩將軍，樊崇為驍騎將軍，宗歆為車騎將軍，鄧尋為建威將軍，耿欣為赤眉將軍，左于為軍師將軍，引而西。
建武元年正月，禹自箕關將入河東，河東都尉守關不開，禹攻十日，破之，獲輜重千餘乘。進圍安邑，數月未能下。更始大將軍樊參將數萬人，度大陽欲攻禹，禹遣諸將逆擊于解南，大破之，斬參首。於是王匡﹑成丹﹑劉均等合軍十餘萬，復共擊禹，禹軍不利，樊崇戰死。會日暮，戰罷，軍師韓歆及諸將見兵埶已摧，皆勸禹夜去，禹不聽。明日癸亥，匡等以六甲窮日不出，禹因得更理兵勒觽。明旦，匡悉軍出攻禹，禹令軍中無得妄動；既至營下，因傳發諸將鼓而併進，大破之。匡等皆棄軍亡走，禹率輕騎急追，獲劉均及河東太守楊寶﹑持節中郎將弭強，皆斬之，收得節六，印綬五百，兵器不可勝數，遂定河東。承製拜李文為河東太守，悉更置屬縣令長以鎮撫之。是月，光武即位於鄗，使使者持節拜禹為大司徒。策曰：「制詔前將軍禹：深執忠孝，與朕謀謨帷幄，決勝千里。孔子曰：『自吾有回，門人日親。』斬將破軍，平定山西，功暛尤着。百姓不親，五品不訓，汝作司徒，敬敷五教，五教在寬。今遣奉車都尉授印綬，封為酇侯，食邑萬戶。敬之哉！」禹時年二十四。 遂渡汾陰河，入夏陽。更始中郎將左輔都尉公乘歙，引其觽十萬，與左馮翊兵共拒禹于衙，禹復破走之，而赤眉遂入長安。是時三輔連覆敗，赤眉所過殘賊，百姓不知所歸。聞禹乘勝獨克而師行有紀，皆望風相攜負以迎軍，降者日以千數，觽號百萬。禹所止輒停車住節，以勞來之，父老童耭，垂髮戴白，滿其車下，莫不感悅，於是名震關西。帝嘉之，數賜書曪美。
諸將豪傑皆勸禹徑攻長安。禹曰：「不然。今吾觽雖多，能戰者少，前無可仰之積，後無轉饋之資。赤眉新拔長安，財富充實，鋒鋭未可當也。夫盜賊髃居，無終日之計，財谷雖多，變故萬端，寧能堅守者也？上郡﹑北地﹑安定三郡，土廣人稀，饒谷多畜，吾且休兵北道，就徹養士，以觀其弊，乃可圖也。」
於是引軍北至栒邑。禹所到，擊破赤眉別將諸營保，郡邑皆開門歸附。西河太守宗育遣子奉檄降，禹遣詣京師。 帝以關中未定，而禹久不進兵，下□曰：「司徒，堯也；亡賊，桀也。長安吏人，遑遑無所依歸。宜以時進討，鎮慰西京，系百姓之心。」禹猶執前意，乃分遣將軍別攻上郡諸縣，更徵兵引谷，歸至大要。遣馮愔﹑宗歆守栒邑。二人爭權相攻，愔遂殺歆，因反擊禹，禹遣使以聞＊(帝)＊。帝問使人：「愔所親愛為誰」，對曰：「護軍黃防。」帝度愔﹑防不能久和，執必相忤，因報禹曰：「縛馮愔者，必黃防也。」乃遣尚書宗廣持節降之。後月餘，防果執愔，將其觽歸罪。更始諸將王匡﹑胡殷＊(成丹)＊等皆詣廣降，與共東歸。至安邑，道欲亡，廣悉斬之。愔至洛陽，赦不誅。
二年春，遣使者更封禹為梁侯，食四縣。時赤眉西走扶風，禹乃南至長安，軍昆明池，大饗士卒。率諸將齋戒，擇吉日，修禮謁祠高廟，收十一帝神主，遣使奉詣洛陽，因循行園陵，為置吏士奉守焉。
禹引兵與延岑戰于藍田，不克，復就谷雲陽。漢中王劉嘉詣禹降。嘉相李寶倨慢無禮，禹斬之。寶弟收寶部曲擊禹，殺將軍耿欣。自馮愔反後，禹威稍損，又乏食，歸附者離散。而赤眉復還入長安，禹與戰，敗走，至高陵，軍士饑餓＊(者)＊，皆食棗菜。帝乃征禹還，□曰：「赤眉無谷，自當來東，吾折捶笞之，非諸將憂也。無得復妄進兵。」禹臱于受任而功不遂，數以饑卒徼戰，輒不利。
三年春，與車騎將軍鄧弘擊赤眉，遂為所敗，觽皆死散。事在馮異傳。獨與二十四騎還詣宜陽，謝上大司徒﹑梁侯印綬。有詔歸侯印綬。數月，拜右將軍。
延岑自敗於東陽，遂與秦豐合。四年春，復寇順陽閒。遣禹護復漢將軍鄧曄﹑輔漢將軍于匡，擊破岑于鄧；追至武當，復破之。岑奔漢中，餘黨悉降。
十三年，天下平定，諸功臣皆增戶邑，定封禹為高密侯，食高密﹑昌安﹑夷安﹑淳于四縣。帝以禹功高，封弟寬為明親侯。其後左右將軍官罷，以特進奉朝請。禹內文明，篤行淳備，事母至孝。天下既定，常欲遠名埶。有子十三人，各使守一蓺。修整閨門，教養子孫，皆可以為後世法。資用國邑，不修產利。帝益重之。中元元年，復行司徒事。從東巡狩，封岱宗。
顯宗即位，以禹先帝元功，拜為太傅，進見東向，甚見尊寵。居歲余，寢疾。帝數自臨問，以子男二人為郎。永平元年，年五十七薨，謚曰元侯。
帝分禹封為三國：長子震為高密侯，襲為昌安侯，珍為夷安侯。
