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諸單子形成一個等級體統，其中有些單子在反映宇宙反映得清晰、判然方面勝過旁的單子。所有單子在知覺上都有某種程度的模糊，但是模糊的大小隨該單子的品級高下而異。
人的肉體完全由單子組成，這些單子各是一個靈魂，各自永生不死，但是有一個主宰單子，它構成誰的肉體的一部分，就是那人的所謂固有靈魂。這個單子不僅在比其它單子具有較清晰的知覺這個意義上居主宰，在另一個意義上也居主宰。
（在普通狀況下）人體的種種變化是為了主宰單子而起的：當我的手臂活動時，這活動所完成的目的是主宰單子（即我的心靈）中的目的，不是組成我的手臂的那些單子中的目的。常識以為我的意志支配我的手臂，事情的真相就是如此。
感官所覺得的、物理學中所假定的空間，不是實在空間，但是有一個實在的對偶，即諸單子按照它們反映世界時的立足點依三度秩序的排列。各個單子按本身特有的透視法看世界；就這個意義講，我們能夠把單子粗粗地說成具有一個空間位置。
我們承認了這種講話法，便能說所謂真空這種東西是沒有的；每一個可能的立足點由一個現實的單子占着，而且僅由一個單子占着。單子沒有兩個是恰恰相同的；這是萊布尼茲的「不可識別者的同一性」原理。
萊布尼茲跟斯賓諾莎對比之下，他很着重他的體系中所容許的自由意志。他有一條「充足理由原理」，按這原理講，什麼事情沒理由決不發生；但是若談到自由動原，它的行動的理由「有傾向力而無必然性。」人的所作所為總有動機，但是人的行為的充足理由卻沒有邏輯必然性。至少說，萊布尼茲在他寫的流俗作品中這樣講。但是，後文要提到，他還有另一套理論，阿爾諾認為它荒謬絶倫，萊布尼茲發覺這點之後就把它秘而不宣了。
神的行為有同樣一種自由。神永遠懷着最良善的意圖而行動，但是神所以如此並沒受一點邏輯強制。萊布尼茲和托馬斯‧阿奎那有同見，認為神不能做違反邏輯定律的行為，但是神能夠敕命做從邏輯上講是可能的任何事情。神因此便有很充裕的選擇自由。
萊布尼茲把關於神存在的各種形而上學證明發展成了最後形式。這些證明歷史悠久：從亞里士多德開端，甚至可說從柏拉圖開端；由經院哲學家作了一番形式化，其中之一，即本體論論證，是聖安瑟勒姆首創的。這個證明雖然被聖托馬斯否定了，笛卡爾卻又使它復活。萊布尼茲的邏輯技能高強無比，他把神存在的論證敘述得比向來更勝一籌。我所以在講他的時候要探討這些論證，理由也就在這裡。
在細考究這些論證之前，我們先宜知道現代的神學家已經不再信賴它們了。中世紀神學原是希臘才智的衍生物。《舊約》中的神是一位權能神，《新約》裡的神也是個慈悲神；但是上自亞里士多德，下至加爾文，神學家的神卻是具有理智力量的神：他的存在解決了某些啞謎，否則在對宇宙的理解方面，這些啞謎會造成種種議論上的困難。在幾何命題證明似的一段推理的終了出現的這位神明，沒讓盧梭滿意，他又回到和福音書中的神比較類似的神概念。大體說，近代的神學家，特別那些奉新教的神學家們，在這點上追隨了盧梭。哲學家一向比較保守；儘管康德聲稱他已經把屬於形而上學一類的神存在論證一舉徹底摧毀了，但在黑格爾、洛策和布萊德雷的學說中，這種論證依舊存留着。
萊布尼茲的神存在論證計有四個，即：（
1）本體論論證，（
2）宇宙論論證，（
3）永恆真理說論證，（
4）前定和諧說論證，它可以推廣成意匠說論證，也就是康德所謂的物理－神學證明。下面順次來講這些論證。
本體論論證依據存在與本質的區別。據主張，任何一個通常的人或事物，一方面它存在，另一方面它又具有某些性質，構成他或它的「本質」。哈姆雷特固然不存在，他也有某種本質：他性情憂鬱、優柔寡斷、富於機智，等等。我們若描述一個人，不管這描述多麼周詳細膩，此人究竟是實有的、或是虛構的人物，仍是問題。用經院哲學的話來表達，是這樣說法：就任何有限的實體來講，它的本質不蘊涵它的存在。
但是，神定義成最完善的「有」，按神這個情況說，聖安瑟勒姆（還有笛卡爾也承襲他）主張本質蘊涵著存在，理由是：占盡其他一切完善性的「有」，他假若存在，勝似不存在，由此可見這個「有」若不存在，他就不是可能範圍內最好的「有」了。
這個論證，萊布尼茲既不全盤承認也不全盤否定；據他說，它需要再補充上一個證明，證明如此定義的神是可能的。
他為神觀念是可能的寫出了一個證明，在海牙會見斯賓諾莎的時候，給斯賓諾莎看過。這個證明把神定義成最完善的「有」，也就是一切完善性的主語，而「完善性」定義成這樣一種「單純性質，它是肯定的、絶對的，它把它所表現的不論什麼東西毫無限度地表現出來」。萊布尼茲輕而易舉地證明了照以上定義的任何兩個完善性不會互不相容。他下結論：
「所以，一切完善性的主語即最完善的『有』是有的，或者說是能夠設想的。由此又可見神存在，因為『存在』就列為『完善性』之一。」
康德主張「存在」不是謂語，來反駁這個論證。另外有一種反駁出自我的「摹述論」。在現代人看來，這論證似乎不大信得過。但是確信它一定有謬誤雖說不難，要準確發現謬誤在什麼地方卻並不那麼簡單。
