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霍布士只好拿他的書在荷蘭刊印；洛克在
1688年前英國最險惡的五年反動時期到荷蘭避難；貝勒（《辭典》著者）也迫于必要在荷蘭居住；斯賓諾莎假若在任何旁的國家，恐怕早不許他從事著述了。
我方纔說笛卡爾是懦弱膽小的人，但是說他希望不惹麻煩，好清靜無擾地作研究，這或許還比較溫和近情些。他一貫阿諛教士，尤其奉承耶穌會員，不僅當他受制於這些人的時候如此，移住荷蘭以後也如此。他的心理隱晦莫測，不過我總覺得好像是這樣：他是個虔誠的天主教徒，為了他也為教會本身，願意促使教會不像在伽利略的事例中所表現的那樣敵視近代科學。認為他的正統信仰不過是權宜之計的人也是有的；但是，這固然是一種可能對的看法，我以為這並不是頂可靠的意見。
即便在荷蘭，他也難免要受到惱人的攻擊，不是羅馬教會攻擊他，而是新教中的頑固人物攻擊他。據云他的意見會導致無神論，倘若沒有法國大使和奧倫治公出面干涉，恐怕他早受到迫害了。這回攻擊既然失敗，不幾年後來頓大學當局又發起另一次不那麼直接的攻擊，它不問褒貶一律禁止提笛卡爾。奧倫治公再一次插手干涉，叫來頓大學休要無知。這說明由於教會從屬於國家，而且由於非國際性的教會力量比較薄弱，給新教國帶來如何的利益。
不幸，笛卡爾通過法國駐斯德哥爾摩大使沙尼雨，和瑞典克麗斯婷娜女王開始了書信往還；克麗斯婷娜是一個熱情而博學的貴婦，自以為她既然是君主，有權浪費偉人的時間。
他寄贈她一篇關於愛情的論著，這是直到那時候他向來有些忽視的題目。他還送她一個論靈魂的種種熾情的作品，那是他原來為巴拉丁選侯的女兒伊麗莎白公主寫的。為這兩個作品，女王請求笛卡爾親臨她的宮廷；他最後同意了，於是她派一艘軍艦去接他（
1649年
9月）。結果原來是她想要每天聽他講課，但是除在早晨五點鐘以外她又騰不出時間。在斯堪的納維亞地方冬日的寒氣裡，這種不習慣的起早，對一個體質孱弱的人就不是頂妙的事。加上，沙尼雨又害了重病，因此笛卡爾去照料他。這位大使健康復原，但是笛卡爾卻病倒了，
1650年
2月長辭人世。
笛卡爾一直未結婚，但是他有一個私生女兒，五歲上死去，他講這是他平生最大的悲傷。他永遠衣冠楚楚，佩掛一柄寶劍。笛卡爾不是勤奮的人，他工作的時間很短，也少讀書。他到荷蘭去的時候，隨身沒攜帶多少書籍，但是在帶去的書裡面有聖經和托馬斯‧阿奎那的著作。笛卡爾的工作彷彿是在短期間精神非常集中下做出來的；但是，也許他為了維持紳士派業餘哲學家的面貌，假裝比實際上工作得少亦未可知，因為否則他的成就似乎讓人很難相信。
笛卡爾是哲學家、數學家、也是科學家。在哲學和數學上，他的工作重要無比；在科學方面，成績雖然也值得稱道，總不如同時代有些人的好。
他對幾何學的偉大貢獻是發明坐標幾何，固然還不完全是最後形式的坐標幾何。他使用瞭解析方法，解析方法是先假定問題已然解決，再審查此假定的種種結論；他並且把代數應用到幾何學上。這兩件事在他以前都曾經有人做過；關於前者，甚至在古代人中間也找得到做過的人。他的首創在於使用坐標系，就是用平面上一點到兩條固定直線的距離來確定這點的位置。笛卡爾本人並沒發現這個方法的全部力量，但是他的工作足以為進一步的發展鋪平道路。這決非他對數學的唯一貢獻，卻是最重大的貢獻。
他講述了自己的大部分科學理論的書是
1644年出版的《哲學原理》（Principiaphilosophiae）。不過還有一些其他重要書籍：《哲學文集》（Essaisphilosophiques）（
1637）討論幾何學，也討論光學；在他寫的書裡有一本叫《論胚胎的形成》（Delaeormationdueoetus）。他歡迎哈維關於血液循環的發現，一直總希望自己在醫學方面作出什麼重大發現（然而沒有實現）。笛卡爾把人和動物的肉體看成機器；動物在他看來是完全受物理定律支配、缺乏情感和意識的自動機。人則不同：人有靈魂，它蘊藏在松果腺內。在這裡靈魂與「生命精氣」發生接觸，通過這種接觸，靈魂和肉體之間起相互作用。
宇宙中的運動總量有一定，所以靈魂影響不了它，但是靈魂能改變生命精氣的運動‧方‧向，因而間接地能夠改變肉體其它各部分的運動方向。
