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總地來說，主教們在這時已完全服從了教皇；而實際為他所任命的主教，在比例數上也日益增多了。修道院性質的諸教團與多米尼克教團也同樣恭順，只有弗蘭西斯教團仍舊保有某種程度上的獨立精神。這曾導致他們與教皇約翰二十二世之間發生了一場衝突，關於這次事件我們在論及奧卡姆的維廉時已經講過了。在衝突期間，馬西哥利歐勸皇帝進攻羅馬。羅馬群眾為皇帝加了皇冠，同時在群眾宣佈廢黜約翰二十二世之後還選出了一個弗蘭西斯教團派的敵對教皇。所有這些事除去普遍地削弱了人們對教廷的尊敬之外，實未產生其他任何影響。
反對教廷統治的叛亂，隨着不同的地區採取了不同的形式。有時它同君主專治的國家主義相結合，有時它同清教徒對教廷因腐敗和世俗而產生的嫌惡相結合。在羅馬本城，這種叛亂與擬古主義的民主主義結合在一起。克萊門特六世（公元
1342—
1352）時，羅馬在一個傑出的人物，克拉‧底‧李恩濟領導下，曾一度尋求脫離這個長期遠住別地的教皇統治。羅馬不僅苦于教皇統治，同時也苦于公元十世紀中那些繼續進行騷亂，降低了教廷威信的地方貴族們。誠然，教皇之所以逃往阿維農，一部分原因也還是為了逃避這些目無法紀的羅馬貴族。李恩濟是個酒館老闆的兒子，最初他只反抗貴族，併為此得到了教皇的支持。他曾鼓起群眾巨大的熱情，以致嚇得貴族們紛紛逃跑（公元
1347年）。詩人佩脫拉克很欽佩他併為他寫了一首頌歌，鼓舞他來繼續他那偉大崇高的事業。他取得了護民官的稱號，並宣佈了羅馬人對神聖羅馬帝國的主權。他似曾以民主主義的方式來理解這種主權，因為他曾從意大利各城中召集代表組成了一種議會。然而勝利卻給了他一種妄自尊大的幻想。這次有如在其他許多次時一樣，出現了兩個帝國皇位的競爭者。李恩濟召集他們二人和諸選帝侯前來在他面前解決這個問題。這自然促使兩個帝位候選人，連同教皇起而反對他，因為教皇認為這類事情是應該由他宣佈判決的。李恩濟被教皇逮捕了（公元
1352年），入獄二年，直到克萊門特六世死去時才獲得釋放。然後他又返回羅馬，並在那裡重新當了幾個月的權。然而，這次他的聲望卻很短暫，最後，他遭到了暴徒的殺害。拜倫象佩脫拉克一樣，也曾寫過頌揚他的詩篇。
很明顯，假如教廷想有效地保持天主教會的首要地位，那末它必須重返羅馬，脫開法蘭西的覊絆。此外英法戰爭——法蘭西在戰爭中數遭慘敗——已使得法蘭西沒有安全可言。
所以烏爾班五世于公元
1367年遷回羅馬；但意大利政治對他來說是過于複雜了，於是他在臨死不久之前，再度返回阿維農。繼任的教皇格雷高裡十一世為人較為果斷。對於法蘭西教廷的懷恨迫使許多意大利城市，特別是弗羅棱斯極端敵視教皇，於是格雷高裡乃藉著重返羅馬，並反對法蘭西籍紅衣主教等手段不遺餘力地輓救這種局面。雖系如此，在他臨死的時候大主教團內的法蘭西派與羅馬派也還是不能協調。依照羅馬派的意願，意大利人，巴爾特洛苗‧頗利格納諾當選為教皇號稱烏爾班六世。但有些紅衣主教卻宣佈頗利格納諾的選出違背教規，並選出法蘭西派日內瓦人羅伯特號稱克萊門特七世住在阿維農。
這樣便開始了歷時達四十年之久的大分裂。法蘭西當然承認了阿維農的教皇，而法蘭西的敵對國家則承認羅馬的教皇。蘇格蘭是英格蘭的敵國，而英格蘭又是法蘭西的敵國；因此，蘇格蘭承認了阿維農的教皇。每個教皇都從他自己的黨派裡遴選紅衣主教們，每當一個派別的教皇死去，他的紅衣主教們便迅速地選立另一個教皇來繼任。因而，除非行使一種駕乎雙方教皇之上的權力實無從根治這種分裂。二者之中的一個顯然必須是合法的，因此，我們必須找出一個駕乎‧合‧法教皇之上的權力。唯一的解決辦法就在於召開一個全教會議，在蓋森領導下的巴黎大學發展了一種授予全教會議動議權的新理論。俗界統治者們支持這種理論，因為教會分裂對他們是不便的。公元
1409年，終於在比薩召集了一次會議。
然而這次會議卻失敗得令人好笑。它以異端和分裂罪名宣佈兩位教皇同時廢黜，並另外選出一個第三者，這個教皇隨即死去；但他的紅衣主教們卻又選立了一個前海盜，巴勒達撒瑞‧寇撒作為他的繼承人，號稱約翰二十三世。這樣一來，結果便出現了三個教皇而不僅是有兩個了，全教會議選出的教皇是個臭名遠揚的惡漢。於是這時的情況竟顯得比以前任何時代更加沒有希望了。
然而會議運動的支持者並未罷休。公元
1414年在康斯坦斯召集了一次新會議，採取了積極行動。它首先宣佈教皇無權解散會議，在某些方面還必須服從這種會議。會議更決定未來的教皇必須每七年召集一次全教會議。會議廢黜了教皇約翰二十三世，並勸使當時的羅馬教皇辭職。阿維農的教皇拒絶辭職，他死後在阿拉貢王主使下又選出了一位繼任者。但這時正處于英格蘭擺佈之下的法蘭西卻拒絶承認他。此後他的黨徒日漸衰微下去，終於不復存在了。這樣，由全教會議所選任的教皇終於沒遭到任何反對，該教皇是在公元
1417年選出的，號稱馬丁五世。
這些措施是令人讚許的，但在對待威克利夫的波希米亞門徒、赫斯時卻不如此。赫斯被帶到康斯坦斯之前曾得到人身安全的諾言，但在到達該地之後，卻被定了罪和受到火刑。
