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關於自然狀態下的物種，實際上每一博物學者都已根據血統進行分類；因為他把兩性都包括在最低單位，即物種中；而兩性有時在最重要性狀上表現了何等巨大的差異，是每一位博物學者都知道的：某些蔓足類的雄性成體和雌雄同體的個體之間几乎沒有任何共同之處，可是沒有人夢想過把它們分開。三個蘭科植物的類型即和尚蘭（Monachanthus），蠅蘭（Myanthus）和須蕊柱（Catase-tum），以前被列為三個不同的屬，一旦發現它們有時會在同一植株上產生出來時，它們就立刻被認為是變種；而現在我能夠示明它們是同一物種的雄者、雌者和雌雄同體者。博物學者把同一個體的各種不同的幼體階段都包括在同一物種中，不管它們彼此之間的差異以及與成體之間的差異有多大，斯登斯特魯普（Steenstrup）的所謂交替的世代也是如此，它們只有在學術的意義上才被認為屬於同一個體。博物學者又把畸形和變種歸在同一物種中，並不是因為它們與親類型部分類似，而因為它們都是從親類型傳下來的。
因為血統破普遍地用來把同一物種的個體分類在一起，雖然雄者、雌者以及幼體有時極端不相同；又因為血統曾被用來對發生過一定量的變異、以及有時發生過相當大量變異的變種進行分類，難道血統這同一因素不曾無意識地被用來把物種集合成屬，把屬集合成更高的群，把一切都集合在自然系統之下嗎？我相信它已被無意識地應用了;並且只有這樣，我才能理解我們最優秀的分類學者改採用的若干規則和指南。因為我們沒有記載下來的宗譜，我們便不得不由任何種類的相似之點去追尋血統的共同性。所以我們才選擇那些在每一物種最近所處的生活條件中最不易發生變化的性狀。從這一觀點看來，殘跡器官與體制的其他部分在分類上是同樣地適用，有時甚至更加適用。
我們不管一種性狀多麼微小——像顎的角度的大小，昆蟲翅膀摺疊的方式，皮膚被覆着毛或羽毛如果它在許多不同的物種裡，尤其是在生活習性很不相同的物種裡，是普遍存在的話，它就取得了高度的價值；因為我們只能用來自一個共同祖先的遺傳去解釋它何以存在於習性如此不同的如此眾多的類型裡。如果僅僅根據構造上的單獨各點，我們就可能在這方面犯錯誤，但是當若干儘管如何不重要的性狀同時存在於習性不同的一大群生物裡，從進化學說看來，我們几乎可以肯定這些性狀是從共同的祖先遺傳下來的；並且我們知道這等集合的性狀在分類上是有特殊價值的。
我們能夠理解，為什麼一個物種或一個物種群可以在若干最重要的性狀上離開它的近似物種，然而還能穩妥地與它們分類在一起。只要有足夠數目的性狀，儘管它們多麼不重要，泄露了血統共同性的潛在紐帶，就可以穩妥地進行這樣的分類，而且是常常這樣做的。即使兩個類型沒有一個性狀是共同的，但是，如果這些極端的類型之間有許多中間群的連鎖把它們連接在一起，我們就可以立刻推論出它們的血統的共同性，並且把它們都放在同一個綱裡。因為我們發見在生理上具有高度重要性的器官——即在最不相同的生存條件下用來保存生命的器官———般是最穩定的，所以我們給予它們以特殊的價值；但是，如果這些相同的器官在另一個群或一個群的另一部分中被發見有很大的差異，我們便立刻在分類中把它們的價值降低。
我們即將看到為什麼胚胎的性狀在分類上具有這樣高度的重要性。地理分佈有時在大屬的分類中也可以有效地應用，因為棲息在任何不同地區和孤立地區的同屬的一切物種，大概都是從同一祖先傳下來的。
同功的類似——根據上述觀點，我們便能理解真實的親緣關係與同功的即適應的類似之間有很重要的區別。拉馬克首先注意到這個問題，繼他之後的有麥克里（Macleay）和其他一些人士。在身體形狀上和鰭狀前肢上，儒艮和鯨魚之間的類似，以及這兩個目的哺乳類和魚類之間的類似，都是同功的。不同目的鼠和鼯髓之間的類似也是同功的;米伐特先生所堅決主張的鼠和一種澳洲小型有袋動物袋鼯（Antechinus）之間的更加密切的類似也是這樣。
依我看來，最後這兩種類似可以根據下述得到解釋，即適于在灌木叢和草叢中作相似的積極活動以及對敵人進行隱避。
在昆蟲中也有無數相似的事例；例如，林奈曾被外部表象所誤，競把一個同翅類的昆蟲分類為蛾類。甚至在家養變種中，我們也可以看到大致相同的情形，例如，中國豬和普通豬之間的改良品平行現象擴展到廣闊的範圍；這樣，大概就發生了七項的、五項的、四項的和三項的分類法。
還有另一類奇異的情形，就是外表的密切類似不是由於對相似生活習性的適應，卻是為了保護而得到的。我指的是貝茨先生首先描述的某些蝶類模仿其他十分不同物種的奇異方式。這一位卓越的觀察者闡明，在南美洲的某些地方，例如，有一種透翅蝶（Ithomia），非常之多，大群聚居，在這等蝶群中常常發現另一種蝴蝶，即異脈粉蝶（Leptalis）混在同一群中：後者在顏色的濃淡和斑紋上甚至在翅膀的形狀上都和透翅蝶如此密切類似，以致因採集了十一年標本而目光鋭利的貝茨先生，雖然處處留神，也不斷地受騙。如果捉到這些模擬者和被模擬者，並對它們加以比較時，就會發見它們在重要構造上是很不相同的，不僅屬於不同的屬，而且也往往屬於不同的科。
