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然而含有化石遺骸的沉積層，在世界的任何部分，是否曾經在這一冰期的整個期間于同一區域內連續進行堆積，是可以懷疑的。例如，密西西比（Missiiiippi）河口的附近，在海產動物最繁生的深度範圍以內，沉積物大概不是在冰期的整個期間內連續堆積起來的：因為我們知道，在這個期間內，美洲的其他地方曾經發生過巨大的地理變化。像在密西西比河口附近淺水中于冰期的某一部分期間內沉積起來的這等地層，在上升的時候，生物的遺骸由於物種的遷徙和地理的變化，大概會最初出現和消失在不同的水平面中。在遙遠的將來，如果有一位地質學者調查這等地層，大概要試作這樣的結論，認為在那裡埋藏的化石生物的平均持續過程比冰期的期間為短，而實際上卻遠比冰期為長，這就是說，它們從冰期以前一直延續到今日。
如果沉積物能在長久期間內連續進行堆積，並且這期間足夠進行緩慢的變異過程，那麼在這樣的時候，才能在同一個地質層的上部和下部得到介於兩個類型之間的完全級進的系列；因此，這堆積物一定是極厚的；並且進行着變異的物種一定是在整個期間內部生活在同一區域中。但是我們已經知道，一個厚的而全部含有化石的地質層，只有在沉陷期間才能堆積起來；並且沉積物的供給必須與沉陷量接近平衡，使海水深度保持接近一致，這樣才可以使同種海產物種在同一地方內生活；但是，這種沉陷運動有使沉積物所來自的地面沉沒在水中的傾向，這樣，在沉陷運動連續進行的期間，沉積物的供給便會減少。事實上，沉積物的供給和沉陷量之間的完全接近平衡，大概是一種罕見的偶然事情；因為不止一個古生物學者都觀察到在極厚的沉積物中，除了它們的上部和下部的範圍附近，通常是沒有生物遺骸的。
各個單獨的地質層，也和任何地方的整個地質層相似，它的堆積，一般是間斷的。當看到，而且確能常常看到，一個地質層由極其不同的礦物層構成時，我們可以合理地去設想沉積過程或多或少是曾經間斷過的。雖然極其精密地對一個地質層進行考察，但關於這個地質層的沉積所耗費的時間長度，我們並不能得到任何概念。許多事例闡明，厚僅數英呎的岩層，卻代表着其他地方厚達數千英呎的、因而在堆積上需要莫大時間的地層。
忽視這一事實的人們，甚至會懷疑這樣薄的地質層會代表長久時間的過程。還有，一個地質層的下層在升高後，被剝蝕、再沉沒，繼而被同一地質層的上層所覆蓋，在這方面其例也很多。這等事實闡明，在它的堆積期間內有何等廣闊面容易被人忽視的間隔時期。在另外一些情形裡，巨大的化石樹依然像當時生長時那樣地直立着，這明顯地證明了，在沉積過程中，有許多長的間隔期間以及水平面的變化，如果沒有這等樹木被保存下來，大概不會想像出時間的間隔和水平面的變化的。
例如，萊爾爵士和道森博士曾在新斯科舍（NovaScotia）發見了
1,
400英呎厚的石炭紀層，它含有古代樹根的層次，彼此相疊，不少於
68個不同的水平面。因此，如果在一個地質層的下部、中部和上部出現了同一個物種時，可能是這個物種沒有在沉積的全部期間生活在同一地點，而是在同一個地質時代內它曾經經過幾度的絶跡和重現。所以，如果這個物種在任何一個地質層的沉積期間內發生了顯著的變異，則這一地質層的某一部分不會含有在我們理論上一定存在的一切微細的中間級進，而只是含有突然的、雖然也許是輕微的、變化的類型。
最重要的是要記住，博物學者們沒有金科玉律用來區別物種和變種；他們承認各個物種都有細小的變異性，但當他們遇到任何兩個類型之間有稍微大一些的差異量，而沒有最密切的中間級進把它們連接起來，就要把這兩個類型列為物種；按照剛纔所講的理由，我們不可能希望在任何一個地質的斷面中都看到這種連接。假定B和C是二個物種，並且假定在下面較古的地層中發見了第三個物種A；在這種情形下，縱使A嚴格地介於B和C之間，除非它能同時地被一些極密切的中間變種與上述任何一個類型或兩個類型連接起來，A就會簡單地被排列為第三個不同的物種。不要忘記，如同前面所解釋的，A也許是B和C的真正原始祖先，而且在各方面並不一定嚴格地都介於它們二者之間。所以，我們可能從同一個地質層的下層和上層中得到親種和它的若干變異了的後代，不過如果我們沒有同時得到無數的過渡級進，我們將辨識不出它們的血統關係，因而就會把它們排列為不同的物種。
