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夜幕降臨了，饑渴交加百姓急不可待地將所奪的牛羊和牛犢，宰于地上，狼吞虎嚥地吃起生肉、喝起鮮血來。這樣做是觸，已教規的，有人告訴掃羅：「百姓吃帶血的肉，做了得罪耶和華的事。」掃羅馬上禁止道：「不可這樣做，這樣做是犯罪的。」他對來報告的人接著說，「你們到百姓中去對他們說，你們必須在石頭上宰殺生畜，讓牛血羊血流進地裡。
不可吃帶血的肉，得罪耶和華。」掃羅還命令部下築了一座壇，把牛羊牽了放在上面，作為獻給耶和華的燔祭。這是掃羅首次為耶和華築壇。掃羅對部下說：「我們要連夜去追趕非利士人，直到把他們殺光，不留一人。」部下對他說：「你覺得怎麼好，我們就怎麼做。」有一個隨軍祭司比較謹慎，他說：「我們應當向神請教。」掃羅來到祭壇邊，問上帝：「我們可不可以連夜追趕非利士人？」耶和華默不做聲。掃羅叫來百姓中的長老，交待他們：「耶和華髮怒了，一定是有人今天犯了罪。
要把他查出來處死。」通過抽籤，查出是國王的兒子約拿單犯了罪，約拿單只得交待了實情。掃羅痛心地對他說：「約拿單哪，你定要死；若不然，願上帝重重地降罪於我。」百姓聽說要殺死立了首功的約拿單，一齊過來為他求情道：「陛下，約拿單在以色列人中這樣大行拯救，難道也要判他的死罪嗎？不，絶對不能！連一根頭髮也不能割他的。
因為上帝今天在與他一同做事。」於是掃羅才免了約拿單的死罪。
掃羅只好放棄繼續追擊非利士人；非利士人回到了自己的故土，仍然威脅着以色列。（撒上
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撒母耳與掃羅決裂掃鄉雖然把壓迫以色列入的非利士人趕出了國門，但他沒有就此罷休。他明白與非利士人的最後決戰的關頭還未到來，即使非利士人被以色列人徹底打敗了，在迦南，以色列入仍處于異教民族汪洋大海中。為了進一步的鬥爭，掃羅招兵買馬，網羅有識之士，他任命了具有統兵才能的堂弟押尼珥為元帥。這為最後蕩平迦南打下了基礎。
他經常出擊，攻擊以色列國境周圍的仇敵。他先後打敗了摩押人、亞們人、以東人和瑣巴諸王。
但是當時除非利士人外，以色列面臨的最大威脅是住在西奈山和迦南之間廣闊土地上的亞瑪力人。要說起來，亞瑪力人還是以色列的遠親，他們是雅各的哥哥以掃的後代。但是現在經常成群結隊地到迦南南部地區燒殺搶掠，強烈地衝擊着以色列民族。幾年來，掃羅因為忙於對付其他鄰近的民族，沒有顧得上攻擊亞瑪力人。
這使大祭司撒母耳很不滿。撒母耳教訓掃羅說：「耶和華差遣我膏你為王，治理他的百姓。你應該聽從他的話：‘以色列人出埃及的路上，亞瑪力人怎樣待他們，怎樣抵擋他們，我都沒忘。現在你要去擊打亞瑪力人，滅盡他們所有的，不可憐惜他們。
不分男女老少幼，不分牛、羊、駱駝或驢，都要盡行殺死。’」掃羅遵旨，招集百姓會師在提拉因，數兵點將，步兵多達
20萬，還不算猶大人的：萬士兵在內。掃羅帶著這個龐大的兵團，在亞瑪力人京城外的河谷地帶設下埋伏，大敗亞瑪力人。他們接着追殺亞瑪力人，從哈胖拉直到埃及前的書珥，生擒了亞瑪力王亞甲。
但是掃羅犯了不可饒恕的罪過，因為他不肯照撒母耳的命令滅絶一切牛羊牲畜，私自保留了其中肥美的部分，只把醜陋瘦弱的殺死；更有甚者，掃羅因為佩服亞甲王的堅強不屈，竟然大發惻隱之心，賜以活命；有人還對撒母耳吹耳邊風：掃羅在迦密為自己立了歌功頌德的紀念碑，現在下到吉甲去了。
撒母耳聞風而動，來到吉甲。掃羅畢恭畢敬地迎他到營地之外，對他說：「願耶和華賜福與你，他的命令我已經執行了。」撒母耳撩着雪白的鬍鬚，看著身旁這位低頭彎腰的大個子國王，問：「我聽見有羊叫、牛鳴的聲音，是從哪裡來的呢？」掃羅有些不好意思地一笑，說：「這些是從亞瑪力人那裡帶來的，因為百姓看到上好的牛羊白白地殺了覺得可惜，就留了下來，要獻與您的神耶和華。其餘的我們都滅盡了。」撒母耳有些生氣了，他提高嗓門說：「你住口吧！等我把耶和華昨夜向我所說的話告訴你。」掃羅說：「請講。」「耶和華說，他後悔膏你為以色列的王，因為你現在不遵守他的命令。」撒母耳簡要而明白他說。
掃羅一聽這話急了，他不想就這樣失去王位，竭力辯解說：「我實在聽從了耶和華的命令，完成了耶和華派給我的任務。我滅了亞瑪力人，擒了他們的王來，把最好的牲畜拉回來獻給耶和華您的神。」可是辯解已經失去意義了，撒母耳代表上帝說話，他的心已經離掃羅而去。他反駁掃羅說：「耶和華喜歡燔祭和平安祭，難道不是更加喜歡人聽他的話嗎？聽命勝於獻祭，順從勝於公羊的脂油。
悻逆的罪，與行邪術的罪相等；頑梗的罪，與拜虛神和偶像的罪相同。你既厭棄耶和華的命令，耶和華也厭棄你作王。」掃羅見硬頂沒用，態度馬上軟了，他說：「我知道我有罪。現在求您同我一同回營去，我好敬拜耶和華。」「今天耶和華使以色列國與你斷絶關係，將這國賜與比你更好的人。」撒母耳並不願意給掃羅這個面子：跟他進營地，就等於承認他作王的地位。撒母耳說完，轉身要走，掃羅就扯住他外袍的衣襟，不肯撤手，直到把衣襟扯壞。
大祭司過大營而不入將使掃羅的國王地位失去神聖的光環。
