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神宗崩，公赴闕臨。衛士見公入，皆以手加額，曰：「此司馬相公也。」民遮道呼曰：「公無歸洛，留相天子，活百姓。」所在數千人聚觀之。公懼，會放辭謝，遂徑歸洛。
太皇太后聞之，詰問主者，遣使勞公，問所當先者。公言：「近歲士大夫以言為諱，閭閻愁苦于下，而上不知；明主憂勤於上，而下無所訴，此罪在群臣，而愚民無知，歸怨先帝。宜下詔首開言路。」從之。下詔榜朝堂，而當時有不欲者，于詔語中設六事以禁切言者曰：「若陰有所懷，犯非其分，或扇搖機事之重，或迎合已行之令，上以觀望朝廷之意以僥倖希進，下以眩惑流俗之情以干取虛譽，若此者，必罰無赦。」太皇太后封詔草以問公。公曰：「此非求諫，乃拒諫也。人臣惟不言，言則入六事矣。」時太府少卿宋彭年、水部員外郎王諤皆應詔言事，有欲藉此二人以懲天下言者皆以非職而言，贖銅三十斤。公具論其情，且請改賜詔書，行之天下。從之。於是四方吏民，言新法不便者數千人。
公方草具所當行者，而太皇太后已有旨，散遣修京城役夫，罷減皇城內覘者，止禦前工作，出近侍之無狀者三十餘人，戒敕中外無敢苛刻暴斂，廢導洛司物貨場，及民所養戶馬寬保馬限，皆從中出，大臣不與。公上疏謝：「當今急務，陛下略已行之矣。小臣稽慢，罪當萬死。」詔除公知陳州，且過闕入見，使者勞問，相望于道。至則拜門下侍郎。公力辭，不許。數賜手詔：「先帝新棄天下，天子沖幼，此何時，而君辭位耶？」公不敢復辭，以覃恩遷通議大夫。
初，神宗皇帝以英偉絶人之資，勵精求治，凜凜乎漢宣帝、唐太宗之上矣。而宰相王安石用心過當，急於功利，小人得乘間而入，呂惠卿之流以此得志，後者慕之，爭先相高，而天下病矣。先帝明聖，獨覺其非，出安石金陵，天下欣然，意法必變，雖安石亦自悔恨。其去而復用也，欲稍自改，而惠卿之流，恐法變身危，持之不肯改。然先帝終疑之，遂退安石，八年不復召，而惠卿亦再逐不用。元豐之末，天下多故。及二聖嗣位，民日夜引領以觀新政，而進說者以為三年無改于父之道，欲稍損其甚者，毛舉數事以塞人言。公慨然爭之曰：「先帝之法，其善者，雖百世不可變也。若安石、惠卿等所建，為天下害非先帝本意者，改之，當如救焚拯溺，猶恐不及。昔漢文帝除肉刑，斬右趾者棄市，笞五百者多死。景帝元年即改之。武帝作鹽鐵、榷酤、均輸等法。昭帝罷之。唐代宗縱宦官，公求賂遺，置客省拘滯四方之人。德宗立未三月，罷之。德宗晚年為宮市，五坊小兒暴橫，鹽鐵使月進羨餘。順宗即位，罷之。當時悅服，後世稱頌，未有或非之者也，況太皇太后以母改子，非子改父。」眾議乃定。
公以為：「治亂之機，在於用人。邪正一分，則消長之勢自定。每論事，必以人物為先。凡所進退，皆天下所謂當然者，然後朝廷清明，人主始得聞天下利害之實。」遂罷保甲團教，依義勇法，歲一閲。保馬不復買，見在者還監牧給諸軍。廢市易法，所儲物皆鬻之，不取息，而民所欠錢皆除其息。京東鑄鐵錢，河北、江西、福建、湖南鹽及福建茶法，皆復其舊。獨川、陝茶，以邊用，未即罷，遣使相視，去其甚者。戶部左右曹錢谷，皆領之尚書。凡昔之三司使事，有散隷五曹及寺監者，皆歸戶部，使尚書周知其數，量入以為出。於是天下釋然，曰：「此先帝本意也，非吾君之子，不能行吾君之意。」時獨免役、青苗、將官之法猶在，而西戎之議未決也。
山陵畢，遷公正議大夫。公自以不與顧命，不敢當，詔不許。
元元年正月，公始得疾。詔公與尚書左丞呂公著朝會，與執政異班再拜而已，免舞蹈。公疾益甚，嘆曰：「四患未除，吾死不瞑目矣。」乃力疾上疏論免役五害，乞直降敕罷之，率用熙寧以前法。有未便，州縣監司節級以聞，為一路一州一縣法。詔即日行之。又論西戎大略，以和戎為便，用兵為非。時異議者甚眾，公持之益堅。其後太師文彥博議與公合，眾不能奪。又論將官之害，詔諸將兵皆隷州縣，軍政委守令通決之。又乞廢提舉常平司，以其事歸之轉運使及提點刑獄。公謂監司多新進少年，務為刻急，天下病之，乞自太中大夫待制以上，于郡守中舉轉運使、提點刑獄，于通判中舉轉運判官。又以文學、德行、吏事、武略等為十科，以求天下遺才，命文臣升朝以上，歲舉經明行修一人，以為進士高選。皆從之。
拜左仆射。疾稍間，將起視事，詔免朝覲，許以肩輿，三日一入都堂或門下尚書省。公不敢當，曰：「不見君，不可以視事。」詔公肩輿至內東門，子康扶入對小殿，且曰毋拜。公惶恐入對延和殿，再拜。遂罷青苗錢，專行常平糶糴法，以歲上中下熟為三等，穀賤及下等則增價糴，貴及上等則減價糶，惟中等則否，及下等而不糴，及上等而不糶皆坐之。時二聖恭儉慈孝，視民如傷，虛己以聽公。公知無不為，以身任天下之責。
數月復病，以九月丙辰朔，薨于西府，享年六十八。太皇太后聞之慟，上亦感涕不已。時方躬祀明堂，禮成不賀，二聖皆臨其喪，哭之哀甚，輟視朝三日。贈太師、溫國公，衤遂以一品禮服，賻銀三千兩，絹四千匹，賜龍腦水銀以斂。命戶部侍郎趙瞻入內，內侍省押班馮宗道護其喪，歸葬夏縣，官其親族十人。
