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孝宗經此覺悟，乃復遠佞臣，進賢良。三邊總制王越，經言官交劾，憂恚而死，特召故兩廣總督秦紘，代王越職。紘至鎮，練壯士，興屯田，申明號令，軍聲大振。內用馬文升為吏部尚書，劉大夏為兵部尚書。
文升在班列中，最為耆碩，所言皆關治平。大夏曾為戶部侍郎，治河張秋，督理宣大軍餉，歷著功績。是時為兩廣總督，迭召始至，孝宗問何故遲滯？大夏頓首道：「臣老且病，竊見天下民窮財盡，倘有不虞，責在兵部，恐力不勝任，所以遲行，意欲陛下另用良臣呢。」孝宗道：「祖宗以來，徵斂有常，前未聞民窮財盡，今日何故至此？」大夏道：「陛下以為有常，其實並無常制，臣任職兩廣，歲見廣西取鐸木，廣東取香藥，費以萬計，其他可知。」孝宗復道：「今日兵士如何？」大夏道：「窮與民等。」孝宗道：「居有日糧，出有月糧，何至于窮？」大夏道：「將帥侵克過半，哪得不窮！」孝宗嘆息道：「朕在位十五六年，乃不知兵民窮困，如何得為人主呢？」人君深居九重，安能事事盡知？故歷代明主，必採納嘉言。乃下詔禁止供獻，及各將帥扣餉等情。
普安苗婦米魯作亂，由南京戶部尚書王軾，督師往討，連破賊營，格殺米魯。瓊州黎人符南蛇，聚眾為逆，經孝宗用戶部主事馮顒計，以夷攻夷，懸賞購募土兵，歸巡守官節制，令斬首惡。轉戰半年，遂得平定，南蛇伏誅。孝宗益究心政務，嘗與李東陽、劉健、謝遷三人，詳論利害，三人竭誠盡慮，知無不言。
遇有要事入對，又由孝宗屏去左右，促膝密談，左右不得聞，從屏間竊聽，但聞孝宗時時稱善。當時有歌謡云：「李公謀，劉公斷，謝公尤侃侃。」還有左都御史戴珊，亦以材見知，與劉大夏寵遇相同。適小王子、火篩等入寇大同，中官苗逵貪武功，奏請出師。
孝宗頗欲準奏，閣臣劉健等委曲勸阻，尚未能決，乃召大夏及珊，入問可否。大夏如劉健言。孝宗道：「太宗時頻年出塞，今何故不可？」大夏道：「陛下神武，不亞太宗，奈將領士馬，遠不及前，且當時淇國公邱福，稍違節制，即舉十萬雄師，悉委沙漠，兵事不可輕舉，為今日計，守為上策，戰乃下策呢。」珊亦從旁贊決。
孝宗爽然道：「非二卿言，朕幾誤事。」由是師不果出。
一日，劉大夏、戴珊，同時入侍，孝宗與語道：「時當述職，諸大臣皆杜門，廉潔如二卿，雖日日見客，亦屬無妨。」言至此，即袖出白金賞給，且語道，「聊以佐廉，不必廷謝，恐遭他人嫉忌呢。」有功加賞，乃朝廷之大經，何必私自給與？孝宗此舉，未免失當。珊嘗以老疾乞歸，孝宗不許，大夏代為申請，孝宗道：「卿代為乞休，想是由彼委託。
譬如主人留客，意誠語摯，客尚當為強留，戴卿獨未念朕情，不肯少留嗎？」也是意誠語摯。大夏頓首代謝，趨出告珊。珊感且泣道：「上意如此，珊當死是官了。」到了弘治十八年，點明歲次，為孝宗壽終計數，與上文述成化二十三年事，同一筆法。
戶部主事李夢陽，上書指斥弊政，反覆數萬言，內指外戚壽寧侯，尤為直言不諱。壽寧侯張鶴齡，即日奏辯，並摘疏中陛下厚張氏語，誣夢陽訕皇后為張氏，罪應處斬。孝宗留中未發。後母金夫人，復入宮泣訴，不得已下夢陽獄。
金夫人尚籲請嚴刑，孝宗動怒，推案入內。既而法司上陳讞案，請免加重罪，予杖示懲。孝宗竟批示夢陽復職，罰俸三月。越日，邀金夫人遊南宮，張後及二弟隨侍，入宮筵宴，酒半酣，金夫人與張皇后皆入內更衣，孝宗獨召鶴齡入旁室，與他密語，左右不得與聞，但遙見鶴齡免冠頓首，大約是遭帝詰責，惶恐謝罪的緣故。
孝宗善於調停。自是鶴齡兄弟，稍稍斂跡。孝宗復召劉大夏議事，議畢，即問大夏道：「近日外議如何？」大夏道：「近釋主事李夢陽，中外歡呼，交頌聖德。」孝宗道：「若輩欲杖斃夢陽，朕豈肯濫殺直臣，快他私憤麼！」大夏頓首道：「陛下此舉，便是德同堯舜了。」未免近諛。
孝宗與張後，始終相愛，別無內寵，後生二子，長名厚照，次名厚煒，厚照以弘治五年，立為太子，厚煒封蔚王，生三歲而殤。孝宗宵旰忘勞，自釋放夢陽後，僅歷二月，忽然得病，竟至大漸。乃召閣臣劉健、李東陽、謝遷至乾清宮，面諭道：「朕承祖宗大統，在位十八年，今已三十六歲，不意二豎為災，病不能興，恐與諸先生輩，要長別了。」健等叩首榻下道：「陛下萬壽無疆，怎得遽為此言？」孝宗嘆息道：「修短有命，不能強延，惟諸先生輔導朕躬，朕意深感，今日與諸先生訣別，卻有一言相托。」言至此，略作休息，復親握健手道：「朕蒙皇考厚恩，選張氏為皇后，生子厚照，立為皇儲，今已十五歲了，尚未選婚，社稷事重，可即令禮部舉行。」健等唯唯應命。孝宗又顧內臣道：「受遺旨。」太監陳寬扶案，李璋捧筆硯，戴義就前書草，無非是大統相傳，應由太子嗣位等語。
書畢，呈孝宗親覽。孝宗將遺詔付與閣臣，復語健等道：「東宮質頗聰穎，但年尚幼稚，性好逸樂，煩諸先生輔以正道，使為令主，朕死亦瞑目了。」知子莫若父，後來武宗好游，已伏此言。健等又叩首道：「臣等敢不儘力。」孝宗乃囑令退出。翌日，召太子入，諭以法祖用賢，未幾遂崩。又越日，太子厚照即位，是為武宗，以明年為正德元年。
