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七年正月，西撚張總愚由山右渡河，北竄定州，京師大震。詔奪職，鴻章督軍入直，疏言：「剿辦流寇，以堅壁清野為上策。東撚流竄豫東、淮北，所至民築圩寨，深溝高壘以禦之。賊往往不得一飽，故其畏圩寨甚於畏兵。河北平原千里，無險可守。截此則竄彼，迎左則趨右，縱橫馳突，無處不流。且自渡黃入晉，沿途擄獲騾馬愈眾，步賊多改為騎，趨避捷，肆擾尤易。自古辦賊，必以彼此強弱饑飽為定衡。賊未必強於官軍，但彼騎多而我騎少。今欲絶賊糧、斷賊騎，惟有嚴諭紳民堅築圩寨。一聞警信，即收糧草牲畜老弱壯丁於內。賊至無所掠食，兵至轉可買食。賊雖流而其計漸窮，或可剋期撲滅也。」二月，鴻章督軍進德州，敗賊安平、饒陽。三月，賊竄晉州，渡滹沱河，南入豫，復折竄直隷，撲山東東昌；四月，趨茌平、德平，出德州，西奔吳橋、東光，偪天津。下部議處，命總統北路軍務，限一月殄滅。
鴻章以撚騎久成流寇，非就地圈圍，終不足制賊之命。三口通商大臣崇厚及左宗棠皆以為言，而直隷地平曠，無可圈圍；欲就東海南河形勢，必先扼西北運河，尤以東北至津、沽，西南至東昌、張秋為鎖鑰。乃掘滄州迤南捷地壩，泄運水入減河。河東築長牆，斷賊竄津之路。東昌運防，則淮軍自城南守至張秋，東、皖諸軍自城北守至臨清，並集民團協防。閏四月，以剿賊逾限，予嚴議。時賊為官軍所偪，奔突不常。以北路軍勢重，鋭意南行，迴翔陵縣、臨邑間，旁擾茌平、德平，犯臨清運防。鴻章慮久晴河涸，民團不可恃，且晝夜追奔疲士卒，議乘黃河伏汛，縮地紮圈。以運河為外圍，以馬頰河為裡圍。其時官軍大敗賊於德州揚丁莊，又追敗之商河。張總愚率悍黨遁濟陽，沿河北出德州犯運防，上竄鹽山、滄州。官軍扼截之，不得出，轉趨博平、清平。適黃、運暨徒駭交漲，東昌、臨清、張秋、徬河水深不可越。河西北岸長牆綿亙，賊竄地迫狹，勢益困。鴻章增調劉銘傳軍，期會前敵。分屯茌平之桃橋、南鎮，至博平、東昌，圈賊徒駭、黃、運之內，而令馬隊周回兜逐，賊無一生者，張總愚投水死。西撚平，詔複原官，加太子太保銜，以湖廣總督協辦大學士。八月入覲，賜紫禁城內騎馬。
八年二月，兼署湖北巡撫。十二月，詔援黔，未行，改援陝。九年七月，剿平北山土匪。值天津教堂滋事，命移軍北上。案結，調直隷總督兼北洋通商事務大臣。十月，日本請通商，授全權大臣，與定約。十二年五月，授大學士，仍留總督任。六月，授武英殿大學士。十三年，調文華殿大學士。
國家舊制，相權在樞府。鴻章與國籓為相，皆總督兼官，非真相。然中外系望，聲出政府上，政府亦倚以為重。其所經畫，皆防海交鄰大計。思以西國新法導中國以求自強，先急兵備，尤加意育才。初，與國籓合疏選幼童送往美國就學，歲百二十人。期以二十年學成歲歸為國效用，乃未及終學而中輟。鴻章爭之不能得，隨分遣生徒至英、德、法諸國留學。及建海軍，將校盡取才諸生中。初在上海奏設外國學館，及蒞天津，奏設武備海陸軍，又各立學堂，是為中國講求兵學之始。嘗議製造輪船，疏言：「西人專恃其砲輪之精利，橫行中土。於此而曰攘夷，固虛妄之論。即欲保和局，守疆土，亦非無具而能保守之也。士大夫囿於章句之學，苟安目前，遂有停止輪船之議。臣愚以為國家諸費皆可省，惟養兵設防、練習槍砲、製造兵輪之費萬不可省。求省費則必屏除一切，國無與立，終無自強之一日矣。」
光緒元年，台灣事變，王大臣奏籌善後海防六策。鴻章議曰：「歷代備邊多在西北，其強弱之事，主客之形，皆適相埒，且猶有中外界限。今則東南海疆萬餘裡，各國通商傳教，往來自如。陽託和好，陰懷吞噬，一國生事，諸國構煽，實為數千年來未有之變局。輪船電報，瞬息千里，軍火機器，工力百倍，又為數千年來未有之強敵。而環顧當世，餉力人才，實有未逮，雖欲振奮而莫由。易曰：‘窮則變，變則通。’蓋不變通，則戰守皆不足恃，而和亦不可久也。近時拘謹之儒，多以交涉洋務為恥，巧者又以引避自便。若非朝廷力開風氣，破拘攣之故習，求制勝之實際，天下危局，終不可支；日後乏才，且有甚於今日者。以中國之大，而無自強自立之時，非惟可憂，抑亦可恥。」
鴻章持國事，力排眾議。在畿疆三十年，晏然無事。獨究討外國政學、法制、兵備、財用、工商、藝業。聞歐美出一新器，必百方營購以備不虞。嘗設廣方言館、機器製造局、輪船招商局；開磁州、開平煤鐵礦、漠河金礦；廣建鐵路、電線及織佈局、醫學堂；購鐵甲兵艦；築大沽、旅順、威海船砲台壘；遴武弁送德國學水陸軍械技藝；籌通商日本，派員往駐；創設公司船赴英貿易。凡所營造，皆前此所未有也。初，鴻章辦海防，政府歲給四百萬。其後不能照撥，而戶部又奏立限制，不令購船械。鴻章雖屢言，而事權不屬，蓋終不能竟厥功焉。
三年，晉、豫旱災，鴻章力籌賑濟。時直隷亦患水，永定河居五大河之一，累年漫決，害尤甚。鴻章修復金門徬及南、上、北三灰壩。盧溝橋以下二百餘裡，改河築堤，緩其溜勢。別濬大清河、滹沱河、北運河、減河，以資宣洩，自是水患稍紓。
五年，命題穆宗毅皇帝、孝哲毅皇後神主，賞加太子太傅銜。六年，巴西通商，以全權大臣定約。八年，丁母憂，諭俟百日後以大學士署理直隷總督，鴻章累辭，始開缺，仍駐天津督練各軍，並署通商大臣。朝鮮內亂，鴻章時在籍，趣赴天津，代督張樹聲飭提督吳長慶率淮軍定其亂，鴻章策定朝鮮善後事宜。九年，覆命署總督，累乞終制，不允。
十年，法越構兵，雲貴總督岑毓英督師援越。法乃自請講解，鴻章與法總兵福祿諾議訂條款，既竣，而法人伺隙陷越諒山，薄鎮南關，兵艦馳入南洋，分擾閩、浙、台灣，邊事大棘。北洋口岸，南始砲台，北迄山海關，延袤幾三千里，而旅順口實為首沖。乃檄提督宋慶、水師統領提督丁汝昌守旅順，副將羅榮光守大沽，提督唐仁廉守北塘，提督曹克忠、總兵葉志超守山海關內外，總兵全祖凱守煙台，首尾聯絡，海疆屹然。十一年，法大敗於諒山。計窮，復尋成。授全權大臣，與法使巴德納增減前約。事平，下部議敘。是年朝鮮亂黨入王宮，戕執政大臣六人。提督吳兆有以兵入護，誅亂黨，傷及日本兵。日人要索議統將罪，鴻章嚴拒之，而允以撤兵寢其事。九月，命會同醇親王辦理海軍。
十二年，以全權大臣定法國通商滇粵邊界章程。十三年，會訂葡萄牙通商約。十四年，海軍成船二十八，檄飭海軍提督丁汝昌統率全隊，周歷南北印度各海面，習風濤，練陣技，歲率為常。十五年，太後歸政，賞用紫繮。十七年，平熱河教匪，議敘。十九年正月，鴻章年七十，兩宮賜「壽」。二十年，賞戴三眼花翎，而日朝變起。
初，鴻章籌海防十餘年，練軍簡器，外人震其名，謂非用師逾十萬，不能攻旅順，取天津、威海。故俄、法之警，皆知有備而退。至是，中興諸臣及湘淮軍名將皆老死，鮮有存者。鴻章深知將士多不可恃，器械缺乏不應用，方設謀解紛難，而國人以為北洋海軍信可恃，爭起言戰，廷議遂鋭意用兵。初敗於牙山，繼敗於平壤，日本乘勝內侵，連陷九連、鳳凰諸城，大連、旅順相繼失。復據威海衛、劉公島，奪我兵艦，海軍覆喪殆盡。於是議者交咎鴻章，褫其職，以王文韶代督直隷，命鴻章往日本議和。二十一年二月，抵馬關，與日本全權大臣伊藤博文、陸奧宗光議，多要挾。鴻章遇刺傷面，創甚，而言論自若，氣不少衰。日皇遣使慰問謝罪，卒以此結約解兵。會訂條款十二，割台灣畀之，日本悉交還侵地。七月，回京，入閣辦事。
十二月，俄皇加冕，充專使致賀，兼聘德、法、英、美諸國。二十二年正月，陛辭，上念垂老遠行，命其子經方、經述侍行。外人夙仰鴻章威望，所至禮遇逾等，至稱為東方畢士馬克。與俄議新約，由俄使經總署訂定，世傳「中俄密約」。七閲月，回京覆命。兩宮召見，慰勞有加，命直總理各國事務衙門。
