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上疏論軍事吏治，略曰：「湖北軍務不飭已久，無論賊之多寡強弱，聞警先驚，接仗即潰。上下相蒙，恬不知恥。誤於使貪使詐，而實為貪詐所使。川、楚、河南勇目，招合無賴投效，以一報十，冒領口糧。交綏即敗，又顧之他。帑項至艱，徒飽無賴慾壑。遣散不得其方，又相聚為盜。近年湖北募勇之大患，綠營則怯懦若性，正額虛浮，軍政營制，蕩然無存。此為兵事急應整頓之要。自古用武之地，荊襄為南北關鍵，武漢為荊襄咽喉。武漢有警，則鄰疆胥震。四年之中，武昌三陷，漢陽四陷。東南數省，受害惟武漢為甚。夫善鬥者必扼其吭，善兵者必審其勢。今於武漢設重鎮，則水陸東征之師，恃為根本軍火米糧委輸不絶，傷痍疾病休養得所。平吳之策，必先保鄂，明矣。保鄂必先固漢陽。湖北之失，在漢陽無備。下遊小挫，賊遂長驅直入。應請於武漢設陸師八千，水師二千，日夜訓練。平時有藜藿不採之威，臨事有千里折衝之勢。且東征之師，孤軍下剿，苦戰必傷，久役必疲。傷病之人，留於軍中，不但誤戰，亦且誤餉。若以武漢之防兵更番迭代，則士氣常新，軍行必利。此武漢宜急設防練之要。湖北莠民從賊者多，兵勇搜捕，徒滋擾害。惟有保甲清釐，族戶綑獻，分別斬釋。然牧令不得其人，則法不能行。官吏之舉動，為士民所趨向；紳士之舉動，又為愚民所趨向。未有不養士而能致民，不察吏而能安民者。五年大熟，州縣乃或報災，六年大饑，州縣轉或徵賦。以豐為歉，是病國計；以歉為豐，是害民生，而終害於國計。歉歲官吏私收蠲緩，實惠不及於民。有所謂挖徵、急公等名目，無一非蠹國病民。凡下與上交接之事，諉之幕友；官與民交接之事，諉之門丁。詞訟案牘，病在積壓；盜賊奸宄，弊在因循。州縣之小事，即百姓之大事，今日之小賊，即異日之大賊。厝火積薪，隱憂方大。又如捐輸則有踩堂、贄見之費，牙帖則有勒索之費，釐金則有私設之費。臣受事以來，迭次特參，在國自有刑章，在臣甘為怨府。惟思劾貪非難，求才為難。前者劾去，後者踵事，而巧避其名，弊將不可勝言。臣愚以為必嚴禁官場應酬陋習，與群吏更始，崇尚惇樸，屏退浮華。行之數年，庶可改觀。目下州縣懸缺待人，請敕下部臣，暫勿拘臣文法資格。此吏治急應整飭之要。武漢甫經收復，人或以為已治已安，臣竊憂之。如以為治安，則前收復已二次矣。況江西七府俱淪於賊，旁軼橫出，不僅九江、安慶為足慮也。未收復之前，事勢極難，文武尚有懼心；收復之後，佈置尚易，而特恐文武均萌肆志。外省粉飾之習，久在聖明洞鑒。不揣愚昧，用以直陳。」疏入，上嘉納焉。於是裁浮勇，練新軍，蠲四十六州縣田賦以蘇民困。設清查局，稽核全省倉庫盈虛之數；設節義局，表彰死難官紳士女；設軍需局，以備東征餉械。嚴課吏治，糾劾文武數十人，推廉尚能，手書戒勉將吏如子弟。初，將吏頗構督、撫異同，下令曰：「敢再言北岸兵事吏事長短者，以造言論罪。」官文亦開誠相與，無掣肘。軍政吏治，皆林翼主稿，林翼推美任過，督撫大和。湖北振興，實基於此。襄陽土匪猖獗，擾及河南境，令唐訓方等剿之。
七年春，擒匪首高先二等。陳玉成由皖北上犯，諸軍不能禦。林翼赴黃州督師，賊眾十餘萬環踞巴河東。會水漲，林翼令毀三台河石橋，扼河而守。潛師出回龍山，遏賊上竄。調李續宜率湖勇馳至，督諸軍合擊於孫家嘴、馬家河、月山，賊大敗遁走。都興阿、李續賓亦連破賊於黃梅、宿松，楚北肅清。遂視師九江，定合圍方略而還。八年四月，李續賓等攻九江，克之，磔賊首林啟榮。詔嘉林翼調度有方，加太子少保。林翼乃急規安慶，楊嶽斌率水師出九江，都興阿出宿松、望江，逼安慶為圍師。李續賓規復太湖、潛山、桐城，與都軍為犄角。五月，丁母憂，詔予假百日治喪，假滿仍署巡撫。七月，廬州陷，李續賓輕軍赴援，戰歿三河。林翼方奉母柩回籍，詔急起視師，林翼聞命，痛哭起行，逕次黃州，軍心始定。
九年，進屯上巴河，與李續宜整飭部伍，日夜訓練，謀大舉。會石達開由江西犯湖南，圍寶慶。林翼令李續宜率所部赴援，舒保馬隊助之，又以水師分扼河道，寶慶圍得解，於是與曾國籓合力圖復安徽。國籓循江而下為第一路，多隆阿、鮑超攻取潛山、太湖為第二路，林翼自出英山、霍山為第三路，李續宜由松子關出商城、固始為第四路。十月，由黃州移營英山。陳玉成在賊中最狡悍，見太湖圍急，糾合撚匪張洛行、龔瞎子眾數十萬來援。林翼集諸軍精鋭全力備戰，欲一鼓殲之。與曾國籓部署諸將，指揮戰略。謀前敵總統，以多隆阿謀勇兼優，而鮑超素不相下，手書勸勉，十數往複，始定議。又備意外，令金國琛、餘際昌以八千人出潛山天堂拊賊背。十二月，賊至，鮑超營小池驛，當其衝，賊聚攻之。多隆阿慮分兵掣全勢，置不救，調唐訓方往助。事且急，金國琛等由山中鼓行而出，賊乃奪氣。十年正月，多隆阿攻羅山沖為西路，鮑超出小池驛為東路，硃品隆、蔣凝學、唐訓方等合擊，金國琛等亦同時併進，大破賊，殲斃先後二萬餘，遂克太湖城，潛山亦復。是役為僅見之大捷，安慶之勢遂孤。
既而江南大軍潰，蘇、常盡陷，曾國籓授兩江總督，督師。林翼為畫分路大舉之策，國籓不盡用，率鮑超等次祁門，為規復江南計，以其弟國荃圍安慶。林翼令多隆阿圍桐城，李續宜屯青草塥，為兩軍援，都興阿別出師江北，分兵濟餉，林翼悉任之。十月，多隆阿、李續宜大破賊於桐城掛車河。林翼進駐太湖，度賊援安慶不利，必深入湖北腹地以分我軍勢。令餘際昌屯霍山樂兒嶺，成大吉屯羅田松子關，戒賊至勿浪戰，堅守待援。十一年春，賊果合撚匪西犯，成大吉破之松子關，殲撚渠龔瞎子。霍山守者違節度，為賊所敗，遂進陷黃州、德安、孝感、隨州，林翼令李續宜回援。賊復分股回略蘄、黃，趨安慶，約城賊夾擊。檄成大吉下援，鮑超亦由南岸至，破賊於集賢關，擒斬數千，磔其渠劉瑲林。多隆阿亦破援賊於桐城，賊計不得逞，城中糧將盡，勢益慼。南岸之賊復由江西犯興國、大冶，南及崇、通，武漢震動。林翼方病咯血，自率師回援，而圍攻安慶益急。及抵湖北，賊已聞風遁。八月朔，遂克安慶。曾國籓推林翼為首功，詔加太子太保，予騎都尉世職。桐城、廬江、舒城以次復，黃州、德安之賊先後擒斬，楚境悉平。
林翼久病，聞文宗崩於熱河行在，大慟嘔血，八月，卒。詔贈總督，祀賢良祠，湖北、湖南並建專祠，賜其子子勛舉人，謚文忠。同治元年，復詔：「林翼未竟全功，遽就溘逝，跡其功勛卓越，名播寰區，至今江、鄂士民稱頌。命於原籍家祠賜祭一罈。」洎江南平，加予一等輕車都尉世職，子子勛襲，後並兩世職為男爵。光緒中，以孫祖廕襲，官郵傳部參議。
