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各將士即商議道：「昔毛帥鎮守皮島，不時巡邊，用法雖嚴，猶與吾等共同甘苦。毛帥所禁商人，只因其瞞漏稅餉，故島民向無怨言。今袁督師養尊處優，糧餉又不能接濟，坐視我們饑困，猶故示寬大，以毛帥擄禁商人為詞，我等焉能受其魚肉？惟有入京控發，以伸不平之氣。」各將士無不讚成此議，即暗自遣人入京，謀參袁崇煥。
時崇禎帝方治了逆閹魏忠賢之罪，凡平日與閹黨稍有往來者，皆慄慄自危。袁崇煥平日頗尚節風，本與逆閹並無往來，惟因其性情棱厲，以故同僚多嫉之。及邊關將士入京謀參崇煥，便以聲應氣投，無不首肯，科道中便有多人參劾袁崇煥。大意皆以崇煥以私意擅殺毛文龍，苛待屬員，剋扣軍餉，廢弛邊備，種種罪名不可勝數。
自這參折既上，京中大為震動。好事者更造作謡言，謂袁崇煥與魏閹交情甚密，自前任薊遼總督因事落官回京後，一意交歡逆閹，以為開復地位。後來開復，督師薊遼，雖非逆閹所保，然究出於魏閹所指使列保之人，故得起用，這等語。崇禎聽得，大為震怒，速下部議。
當時凡京中大員，與袁崇煥絶少往來，惟大司馬洪承疇、大宗伯董其昌稍知為國愛才，可為袁崇煥輓救。惜當時洪承疇方督師湖廣，不在京中，只有董其昌一人，聽得袁崇煥被劾交議，即嘆道：「崇煥殺文龍誠屬太過，唯崇煥亦是不可多得之才，若一併去之，是自拆其臂也。”遂上表力保崇煥。謂東北管鑰賴袁崇煥保守，既失文龍，又失崇煥，非計之得也。
崇禎帝即召董其昌責道：「卿固曾言毛文龍實有將才，何以一旦反為袁崇煥力保耶？」董其昌道：「時勢不同也。崇煥前殺文龍，事固太過，但誣以與逆璫往來，則太冤。且既殺文龍，又去崇煥，籌邊無人，亦自去其助，臣故不得不保之。況有輕重，若必殺崇煥，不特失其良才，亦屬過于嚴酷，願陛下思之。」崇禎帝道：「卿言亦是。但毛文龍在海外數年，敵人不敢正視中原，疊奏膚功，遼防賴以安堵。今袁崇煥督師日久，常聞敵人窺伺。朕昔日以上方劍賜他，不過謂如此則號令可行，不料袁崇煥即以此殺毛文龍也。
且文龍在日，防兵較多猶糧道不絶，今崇煥裁減軍營，又征數省協助，糧餉猶多缺乏。軍心咸怨，安能立功？卿猶欲為之說情耶？」董其昌道：「文龍固有可殺之罪，不過殺之不得其時。崇煥昧于通變，非私意也。今疆吏之才無有出崇煥之右者，若去一袁崇煥，後難為繼。
況崇煥鑒於毛文龍在日遼防安堵，必知自勉。若留之，亦因時用人之策也。」崇禎帝沉吟半晌道：“卿且暫退，容朕思之。」
董其昌遂出。不意事有湊巧，適洪承疇平定楚亂，捷報到京。諸大臣皆以洪承疇有才，可以任薊遼總督，崇禎帝亦以為，以洪承疇繼袁崇煥，必可立功。
其意既為諸大臣所動，於是董其昌之言不復置念。時諸大臣欲排去袁崇煥，皆交章列保洪承疇，崇禎帝便調洪承疇迅速入京，承疇不知有何要政，即馳驛回到京裡。崇禎帝獨開防遼之計，洪承疇即陳防遼十策。崇禎大喜，即以洪承疇督師薊遼，並任薊遼總督。
另降旨將袁崇煥解京逮問，令承疇即行赴任。承疇得旨大驚，即往訪董其昌，願與共保崇煥。時董其昌以毛文龍既殺，崇煥又去，遼事必不可問，憂心如焚，已杜門不出。洪承疇便請獨對，向崇禎奏道：「臣獻遼防之策，非排斥崇煥也。
臣以為崇煥雖胸襟狹隘，不能容物，然善於籌邊，勇于任事，若稍假以時日，遼防必可奏功。今以臣代之，臣有自知之明，亦未見有長於袁崇煥也。」崇禎帝聞洪承疇之言，意復猶豫。
惟袁崇煥聞解京逮問之旨，已慷慨請行。崇禎帝便責洪承疇速赴新任。承疇不得已，即速赴薊遼總督任上去了。
自袁崇煥抵京之後，即逮刑部獄中。董其昌已憂憤成疾辭職去了，諸大員中無有為袁崇煥憐憫者。崇禎帝令三法司將袁崇煥勘問。錢龍錫道：「凡治罪者應分其輕重，即獲罪之人，其中或有功勞，亦不應埋沒。
若功罪可以相抵者故不必說，即或不能相抵，亦可論功把罪情減等。汝是讀書人，該知此理。今汝參文龍二十款，縱其或有真情，惟文龍防邊數年，敵人畏服，戰功尚多，汝當日何以並不聲敘，只參其罪，不論其功，此是何意耶？”袁崇煥至是不能答。錢龍錫又道：「吾固知汝不能辯也。
汝務欲殺其人，故沒其功跡，致國家損一能將，汝心安否？」崇煥道：「大人此言，直謂袁崇煥以私意殺文龍矣。袁某若有此心，皇天不佑。」錢龍錫道：「汝不必誓。以文龍在日，邊防安堵。
汝任督師，邊警疊聞。且軍心咸怨，汝固不能謂文龍無功，不過必欲殺之，故埋沒之而已。」袁崇煥道：“據袁某之意，文龍當日屠殺遼民，虛報勝仗，固不能謂為有功。袁某不能若文龍所為，上不敢欺朝廷以冒戰功，下不敢勒商人以充軍餉。
今日獲罪，實原于此，大人當鑒諒之。」
錢龍錫道：「我以汝本屬同年，稍可原諒，當為汝留個地步。但汝罪已大，勢所不能。汝自謂認真籌邊，何以敵人頻來窺伺，反不若文龍在日？汝言實說不去。」袁崇煥道：「此或是袁某不才。
但朝廷若不見疑，假以時日，資以軍糧，當不至于此。」錢龍錫道：「汝今還望復任耶？」崇煥見龍錫苦苦駁詰，不留個餘地，至是不欲再辯，惟搖首長嘆。錢龍錫便以往複問答之詞詳奏崇禎帝，並加以罪責之言，其獄遂定。袁崇煥遂不能免。
