隨着軍事上不斷取得進展，北京日趨穩固，多爾袞又把攻擊的矛頭指向了南明的弘光政權。
順治二年四月十五日，多鐸遵奉多爾袞的命令率大軍抵達揚州，明大學士史可法死守，不敵，城破，史可法死於難。揚州城經空前浩劫，清軍大肆屠戮，史稱「揚州十日」。繼而，清軍乘勝前進，很快滅亡南明弘光政權，並相繼平定南方各省。這樣，大半個中國都在清廷的統治之下了。
與此同時，多爾袞也十分注意邊疆的統一，清軍攻佔西安後，即對嘉峪關外新疆地方各部落和西藏採取了一系列的安撫懷柔政策。
不僅于此，他還採取一系列措施，使清王朝從中央到地主的政權機構不斷完善，以適應統治全國的需要。他依據範文程、洪承疇、馮銓等人的建議，大體上依明制建立了中央各機構，又依照明律，頒行了《大清律》等等，同時他還十分注意網羅漢族士大夫、官僚等，並以「網羅賢才為要圖」。
多爾袞代天攝政，但他是順治初年實際上的皇帝，是清帝國實際上的創造者，以致于，當他入朝時，「滿洲諸臣皆跪」。其爵位也越來越尊崇，被尊為「皇父攝政王」。
他專斷權威，排除異己，深為其所嫉恨的豪格雖鎮壓張獻忠有功，也終被羅織罪狀，置之死地。濟爾哈朗雖同王輔政，只因曾主張立豪格為君，也以「擅謀大事」等罪名，罷其輔政。
多爾袞由於擅權過甚，終於導致自食其果。
多爾袞身材細瘦，素有風疾，入關後病情日重，到北京時，常常頭昏腦脹，順治四年後，風疾更加嚴重。雖然如此，但他始終以全部精力經營着清王朝的「大業」，並牢牢控制着軍國重務。
滿洲貴族酷好放鷹圍獵。多爾袞亦如此，禮部還議定有攝政王出獵的禮儀。
順治七年
1650年十一月，多爾袞出獵古北口外，不慎墜馬受傷，膝受到重創，仆從涂以涼藥，興許是用錯了藥。十二月初九日，多爾袞不幸在喀刺城去逝，年僅三十九歲，其靈柩運北京，被迫尊為「誠敬義皇帝。」
但是由於他生前滿族貴族內部明爭暗鬥一直很激烈，死後僅兩個月，順治八年二月十五日，蘇克薩哈、詹岱即首告他「謀篡大位」。於是，以鄭親王濟爾哈朗為首，巽親王滿達海、端重親王博洛、敬謹親王尼堪及內大臣等合詞追論其罪，說他「僭妄不可枚舉，臣等從前畏威吞聲，今冒死奏明。」於是，順治下詔削其爵，財產入官，墓葬也被平毀。據傳，他的屍體被挖出來後，用棍子打，又用鞭子抽，最後還被砍掉腦袋，暴屍示眾，從而，他那雄偉壯麗的陵墓也就隨之變為了塵土。
座落在明南宮的睿王府同時被廢，其親信多人先後被處決或被貶革。前述吳三桂和洪承疇所談多爾袞追回叛逆之節事即為此。
吳三桂和洪承疇圍繞多爾袞的一生感慨嘆息，想到他的不幸結局，二人不禁悵然。
想當年，他怎樣的英雄豪傑、雄才大略，卻誰知死後竟魂無去處，生命拓展的意義又何在？
當然，多爾袞死後百餘年，他終得以平反昭雪。至乾隆四十三年
1778年，弘曆認為，多爾袞「分遣諸王，追殲流寇，撫定疆陲。一切創造規模，皆所經劃。尋即奉世視車駕入都，定國開基，以成一統之業，厥功最著！被『誣告以謀逆』，構成冤獄，下詔為其昭雪，復睿親王爵，由多爾袞五世孫淳穎襲爵。
並配享太廟，重修陵寢，又修建親睿王府，其封爵世襲」，成為清代八個鐵帽子之一。
多爾袞的功績終得以獲致承認，只是這已經是後話了。
且說吳三桂和洪承疇對多爾袞的一生唏噓慨嘆，好不悵然。然後二人又說到了各地平叛的事情。
不知不覺中，已喝了三盞茶，此時已三更時分，洪承疇正打算告辭。吳三桂突然屏退了身邊恃從，酒席上只剩他們兩個人。
洪承疇馬上就明白了，但他表面上不動聲色。
「將軍莫非有事？」洪承疇輕描淡寫地問道。
「三桂欲求立足之地，望老師不吝賜教。」吳三桂突然起身，跪在洪壽疇的面前，眼中含着淚。
洪承疇將三桂扶起，一言不發，踱步半個時辰……
吳三桂也不講話，默默地等着。
「好吧，我上疏皇上，請先安定雲貴內部，後攻緬甸……」洪承疇終於開口道。
吳三桂如釋重負，長長出了一口氣，感激地望着洪承疇，點了點頭。
洪承疇的奏摺數日後遞送到了朝廷。奏摺是這樣寫的：
「臣受任經略，目擊雲貴凋敝景像及土司諱卒觀望情節，不可謀迫，須先安內，乃可剿外，臣屢聞李定國等勾邊土司，凱由景東、六江復入廣西。各土司私授禮印，歃血為盟，伺隙起釁。若一聞大兵進軍緬國。勢必暗中串騰，思逞其謀，避實就虛。
大兵相去已遠，不能加顧。而留駐省城之兵必難以抵禦，臣審時度勢，權量輕重，竊以為今年秋冬宜停止進兵事宜。」
這是極為高明的政治謀劃：既有大局觀，又有理有據——「攘外必先要安內嘛」！從事實上看，也許確實應該這樣。
有時候，政治家也會被權力爭奪所迷惑，錯的變成了對的，對的又變成了錯的，想算計人，卻被人將計就計。
洪承疇的奏疏送達朝廷後，朝廷認為有道理，同意吳軍今冬暫停進軍緬甸，令雲貴各將積極做好安內工作。洪承疇的建議確實有其高明處，後來事實證明了這一點。
