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乾隆元年，疏請河工搶修工段需用土方，令河兵挑運十之四，用民工十之六。又請葦蕩營采柴均歸廠運。又請各州縣河工外解各項悉歸河庫道。河南永城、江南蕭縣頻年被河患，上命高斌會兩江總督趙弘恩、河南巡撫富德籌疏通之策。高斌等奏：「黃河南岸碭山毛城鋪向有減水石壩一，蕭縣王家山有天然減水石閘一，睢寧縣峰山有減水閘四，建自康熙間，誠分黃導淮以水治水之善策。年久淤淺，水發為患。毛城鋪舊有洪溝、巴河二河，為減泄黃水故道。閘下地勢，東北偏高，水向南行，漫入祝家口。請俟水涸疏濬二河，並於二河上遊開蔣溝河，築祝家口、潘家口二壩。漳水南流，使盡入蔣溝、洪溝、巴河分流下注，永城、碭山諸縣當無水患。王家山天然閘減水會入徐溪口，舊有引河，間有淤淺；峰山減水四閘，歷年既久，引河亦有淤淺：均應疏濬。」又奏：「淮揚運河自清口至瓜洲三百餘裡，其源為分洪澤湖水入天妃閘，建瓴而下，經淮安、寶應、高郵、揚州以達於江，惟借東西漕堤為障。請於天妃、正越兩閘之下，相距百餘丈，各建草壩三。壩下建正石閘二，越河石閘二。又於所建二閘尾各建草壩三。重重關鎖，層層收蓄，則水平溜緩，可禦洪澤湖異漲，亦可減運河水勢。湖水三分入運，七分會黃。山盱尾閭天然南北二壩，非洪澤湖異漲不可輕開，使清水全力禦黃；而高、寶諸湖所受之水，循軌入口，不至泛溢下河。則高、寶、興、鹽諸縣民田可免洪湖泄水之患。」疏入，均議行。
禦史夏之芳等疏言：「毛城鋪引河一開，則高堰危，淮、揚運道民生可慮。」命高斌會大學士嵇曾筠、副總河劉永澄等詳度。安徽布政使晏斯盛、廣東學政王安國復請濬海口，又命高斌與宏恩及江蘇巡撫邵基會勘。二年三月，高斌請入覲。趙弘恩內擢戶部尚書，亦詣京師。上命王大臣集議，並召之芳等皆與。高斌言：「毛城鋪減水壩康熙十七年靳輔所建，減水歸洪澤湖，助清刷黃。六十年來，河道民生，均受其益。現濬毛城鋪，乃因壩下舊河量加挑濬，使水有所歸，並非開壩。況減下之水，紆迴曲折六百餘裡，經徐、蕭、睢、宿、靈、虹諸州縣，有楊甿等五湖為之渟蓄。入湖時即已澄清，無挾沙入湖之患，亦無湖不能容之慮。」之芳等仍執所見，議未決，禦史甄之璜奏：「毛城鋪開河，淮、揚百萬之眾，憂慮惶恐。」鍾衡條奏亦及之。上卒用高斌議，斥之璜、衡、之芳等。
高斌復請別開新運口，堵塞舊運口，以避黃河倒灌。三年正月，淮、揚運河工竟，有旨嘉獎。四年，上聞時論議高斌所改新運口離黃稍遠，而上遊水勢遇黃河異漲，仍不見倒灌，命大學士鄂爾泰乘驛往勘。鄂爾泰仍主開新運口，如高斌議。八月，高斌入覲，命便道與直隷總督孫嘉淦、總河顧琮會勘直隷河道。六年，奏言：「黃河自宿遷下至清河，河流湍急，內逼運河，脣齒相依。請培運河南岸縷堤，作為黃河北岸遙堤。」又言：「江都瓜河地勢卑下，請量改口門，別濬越河，以減淮水入瓜河分數。」又言鎮江南岸埽工宜改磚工。均下部議行。
調直隷總督，兼管總河。奏言：「永定河惟在尾閭通暢，請於三角澱旁開引河，下接大清河老河頭，上接鄭家樓水口。挑去積土，即於北岸圈築坡墊，以防北軼。南岸亦量為接築，以遏南溜。下口河脣，隨時疏通。至上遊應籌分泄，請於南岸雙營，北岸胡林店、小惠家莊各增建三合土滾壩一；並減堤高，使卑於壩。南岸郭家堤舊草壩應一律修築如式。」七年，淮、揚水災，上命高斌及侍郎周學健會總督德沛等治賑。事畢，還直隷，復奏言：「永定河上遊為桑乾河，自山西大同至直隷西寧，兩岸可各開渠灌田。自西寧石閘村入山，經宣化黑龍灣、懷來和合堡、宛平沿河口，兩山夾峙，一綫中趨。若於山口取巨石錯落堆疊，仿竹絡壩之意，為玲瓏水壩，以殺其洶湧，則下遊河患可減。」疏上，均議行。十年三月，加太子太保。五月，授吏部尚書，仍管直隷水利、河道工程。十二月，命協辦大學士、軍機處行走。
十一年，禦史楊開鼎劾南河河道總督白鍾山河決匿災不報，命高斌往江南會總督尹繼善按治，白鍾山坐奪官。疏言：「淮、黃二瀆，每年伏秋水漲，以老壩口水志為準則。乾隆七年最大，水志連底水一丈四尺七寸，當以此較量每年水勢。各處閘壩開閉，應以就近石工水漲尺寸為度。」運河水漲，又命高斌往勘。疏陳培六塘河謝家莊、龍溝口諸處堤堰，濬中墩河、項家沖東門河；又疏請豁免海州、沭陽、贛榆諸縣逋賦，及板浦、徐瀆、中正、莞瀆、臨洪、興莊諸場折價帶徵銀：並從之。高斌嘗謂黃水宜合不宜分，清水宜蓄不宜泄，惟規度湖河水勢，視其縮盈以定蓄泄，方不至泛溢阻礙為民害。諸所籌畫，皆可循守。十二年三月，授文淵閣大學士。四月，命往江南同河道總督周學健督理防汛。五月，直隷水利工竟。
十三年，命偕左都禦史劉統勛如山東治賑。又命偕總督顧琮如浙江按巡撫常安婪賄狀，高斌等頗不欲窮治。上又遣大學士訥親往按，責高斌模棱，下吏議，奪官，命留任。閏七月，周學健得罪，命兼管江南河道總督。尋以籍學健家產徇私瞻顧，奪大學士，仍留河道總督。十六年三月，上南巡，命仍以大學士銜管河道總督事。閏五月，暫管兩江總督。八月，盱南陽武漫工未合龍，詔往相度修築，命未下，高斌奏請馳赴協辦。上獎其急公任事，得大臣體。十一月，工竟，命同侍郎汪由敦勘天津諸處河工。十七年，年七十，賜詩。
十八年，洪澤湖溢，邵伯運河二閘衝決，高郵、寶應諸縣被水，下部嚴議。學習河務布政使富勒赫奏劾南河虧帑，命署尚書策楞、尚書劉統勛往按。策楞等疏發外河同知陳克濟、海防同知王德宣虧帑狀；並及洪澤湖水溢，通判周冕未為備，水至不能禦，不即奏劾狀。上責高斌徇縱，與協辦河務張師載並奪官，留工效力贖罪。九月，黃河決銅山張家路，南注靈、虹諸縣，歸洪澤湖，奪淮而下。上以秋汛已過，何至沖漫河堤，責高斌命往銅山勒限堵塞。策楞尋奏同知李敦、守備張賓侵帑誤工狀，上命斬燉、賓，縶高斌、張師載使視行刑，仍傳旨釋之。二十年三月，卒於工次。予內大臣銜，發內庫銀一千治喪。
二十二年，上南巡，諭曰：「原任大學士、內大臣高斌，任河道總督時頗著勞績。即如毛城鋪所以分泄黃流，高斌設立徐州水志，至七尺方開。後人不用其法，遂致黃弱沙淤，隱貽河患。其於黃河兩岸汕刷支河，每歲冬季必率汛填築。近年工員疏忽，因有孫家集奪溜之事。至三滾壩泄洪湖盛漲，高斌堅持堵閉，下遊州縣屢獲豐收。功在民生，自不可沒。癸酉張家路及運河河閘之決，則其果於自信，抑且年邁自滿之失。在本朝河臣中，即不能如靳輔，較齊蘇勒、嵇曾筠有過無不及。可與靳輔、齊蘇勒、嵇曾筠同祀，使後之司河務者知所激勸。」二十三年，賜謚文定。禦製懷舊詩，列五督臣中。命祀賢良祠。
子高恆，高恆子高樸，皆坐事獲譴，自有傳。上復錄高斌孫高杞授內務府郎中。從子高晉。
高晉，字昭德。父述明，涼州總兵。高晉初授山東泗水知縣，累遷安徽布政使，兼江寧織造。乾隆二十年，擢安徽巡撫。二十二年，上南巡視河，命高晉協辦徐州黃河兩岸堤工。高晉奏言：「鳳、潁災區諸工並舉，米價日昂，動工程銀三萬兩購米，尚慮不敷。上念淮徐海道諸工，截漕二十萬石平糶。請分五萬濟上江各工。」從之。工竟，加太子少傅。
