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莊浪邊外謝爾蘇部土番據桌子、棋子二山為亂，納硃公寺、朝天堂、加爾多寺諸番與相糾合。羹堯遣鍾琪等督兵分十一路進剿，凡五十餘日，悉討平之。命兼甘肅提督。三年，覆命兼甘肅巡撫。四月，解羹堯兵柄，改授杭州將軍，命鍾琪亦上奮威將軍印，署川陝總督，盡護諸軍。河州、松潘舊為青海蒙古互市地，羹堯奏移於那喇薩喇。鍾琪奏言青海部長察罕丹津等部落居黃河東，請仍於河州、松潘互市。額爾德尼額爾克托克托鼐等部落居黃河西，請移市西寧塞外丹噶爾寺。蒙古生業，全資牲畜，請六月後不時交易。四川雜穀、金川、沃日諸土司爭界，羹堯令金川割美同等寨畀沃日，致仇殺不已。鍾琪奏請還金川，而以龍堡三歌地予沃日，上皆許之。
尋真除川陝總督。疏言：「土司承襲，文武吏往往索費，封其印數年不與，致番目專恣仇殺。請定限半年，仍令應襲者先行署理。土司有外支循謹能治事者，許土官詳督撫給職銜，分轄其地，多三之一，少五之一，使勢相維、情相安。」入覲，加兵部尚書銜。疏言：「察木多外魯隆宗察哇、坐爾剛、桑噶、吹宗、袞卓諸部，距打箭爐遠，不便遙制。請宣諭達賴喇嘛，令轄其地。中甸、裡塘、巴塘及得爾格特、瓦舒霍耳諸地，並歸內地土司。」又言：「巴塘隷四川，中甸隷雲南，而巴塘所屬木咱爾、祁宗、拉普、維西諸地偪近中甸，總會於阿墩子，實中甸門戶。請改隷雲南，與四川裡塘、打箭爐互為犄角。」下王大臣議，如所請。四年春，請選西安滿洲兵千人駐潼關。冬，請以陝、甘兩省丁銀攤入地畝徵收，自雍正五年始，著為定例。踰年，復疏言甘屬河東糧輕丁多，河西糧多丁少，請將二屬各自均派：河東丁隨糧辦，河西糧照丁攤。下部議行。四川烏蒙土知府祿萬鍾擾雲南東川，鎮雄土知府隴慶侯及建昌屬冕山、涼山諸苗助為亂。上命鍾琪與雲貴總督鄂爾泰會師討之。五年春，擒萬鍾，慶侯亦降。烏蒙、鎮雄皆改土歸流。冕山、涼山亦以次底定。
鍾琪督三省天下勁兵處，疑忌眾。成都訛言鍾琪將反，鍾琪疏聞，上諭曰：「數年以來，讒鍾琪者不止謗書一篋，甚且謂鍾琪為嶽飛裔，欲報宋、金之仇。鍾琪懋著勛勞，朕故任以要地，付之重兵。川、陝軍民，受聖祖六十餘年厚澤，尊君親上，眾共聞知。今此造言之人，不但謗大臣，並誣川、陝軍民以大逆。命巡撫黃炳、提督黃廷桂嚴鞫。」尋奏湖廣人盧宗寄居四川，因私事造蜚語，無主使者，論斬。
六年，疏請以建昌屬河西、寧番兩土司及阿都、阿史、紐結、歪溪諸地改土歸流，河東宣慰司以其地之半改隷流官，升建昌為府，領三縣，並釐定營汛職制，及善後諸事。下部議，如所請。定新設府曰寧遠，縣曰西昌、冕寧、鹽源，又請改岷州兩土司歸流。尋分疏請升四川達州，陝西秦、階二縣為直隷州。七年，又分疏請升甘肅肅州為直隷州，陝西子午穀隘口增防守官兵，裡塘、巴塘諸地，置宣撫、安撫諸司至千百戶，視流官例題補。俱議行。雷波土司為亂，遣兵討平之。
靖州諸生曾靜遣其徒張熙投書鍾琪，勸使反。鍾琪與設誓，具得靜始末，疏聞。上褒鍾琪忠，遣侍郎杭奕祿等至湖南逮鞫治，語詳杭奕祿傳。
羅卜藏丹津之敗也，走投准噶爾，其酋策妄阿喇布坦納之。策妄阿喇布坦死，子噶爾丹策零立，數侵掠喀爾喀諸部。上命傅爾丹為靖邊大將軍，屯阿爾泰山，出北路；鍾琪為寧遠大將軍，屯巴裡坤，出西路：討之。加鍾琪少保，以四川提督紀成斌等參贊軍務。鍾琪率師至巴裡坤，築東西二城備儲胥，簡卒伍為深入計。八年五月，召鍾琪及傅爾丹詣京師授方略，鍾琪請以成斌護大將軍印。科舍圖嶺者，界巴密、巴裡坤間，鍾琪設牧廠於此。准噶爾聞鍾琪方入覲，乘間以二萬餘人入犯，盡驅駝馬去。成斌使副參領查廩以萬人護牧廠，寇至不能禦，走過總兵曹勷壘呼救；勷以輕騎往赴，戰敗亦走。總兵樊廷及副將冶大雄等將二千人，轉戰七晝夜。總兵張元佐督所部夾擊，拔出兩卡倫官兵，還所掠駝馬強半。成斌欲罪查廩，既而釋之，以捷聞。上已遣鍾琪還鎮，上謂當於卡倫外築城駐兵，出遊兵擊敵，俾不敢深入，令鍾琪詳議。尋諭獎廷、大雄、元佐功，賜金予世職，遣內務府總管鄂善賫銀十萬犒師。立祠安西，祀陣亡將士。上以酒三爵遙酹，亦俾鄂善賫往設祭。
九年春，鍾琪請移兵駐吐魯番、巴爾庫爾，為深入計。上諭曰：「鍾琪前既輕言長驅直入，又為敵盜駝馬，既恥且憤，必欲進剿，直搗巢穴，能必勝乎？」九年正月，鍾琪部兵有自敵中脫歸者，言噶爾丹策零將移駐哈喇沙爾，以大隊赴西路，而令其將小策零敦多卜犯北路。鍾琪以聞，並言敵將自吐魯番侵哈密，擾安西、肅州邊界。我軍眾寡莫敵，當持重堅壁固守，告北路遣兵應援，並調兵自無剋剋嶺三面夾擊。上諭曰：「前以鍾琪軍寡，諭令持重堅守，今已有二萬九千人。樊廷馬步二千，敵彼二萬，轉戰七晝夜，猶足相當。乃以二萬九千人而雲眾寡莫敵，何懦怯至此？且前欲直搗伊犁，豈有賊至數百里內轉堅壁而不出乎？賊果至巴爾庫爾，即敗逃，亦從科舍圖直走伊爾布爾和邵而遁。無剋剋嶺相去二三百里，安所得夾擊？鍾琪於地勢軍機，茫然不知，朕實為煩憂。」
三月，准噶爾二千餘犯吐魯番，成斌遣廷將四千人赴援，敵引退。四月，又以千餘人犯吐魯番，別以二百餘人犯陶賴卡倫。六月，又以二千餘人圍魯穀慶城。吐魯番回目額敏和卓等率所部奮擊，殺二百餘人。鍾琪議令元佐、勷及張存孝將三千人赴援。提督顏清如將二千人屯塔庫，成斌將四千人防陶賴，俟我軍進擊烏魯木齊，移回民入內地。上諭鍾琪：「今年秋間襲擊，是第一善策。援吐魯番，乃不得已之舉。若但籌畫應援，而不計及襲擊，是捨本而逐末也。」
魯穀慶城圍四十餘日不下，准噶爾移攻哈喇火州城，以梯登，回民擊殺三百餘人。元佐等兵將至，敵引退。七月，准噶爾大舉犯北路，傅爾丹之師大敗於和通腦兒，鍾琪請乘虛襲擊烏魯木齊。上諭鍾琪：「賊既得志於北路，今冬仍往西路，且增添賊眾，更多於侵犯北路，俱未可知。當先事圖維，臨時權變，勿貪功前進，勿坐失機宜。」並令略行襲擊，即撤兵回營。鍾琪自巴爾庫爾經伊爾布爾和邵至阿察河，遇敵，擊敗之。逐至厄爾穆河，敵踞山梁以距。鍾琪令元佐將步兵為右翼，成斌將馬兵為左翼，勷及總兵王緒級自中路上山，參將黃正信率精鋭自北山攻敵後，諸軍奮進，奪所踞山梁，敵敗走。諜言烏魯木齊敵帳盡徙，乃引兵還。疏聞，上獎鍾琪進退遲速俱合機宜。
