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熙聞沖面受溫命，將統遺眾，心中很是不服。遂與弟濟謀諸叔秘，意欲殺沖。沖詗悉陰謀，不敢復入，嗣由熙等報溫死耗，召沖臨喪，沖即遣力士直入喪次，拘住熙濟，且逐秘出外，然後舉哀。已而奏徙熙濟至長沙，罷黜秘官，且稱溫遺命，以少子玄為嗣。
晉廷追贈丞相，賜賻袞冕，予謚宣武，此外喪葬禮儀，一依漢大將軍霍光及晉太宰安平獻王孚故事，即命玄襲封南郡公。玄年才五歲，沖總道他幼弱易制，可無後憂，哪知他長成後，比乃父還要凶險呢？暗伏下文。相傳玄為溫庶子，生母馬氏，夜坐月下，見流星墜盆水中，用瓢掬吞，因得有娠。及生玄時，有光照室，家人詫為神奇，乃取一小名，叫作靈寶。
乳媼每抱玄省溫，經過重門，必易人乃至，說是沈重異常，故溫甚加寵愛。沖立玄為嗣，或果承溫遺命，亦未可知，這且待後慢表。
且說桓溫既死，有詔進沖為中軍將軍，都督揚雍江三州軍事，兼揚豫二州刺史，使鎮姑孰。加右將軍荊州刺史桓豁，為征西將軍，都督荊揚廣三州軍事。豁子竟陵太守石秀，為寧遠將軍，兼江州刺史，使鎮尋陽。或勸衝入誅王謝，專執朝權，衝將他叱退。
衝力反溫政，一切生殺予奪，皆先時奏聞，然後施行，晉廷上下，始得解憂。
謝安尚恐桓沖干政，擬請褚太后臨朝。褚太后為康帝后，康帝系元帝孫，與孝武帝本為叔嫂，從前簡文入嗣，比褚太后輩分較長，但因她既為太后，不得以家人禮相待，故仍稱為太后，且因她居住崇德宮，特尊為崇德太后。至是由謝安倡議，再請訓政，群僚皆無異詞，獨尚書仆射王彪之抗議道：「前代人主，幼在襁褓，母子一體，故可請太后臨朝，但太后亦未能專斷，仍須顧問大臣。今主上年逾十歲，將及冠婚，反令從嫂臨朝，表示人君幼弱，這難道好光揚聖德麼？」議固甚是。
安不肯從，竟率百官奏白太后，大略說是：
王室多故，禍難仍臻，國憂始周，復喪元輔，天下惘然，若無攸濟，主上雖聖明天亶，而春秋尚富，兼在諒闇，蒸蒸之思，未遑庶事。伏維太后陛下，德應坤厚，宣慈聖善，遭家多艱，臨朝親覽，光大之美，化洽在昔，謳歌流詠，播益無外，雖有莘熙殷，任姒隆周，未足以喻。是以五謀克從，人鬼同心，仰望來蘇，懸心日月。夫隨時之義，《周易》所尚，寧固社稷，大人之任，伏願陛下，撫綜萬幾，厘和政道，以慰祖宗，以安兆庶，不勝喁喁待命之至！
褚太后俯從眾議，便即復詔道：
王室不幸，仍有艱屯，覽省啟事，感增悲嘆，內外諸君，並以主上春秋沖富，加以蒸蒸之慕，未能親覽，號令宜有所由。苟可安社稷，利天下，亦未便有所固執。當敬從所啟，但暗昧之闕，自知難免，望盡弼諧之道，獻可替否，則國家有攸賴焉。
這詔既下，次日便即臨朝。進王坦之為尚書令，謝安為仆射，兩人同心輔政，終安晉室。越年令坦之出督徐兗等州軍事，但命謝安總掌中書。安好聲律，雖遇期功喪服，不廢絲竹，士大夫相率倣傚，濅成風俗。
坦之嘗貽書苦諫，安不能用。這是謝安短處。安又嘗與王羲之登冶城，慨然遐想，有出世志，羲之獨規誡道：「夏禹勤王，手足胼胝，文王旰食，日不暇給。今四郊多壘，宜思自效，若虛談廢務，浮文妨要，恐非當世所宜為呢。」安笑答道：「秦用商鞅，二世即亡，豈必是清談貽禍麼？」未幾，坦之病歿，留有遺書，分貽謝安桓沖，語不及私，但以國家為憂。晉廷追贈安北將軍，賜謚曰獻。坦之為故尚書令王述子，父子俱有重名，歿後不衰。只倒持手版一事，未免貽笑大方。
中軍將軍桓沖，因謝安素洽時望，願將揚州刺史兼職，轉讓與安，自求外出。桓氏族黨，莫不苦諫，沖竟出奏。有詔調沖為徐州刺史，令安領揚州刺史。寧康三年，孝武帝年已十三，冊立前司徒長史王濛孫女為皇后，後即哀帝后侄女，以貴戚入選中宮，又越年正月朔日，帝行冠禮。
褚太后歸政，仍居崇德宮，下詔改元，號為太元元年。進謝安為中書監，錄尚書事，征郗愔為鎮軍大將軍，加桓豁為征西大將軍，遷桓沖為車騎將軍，兼尚書仆射。此外，文武百官，各進位一等，毋庸絮述。
惟苻秦雄踞北方，嘗出兵寇晉，連陷梁益二州。梓潼太守周弒，固守涪城，遣兵送母妻東下，擬由漢水趨江陵，使她避難，偏途中為秦將朱肜所獲，牽至城下，迫令招弒，弒不得已出降。秦王堅素聞弒名，欲拜為尚書令，弒愀然道：「弒蒙晉室厚恩，理宜效死，只因老母見獲，沒奈何屈節偷生，今得母子兩全，已出望外，怎敢再邀富貴呢？」遂辭不受官，堅更加器重，時常引見。弒有時箕踞坐著，謾罵不遜，甚至呼堅為氐賊，既已降敵，何必再作此態。
秦人無不動怒，堅獨不以為意，反加優待，這也是大度包荒，非人所及。一面召冀州牧王猛入關，使為丞相，另調陽平公苻融為冀州牧。猛至長安，復加都督中外諸軍事。猛辭章屢上，終不見許，乃受命就職。
嗣是放黜貪庸，擢拔幽滯，督課農桑，練習軍旅，官必當才，刑必當罪，國家大治，馴致富強。
會有彗星出尾箕間，長十餘丈，經太微，歷夏秋冬三季，光尚未滅，秦太史令張亞上言道：「尾箕二星，當燕分野，東井乃秦分野，今彗起尾箕，直掃東井，明是燕興秦亡的預兆。十年後燕當滅秦，二十年後，代當滅燕。臣想慕容暐父子兄弟，是我仇敵，今乃布列朝廷，貴盛無比，將來必為秦患。天變已著，不可不防。
