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此時但懋辛已退到遂寧，得到這個消息，便南下進攻瀘州。楊森聽說劉、但聯軍來戰，不敢輕敵，在永川、瀘州等處，嚴密防守。但懋辛一則報仇心切，二則得了劉成勛所脅餉彈，軍勢頓壯，三則楊森兵力已分，反成了此眾彼寡，因此激戰了幾次，楊軍節節敗退，竟被但軍占了瀘州。楊森便集中兵力，在永川壁山一方面，併力攻擊劉成勛的軍隊。
劉軍方面的前敵總指揮鄧錫侯，是第三軍中最善戰斗的師長，本不難一鼓擊敗楊森，卻因楊森把所有的兵力，大部都在這裡，拚命的抵禦，所以激戰了幾次，都不曾得手。
鄧錫侯焦躁，思得一計，自己向壁山敵陣，猛撲了兩次，卻急忙退守銅梁去了。楊森只道他要渡嘉陵江，取包抄的戰略，便分兵防守這一面。隔日果然探報第一軍渡江的很多，楊森急忙把壁山的兵力，調到青木關，一方面卻把永川方面的軍隊，退到來鳳驛，使戰線縮短，以便救應壁山，不料第三軍渡嘉陵江的，不過一部分，大部還在全德場，得了調救青木關、麻柳坪一帶的消息，便乘勝襲擊。楊軍防守人少，又不曾預備，支持不住，立刻潰退。
等來鳳驛的救兵來時，鄧錫侯早已占了壁山。
在永川一方面的第三軍，是賴心輝所部的隊伍，得了鄧錫侯的約會，也乘勢猛攻。楊森這時，先得了壁山不守的消息，此時又得了這方面的報告，便又傳令來鳳驛的軍隊，退守白市，以便互相救應。
但懋辛自得了瀘州後，隨即進兵佔領合江、江津、綦江等處，這時又下了南川，正待向涪州進攻。楊森恐怕後路有失，急忙分兵去救涪州。重慶方面的兵力，愈加薄弱，鄧錫侯、賴心輝等乘勢猛攻，楊森大敗，退守忠州，連防守涪州的軍隊，也受了影響，連夜退到石砫去了。鄧錫侯等得了重慶以後，立即領兵追擊，探報田頌堯克了大竹，劉斌攻克東鄉，前進更猛。
楊森見忠州已在包圍之中，知道難守，便又放棄陣地，退守萬縣。但懋辛得了石砫，並不休息，立刻前進，在涂井渡江，進撲萬縣，一、二兩軍又在懷渡開火，一方是累敗之卒，一方仗戰勝之威，只支持了半天，二軍楊森所部，便大敗而退。但懋辛乘勢進攻，占了萬縣，第三軍的大隊，也陸續到來。休息了幾天，又繼續前進，和楊森的軍隊在廟基灘開火。
楊森此時已存背城借一之心，所以勉勵部下，努力死戰，絶不退卻。雙方激戰了幾夜，終究眾寡勢異，漸漸抵擋不住。一、三兩軍乘勢猛撲，楊森頓時大敗，士兵紛紛潰散，一部退至湖北施南一帶，楊森自己逃到宜昌，向長江上游總司令孫傳芳要求收編。孫傳芳不敢專擅，電詢吳佩孚的意見。
吳佩孚正因勝了奉天，陳炯明又逼走了中山，在那裡做武力統一的迷夢，吳佩孚武力統一的迷夢，確由此時起。得了這消息，自然極願收留楊森，為自己將來武力取川的嚮導，所以立刻電令孫傳芳收編，不願改編的，資遣回籍。孫傳芳準此辦理，共得了一混成旅之眾。吳佩孚仍令駐防鄂邊，聽長江上游總司令節制調遣。
劉成勛、但懋辛、鄧錫侯等自逐出楊森以後，便組織了一個省憲會議籌備會，自己擔任籌備員，進行四川自治省憲事宜，以便永久割據。凡贊成或提倡聯治者，除卻希咽軍閥餘瀝之政客而外，皆軍閥之存此心理者也。然川、鄂邊境一面，因追擊楊軍之故，時時有與鄂軍開火之慮，所以形勢也非常嚴重。後來經孫傳芳和劉成勛各派代表，議定了三條和約：一，川、鄂軍同時撤退，兩不相犯。
二，渝、宜交通，立即恢復。三，川、鄂聯防條件，繼續有效。方纔雙方撤兵，言歸於好。
吳佩孚自收了楊森之後，教他積極訓練士兵，一面又替他補充軍械，以備再舉，民國以來的失敗軍閥，只要有一成一旅的餘眾，不上幾時，便又恢復勢力，再成軍閥。因此兵額雖少，力量倒還充實，吳佩孚自是歡喜。不過此時北方又有直、奉備戰的消息，人心非常恐慌。幸喜鮑貴卿竭力調和，又經奉、直當局，通電否認，人心方安。
想不到一波方平，一波又起，直、奉戰爭的謡言方息，北京又發生了一件驚天動地的大案子。卻說民國十一年十一月十八日那天晚上，大總統黎元洪，正在批閲檔案，忽有眾議院議長吳景濂，副議長張伯烈，說有緊要機密事要見。黎元洪很是疑訝，即命請見。吳景濂見了黎元洪，走上前一步，悄悄的說道：「有一件機密事兒，和總統接洽。」黎元洪詫問什麼事？吳景濂道：「財政總長羅文干，訂立奧國借款合同，有納賄情事，請總統即下手諭，命步軍統領捕送地方檢察廳訊辦，以維官紀。這是眾議院的公函，這件事情，完全由景濂等負舉發之責。」黎元洪接過公函，看了一遍，不覺勃然大怒。黎氏本稱廉潔，對於官吏受賄，自應震怒，但此事卻不免又受人利用了。
立刻下了一個手諭，給步軍統領，着將羅文干逮交法庭訊辦。步兵統領得了這個緊急手諭，當然不敢怠慢，立派排長王得貴，帶領全排士兵，武裝實彈的趕到羅文干的公館裡，把士兵四散埋伏了，自己只帶了兩個人，上去叫開了大門，只推說有要緊事要親見總長，問總長可在家？門上不明就裡，便老實告訴了他。王得貴更不說什麼，竟衝將進去。門上攔不住，只得也跟了進來。
