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光緒元年八月，日本署公使鄭永寧牒中國，請補正前約。李鴻章令津、滬兩道詳議，復將各條逐加查核，因致總署雲：「通商章程第二十八款，進出口稅未便一例，及日本進口稅則第八十三條(毛曷)布類，又日入至日出不准開封鎖艙，應行更正補載等事，可以照准。但換定之約，不便改寫，祗可由總署另給照覆，附刊章程之後。至鴉片嚴定罰款一條，彼國既有各國貿易通例，或可權宜照辦，無須補列。查曾國籓預籌日本議約奏內亦雲，彼國嚴禁傳教與鴉片，中國犯者即由中國駐員懲辦，或解回本省審辦，而鄭署使照會末段，華民歸彼地方官照料，是中國遣理事官一端，實有難再從緩之勢。查橫濱、長崎、神戶三處華民最多，總理事官駐最要之口，各口即選各幫公正司事，俾為副理事官，遇事妥商辦理，實與中外大局有裨，應主持早辦。」總署亦以為然。會日使議改章，欲於鴉片進口照西例加倍嚴罰，李鴻章亦援西例與爭。議久不決。
是秋，日本派使臣帶兵船往朝鮮攻毀砲台，以朝鮮砲擊日船，特遣森有禮為駐華公使，要求總署發給護照，派人前往，又欲代遞文信。總署堅拒。李鴻章謂宜由總署致書朝鮮政府，勸其以禮接待，或更遣使赴日本報聘，辨明開砲轟船原委，以釋疑怨，為息事寧人之計。總署即派辦理大臣往問朝鮮政府。朝鮮政府頗不原與日本通商往來，而日使森有禮往謁李鴻章，則以高麗非中國屬邦為詞。因提出條件三：一，高麗以後接待日本使臣；一，日本或有被風船隻，代為照料；一，商船測量海礁，不要計較。鴻章答以高麗系中國屬國。事既顯違條約，中國豈能不問，森使急求與高麗通好，鴻章請徐之。
二年八月，始命直隷候補道許鈐身出使日本，擬設理事、副理事各員。日使森有禮詣李鴻章，謂中國商民向由日本地方官管理。中國若派領事官前往，恐日本不肯承認。鴻章答以同治十年修好條規第八條雲，兩國指定各口，彼此均可設理事官。茲照約選派理事，日本何能不認？日本自訂約後，在上海、廈門、天津設立領事，中國無不照約招待。彼此一例，何能稍有區別？森使乃不復言。
是年，日本屯兵琉球。福建巡撫丁日昌以琉球距台北鷄籠，水程不過千里，請統籌全局以防窺伺，報可。三年三月，日本因內亂，來借士乃得槍子百萬，政府以十萬應之。五月，琉球國王密遣陪臣賫咨赴閩，訴日本阻貢物。閩浙總督何璟等以聞，並出使日本大臣何如璋。如璋乃往日本外務寺島宗則商議，並照會其外務卿，延不答覆。五年正月，日人驅遣琉球官員之在日本者，令回琉球，並派內務大丞松田往琉球，廢琉球為郡縣，並令改用紀元。如璋函報總署，復親往見其內務卿伊藤博文及外務卿，皆不得要領。時有美前總統格蘭忒者，遊歷來華，又將有日本之行。鴻章因以琉球事相託，格蘭忒慨然以調處自任。及至日本，以琉球各島本分三部，商擬將中部歸球立君復國，中、東兩國各設領事保護，其南部近台灣，為中國屬地，割隷中國，北部近薩摩島，為日本屬地，割隷日本，冀可息事。而日本總稱琉球為己屬國，改球為縣，系其內政。格蘭忒請另派大員會商。李鴻章因達總署，請照會日本外務省，請其另派大員來華會商。而日本則欲中國另派大員前往東京，或如光緒二年在煙台會議。李鴻章執不許。
會俄因廢約事，與中國肇釁。詹事府左庶子張之洞奏：「俄人恃日本為後路，宜速聯絡日本。所議商務，可允者早允，但得彼國兩不相助，俄事自沮。」政府得奏，因徇日使戶璣之請，以南部宮古、八重山二島歸中國，而加入內地通商照各國利益均霑之條。戶璣又以本國現與西洋各國商議增加關稅、管轄商民兩事，美國已允，請一併加入條約。總署以日本既與各國商議，俟日本與各國訂定後，再彼此酌議，暫不併加入約。已定議矣，而右庶子陳寶琛以俄事垂定，球案不宜遽結，日約不可輕許上言。兩江總督劉坤一、出使日本大臣黎庶昌、內閣學士黃體芳各有建議，皆不果行。八年十二月，李鴻章復與總署議球案，欲就前議中國封貢議結，仍不決。
十年九月，日本公使榎本武揚請於登州、牛莊二口運豆餅。政府以非條約所有。李鴻章謂：「同治元年總署徇英使之請，暫弛豆禁，而已開竟難禁止。同治八年，滬上洋商僱用輪船徑從牛莊裝豆運往長崎，當經總署飭總稅司查禁議罰，不果。以後豆石漸多流入東洋，旋值中、日訂約，其時豆禁開已十年。日使援例為請，但允以通商別口買運，至登、牛兩處，仍堅持不許。榎使所請，僅豆餅一項。中日通商章程載明年限屆滿，兩國方可會商酌改。今尚未訂改期，若婉辭以緩，至重修商辦，似無不可。如仍嘵瀆，應予通融，聲明原約其餘各款照舊信守，庶於覊縻之中，仍寓限制之義。」
會朝鮮亂，日本進兵，以保護使館為名，又以中國兵槍傷日本兵為口實，十一年正月，派參議伊藤博文為全權大臣，來華議事，並遞國書，進謁李鴻章。初日本敕書內有「議辦前日案件，妥商善後方法」之語，李鴻章以為隱括朝案宗旨。伊藤開議要求三事：一，撤回華軍；二，議處統將；三，償恤難民。鴻章以撤兵一節尚可商議，議處統將、償恤難民，力爭不許。函致總署，謂議處、償血卩兩層，縱不能悉如所請，須求酌允其一。但我軍入宮保護，名正言順，交戰亦非得已，斷無再加懲處之理。伊藤強請三事皆允，鴻章只允撤兵，並要同撤，伊藤亦允。吳大澂擬四條，送交伊藤：一，一同撤兵；二，練兵各營，須有中國教習武弁若幹人，定立年限，年滿再行撤回；三，以後朝鮮與日本商民爭端，日本派員查辦，不得帶兵，中國亦然；四，朝鮮如有內亂，朝王若請中國派兵，自與日本無涉，事定亦即撤兵，不再留防。伊藤不以為然，自出所擬條款：一，議定將來中、日兩國永不派兵駐朝；二，前約款仍與中、日兩國戰時之權無幹，若他國與朝鮮或有戰爭，或朝鮮有叛亂，亦不在前條之例；三，將來在朝鮮如有中、日兩國交涉，或一國與朝鮮交涉，兩國各派員商辦；四，朝鮮教練兵士，宜由朝鮮選他國武弁一員或數員教練；五，兩國駐朝兵，於畫押蓋印後四個月限盡撤。鴻章以伊藤所擬五條，意在將來彼此永不派兵駐朝，辨駮不允。旋奉旨：「撤兵可允，永不派兵不可允；至教練兵士一節，亦須言定兩國均不派員為要。」鴻章奉旨後，與伊藤會議，因議將前五條改為三條：一，議定兩國撤兵日期；二，中、日均勿派員在朝教練；三，朝鮮若有變亂重大事件，兩國或一國要派兵，應先互行文知照。遂定議，而於議處、償恤仍不許。惟因當時日兵實被我軍擊敗傷亡，鴻章因牒日本致惋惜，並自行文戒飭官兵，以明出自己意，與國家不相幹涉。三月初四日，立約畫押，是為中日天津會議專條。
十二年五月，日本公使鹽田議修約，李鴻章以為宜緩，因致總署，謂：「日廷現與歐、美各國改約，應俟彼商定後，我再與議，庶可將西國所訂各款參酌辦理。又球案亦當並商妥結，免致彼此久存芥蒂。請總署酌奪。」旋因長崎兵捕互鬥案出，暫置未議，而琉球遂屬於日，不覆議及矣。
十三年正月，鹽田因崎案已結，請催修約，總署仍令李鴻章核覆。鴻章謂：「原約分修好條規、通商章程為二。條規首段聲明彼此信守，歷久弗渝。通商章程第三十二款則聲明現定章程十年重修。 是章程可會商酌改，條規並無可改之說。至通商章程，大致本與西約無甚懸殊。惟第十四、五款，不准日人運洋貨入內地、赴內地買土貨，為最要關鍵。當時伊藤與柳原前光為此兩款力爭，鴻章堅持不改。今日稿第一款內，一曰遵守彼國通商章程，再曰遵守清國與各與國所締通商章程，固寓一體均霑之意，實欲將十四、五款刪除，關係甚大，請緩議。」時日本伊藤博文新秉政，仍欲中國派全權商議，卒不果。
