5再度入主白宮
1865年
3月
4日中午時分，在國會大廈前舉行了林肯總統第二次就職典禮。天空下着蒙蒙細雨，大街颳起了陣陣寒風。隨後細雨停止，人群湧入國會大廈的門廊。
在洶湧的人海中爆發出經久不息的雷鳴般歡呼聲中，總統同應邀出席的各界知名人士一道登上了講台。接着亞伯拉罕·林肯走到前列，宣讀第二次總統就職演說，全場頓時鴉雀無聲，人人凝神傾聽在這一莊嚴時刻所發表的具有歷史意義的演說：“
4年前我就任總統時，人人憂心忡忡，內戰迫在眉睫……一方寧願開戰也不肯讓國家生存下去，另一方則寧可應戰也不願聽任國家毀滅。
戰爭於是爆發。
“我國人口的
1/
8是黑奴，他們並非遍佈整個聯邦，而是集中于南方。這些奴隷形成了特殊的重大利益。大家知道，這種利益可以說是這場戰爭的導因。反叛分子的目的是要加強、永保和擴大這一利益，他們為此不惜以戰爭來割裂聯邦，而政府則只要求有權制止他們地盤的擴大……如果上帝的旨意是要讓戰爭繼續下去，直到把
250年來奴隷無償勞動所積聚的財富化為烏有，直到用鞭子抽出來的每一滴血都要用利刃砍出來的另一滴血來償還，那麼
3000年前人們說過的一句話，我們就必須重複一遍：『上帝的裁判總是公道正確的』。
「我們對任何人都不懷惡意，對一切人都持寬容態度；堅持正義，因為上帝使我們懂得正義。讓我們繼續努力完成我們目前正在進行的事業，包紮好國家的傷口，關懷肩負戰爭重擔的人和他們的孤兒寡母，努力實現並維護我們相互之間、我國與各國之間的公正、持久的和平。」
當林肯唸到最後一段時，許多人眼裡噙着淚水，望着林肯把他的右手放在攤開的《聖經》一頁上，跟着首席法官蔡斯覆誦就職誓詞。
林肯在非常時期所作的連任總統就職演說具有劃時代的意義：它既是復仇的怒吼，又是福音的祈禱；既是繼續戰斗的號角，又是娓娓動聽的說教——仁智互見，各取所好。
在行使總統任免權的四年零一個月裡，林肯肩負着極其浩繁的工作：為了建立一個絶對忠誠于聯邦政府的領導班子，他撤換了
1457人，約占其官員總額
1639人的
88.
9％；接受兩名內閣成員的辭職，多方物色①適當人選，最後任命休·麥卡洛克 接替費森登的遺缺，提名衣阿華州國會參議員詹姆斯·哈倫接替約翰·帕爾默·厄謝爾出任內政部長；此外，林肯還批准了數百份求職申請。
林肯在處理惟一倖存的長子參軍和比爾案件時表現了一位偉人的公正無私。
林肯及其夫人瑪麗·托德共生育四子，其中次子、三子和幼子均先後夭折，只剩下長子羅伯特·托德·林肯。這位哈佛大學畢業的年輕人志存高遠，渾厚天成，聰慧曠達，深得總統夫婦的喜愛。
早在
1863年
11月，羅伯特就矢志參軍，林肯夫人為此感到驚惶不安。她對總統憂心忡忡地說道：「林肯先生，我當然明白羅伯特要求參 ① 休·麥卡洛克
1808—1895，緬因州人，
1865年
3月接替費森登出任林肯政府的第三任財政部長。軍是一種勇敢高尚的舉動，我也願意他去。唉！我可是害怕極了，擔心他也許永遠回不到我們身邊了！」林肯當即勸慰自己的妻子，說道：「瑪麗，多少可憐的母親都忍痛作出了這種犧牲，送走了她們的每一個兒子，而且永遠地失去了他們。」
在與夫人取得一致看法之後，林肯于
1865年
1月
19日致函格蘭特說：「請你別把我當成總統而只視為朋友來閲讀本函並賜覆。我的孩子今年
22歲，畢業于哈佛大學，他希望在戰事結束之前增長自己的軍事知識。我並不希望他正式當兵，也不希望他做軍官，那些在部隊服役長久的軍人比他更有權利，也更有資格獲得軍官的職銜。」格蘭特函覆表示歡迎羅伯特「按照你建議的方式加入到我軍的大家庭中來」。
總統回信說，他同意這樣做，只提了個條件，即他的兒子應該當一名不領軍餉或津貼的志願隨從副官。格蘭特對此不以為然，認為按照規定任命這個年輕人當軍官，使他與其他人享受同等待遇，是他應得的權利。
最後，羅伯特·托德·林肯被任命為上尉副官處副處長，並于
2月
23日被派赴陸軍總司令的參謀部工作。他始終樂於苦練成才，對分配給他的任何艱苦工作從不挑剔，也從不因為自己是總統的兒子而自命不凡，傲視同僚或搞特殊化。
在任職期間，林肯總統克己為公，自奉菲薄。總統年薪
2.
5萬美元，由財政部扣除年所得稅
1279.
13美元後，按月開支票支付。這是林肯的一筆固定收入，他用這筆錢買了價值
7.
5多美元的公債，其中
5萬多美元是「年息
6厘，到期以硬通貨償付的記名公債」。
1865年
2月
24日，同盟軍上尉約翰·耶·比爾被判處絞刑。
林肯當着西華德等閣員的面，對伊利諾州國會眾議員布羅姆韋爾道出了他內心的苦惱。他說道：「四年來，我處理過的人命案件，比所有前任所處理的此類案件的總和還要多。誰都不瞭解我內心的苦惱。大湖區的比爾案件就是一例。
他們用盡一切方法來祈求我，跟我糾纏不已，而我則必須表現堅定不移。當他的姐姐來找我求情饒他不死時，我不得不把她趕走。我沒有改變原來的決定，他也就被處決了。我至今都擺脫不了我內心的煩惱。」
