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看來，達爾文對本能的發展這一問題特別感興趣。《概要》表明，關於這個問題他已經蒐集了數量驚人的材料，在自然界中的大量觀察以及獵人和畜牧學家實踐中的大量實例。不過他在這裡有意識地把自己的任務侷限于：他不是過多地立意要弄清楚本能的起源，只是想說明複雜本能是從簡單的本能逐漸發展而來的。他認為，複雜的本能第一能夠由成為逐漸遺傳下來的習慣形成，第二能夠由本能的天生變化所形成，而不受任何習慣的影響。
他接着對人工選擇和自然選擇的比較做了總結。
他在這裡說道：「如果承認野生動物有時會發生變異的話，那麼當我們看到人們為了不同的目的而得到的成千上萬種的生物也在發生變異時，對此又怎能表示懷疑呢？如果承認，這樣的變異有成為遺傳的趨勢，而我們只要想起容貌和神情的相似之處——繼承下來的疾病：畸形和形成的無數種族
白菜有1200種之多，我們對此又怎能表示懷疑呢？我們假定，選擇是不斷進行的，而在注意到食物的用量是固定不變的平均數，注意到生殖力卻是以幾何級數在進行着時，有誰會懷疑呢？我們假定，外部條件是在變化着的，如同所有的生物學家所斷言的那樣，這些條件過去發生過變化，而且現在在繼續發生變化，那麼，如果自然界的任何規律都不加以阻礙，有時就可形成不同於親體的種族……”達爾文在這裡又一次提醒人們注意到最近幾年在培育品種方面所取得的成績，並做出結論，人可以無止境地對品種加以改變。他繼續說：“因此，在比人要聰明得多的這一自然界的選擇力下，那些最有適應性的種族根據它們對外界自然以及對周圍其他生物的要求會成為另一些物種。」
8物種起源的證據根據擬定的提綱，下面他應該議論物種起源的各種證據。在《概要》中，他是從討論地質上的證據開始的；一些人讚成他的學說，另一些人反對他的學說。在《概要》中，他是從談這樣的想法開始的：組成生物的地質學上的系列所根據的那一大綱，換句話說，即在一系列的地質時期裡實現一些生物代替另一些生物所根據的那一大綱，與一切生物假如真的起源於共同的祖先才會有的那個大綱是異常相似的。因此，在這裡堅持單獨的始終如一的創造行動，也就等於每個星球的運行都是事先單獨規定好的，而不是應該遵循普遍的萬有引力定律。
他後來也談到一些困難。根據理論，新物種的出現在時間上應當是非常緩慢的。地質上的事實卻說是突然的出現。但是產生這種現象的原因只是由於地質年鑒不完全。
而絶滅的類型本身不是屬於現代的某些綱，而是介乎綱與綱之間的東西，這與理論是完全一致的。
達爾文正是在這個時候孜孜不倦地撰寫自己的地質論文，其中大陸的升降問題就具有這種作用。他把自己的考察和有關這些考察過程的想法，同地質年鑒不完全的思想作了比較。而且他在自己的《概要》中說明，這種不完全是由於雖然在海底升高的情況下，大陸空間的增加會加劇物種形成的過程，但是大量的浸蝕不能使遺蹟保留；而陸地的下沉雖然對保存沉積層有好處，但同時又會使陸地面積縮小和消失，使這些陸地上的生物絶滅。同理論的各種矛盾，例如化石之間沒有過渡，突然表現出來的類型的出現和消失，缺乏志留紀前的化石等等，達爾文都用地質年鑒不完全做了滿意的解釋。
他在這裡採用了賴爾首先使用過的比喻法，賴爾曾把學者們所能得到的地質材料同記錄的地球史相比較，但記錄很不完全，它是用各種語言記錄的，而且我們得到的這部歷史僅僅是最後一卷，它只涉及兩三個國家，而且其中只剩下零散的幾章，每一頁只保留幾行文字。達爾文根據這一點，在《概要》中得出了以下結論：「如果地質學向我們提供的只是由撕下來的一疊疊書頁組成的幾章中的幾頁，而每一頁又只是用當時一小部分生物插圖加以說明的話，那麼事實同我的理論是完全一致的。」他接着證明，物種的絶滅不是秘密的過程，而是非常自然的，就像生物死亡一樣，在任何一個物種消失以後，它總是越來越少，可以根據第三紀的類型看到這一點。
達爾文接着談了有關進化的地理證據。他確定了在各動物地理區域的哺乳動物群中差別的程度，說明這些差別不是由於生存的條件，而是由於障礙物產生的。他提出了山頂上的植物群和動物群的起源和它們的變化取決於大陸的升降。他在這裡簡單地分析了島上的動物群和它們的起源。
達爾文在專門談分類的這一章中指出，所有的分類學家總是力求達到「自然的」體系。他們並未確定這個自然體系是什麼，但很快就感覺到，他們是怎樣表明他們所使用過的「種屬關係」或「相近性」這些術語的。這裡最值得注意的是，從創造活動的觀點本當有的那樣，不是用體系的標準來選擇那種確定組織「目的」和適應生存條件的器官。相反，適應的特徵認為是更容易發生變異的，而且不能利用這些特徵來形成種屬。
