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這使負責管理船的清潔和美觀的韋爾姆上尉大為不滿。他氣惱地對達爾文說，如果我是艦長的話，那我早就把你和你那堆使人討厭的「垃圾」一起扔到海裡去了，因為只有博物學家，才會把這些玩藝兒看作寶貝，用心觀察、分析和研究。達爾文花了一整天來清理自己的捕獲物。他在船裡把這些動物製成標本，並用文字記錄下來。
他實在痛極了，只能一面寫，一面用左手使勁按着自己的胃部。
「達爾文先生，艦長請您到甲板上去！」一個水兵進來通報說。
達爾文頭暈得厲害，只能搖搖晃晃地掙扎着爬上去。
「這是什麼灰塵？」艦長掌心裡握著一把灰塵，問達爾文道。
「熔岩灰。”達爾文看了看後肯定地回答。接着，他反問艦長道：「哪裡來的？」“是強烈的西南風把它吹上桅杆的。」
「噢，一定是南美洲吹來的，」達爾文頓了一頓，堅定地說「讓我上去再取一些來。」說著，他攀住檐桿向上就爬。
艦長急得滿頭大汗。在大海裡，爬上桅杆是極危險的事，何況達爾文初次出海，還在暈船呢！他馬上向站在身邊的韋爾姆下達命令：「你也爬上去，保護他！」達爾文以驚人的毅力，爬到桅頂，把沾在風向旗旗布上的熔岩灰，抓了一大把下來，直往他的工作室跑去。
當艦長走進達爾文工作室的時候，只見他正在用顯微鏡仔細觀察熔岩灰，嘴裡不住地說道：「你來看啊，有許多小動物呢！是南美洲吹來的……」他的一隻手還在緊緊地按住胃部。
暈船的折磨持續了整整一周，當他們經過馬德拉群島時，達爾文甚至不能登上甲板去看一眼這個群島。在暈船暈得厲害的時候，達爾文要麼躺在吊床上，閲讀洪保德和其他旅行家描寫熱帶自然風光的書；要麼躺在艦長室的沙發上，同費茨羅伊談話，以此來轉移注意力。
只是到
3月
5日，當「比格爾」號駛近特內裡費島時，大海和天氣才起了明顯的變化，「比格爾」號艦向聖克魯斯鎮駛去，這個鎮的許多白色小屋子在火山岩的映襯下顯現出來。達爾文觀察了這時在濃雲上空顯露出來的白色山巔，他以為，飽賞洪保德引人入勝地描述在攀登山峰時所見的美景的夙願就要實現了。突然，從聖克魯斯駛來一隻小船，從它的上邊一位執政官登上了「比格爾」號的甲板，他宣佈，現在歐洲有霍亂，「比格爾」號必須進行
12天隔離，在此之前，任何人都不准上岸。
聽到這個意外的消息後，全船的人無不沮喪。因為要無所事事地度過
12天，這不合費茨羅伊艦長的性格，他馬上下令張帆，向佛得角群島駛去。
這使達爾文大失所望。就是到了第二天，達爾文還以戀戀不捨的目光送別他極其嚮往的目標——那久久還歷歷在目的特內裡費峰。它那被初升的陽光照耀着的那被羽狀雲朵遮蓋住的大圓錐體。不過使他快慰的是，天氣變得晴和了，熱帶的夜晚美麗無比，暈船之苦也沒有再來纏繞他了。
3賴爾和《地質學原理》到美洲去剩下的旅程，是在風平浪靜的海面上渡過的。關懷備至的亨斯羅，曾建議達爾文在旅行中帶上當時剛剛出版的賴爾的《地質學原理》第一卷。亨斯羅說：「您一定要讀一讀這本書，因為它很有趣味，但除了事實以外，其餘的可不必注意，至於理論，那是極其荒謬的。」l月
7日和
8日，達爾文安靜地打開這本書讀了起來。
賴爾的這本書，對當時在地質學上占統治地位的災變論者的觀點，進行了最有力的駁斥。災變理論與聖經是一致的，而對災變理論的駁斥，則成了科學與宗教傳說以及神話作鬥爭的一個階段。
賴爾在他的《地質學原理》第一卷中首先證明，由於大陸和海洋的輪廓發生了變化，氣候也要發生緩慢的、但又是巨大的變化。其次，在弄清了河流、噴泉以及三角洲、湖泊和江灣的漲潮及退潮的破壞作用和建設作用之後，他指出，古代沉積物同現代沉積物具有相同的性質。因此，不需要瞭解沉積物具有什麼樣的力量。第三，他對維蘇威和埃特納這類火山錐體進行考察後證明說，這些火山錐體是無數次火山噴溢的結果，它們是由流出的熔岩層、噴出的火山灰和熔渣堆積成的，那些較古老的火山口也是以這種方式形成的，即使在過去，火山所起的作用也和現在相類似。
第四，他表明，在海洋沉積物和淡水沉積物中，在火山灰和風吹來的沙子中，即使現在埋藏着一些有機沉積物的話，那也不能認為所有的化石都是在發生某些災變時被毀滅的。第五，他把造山作用看作是地面緩慢的長期震動，這種過程即使是現在我們也可以在斯堪的納維亞半島觀察到。這就是達爾文在旅行開始時所閲讀的那本書的內容。
4不能忘記的一天
1月
16日，「比格爾”號在佛得角群島的聖地亞哥島停留下來。從海面上望去，該島的四周呈現出一片荒涼。達爾文擔心自己會對洪保德所描述的、他曾經為之讚歎不已的熱帶風光感到失望。這時，水兵們都考察海水的流向去了。
達爾文和費茨羅伊派給他的助手背起背包，手拿地質錘，準備爬到山上去收集岩石標本。他們一上岸，走進長有羅望子、芭蕉樹和棕櫚樹的河谷時，就聽到了不熟識的鳥兒在啼鳴，看到了新奇的昆蟲圍繞着新開的花朵在飛舞。頓時，他感到這是對自己所經受的一切艱難和折磨最好的補償。他在日記中寫道：“這一天對我來說是永遠不能忘懷的。
我就像一個瞎子重見光明一樣。我為我所見到的東西而傾倒，我對自己的印象無法準確地理清。」
