將士們激動不已，歡呼聲四起。
維也納之路殺通了，敵人倉皇逃竄。拿破崙進了被炮兵摧毀的首都維也納。並在市中心西南
3英里的肖恩布魯恩宮建立了大本營。這也是拿破崙在
4年之內第二次佔領奧地利首都。
此時奧皇已逃往波希米亞，查理大公的軍隊也在多瑙河北岸隱藏起來。拿破崙想一勞永逸地粉碎奧地利的軍事力量，便不顧危險，貿然架橋渡河作戰。
5月
20日拂曉，法軍一個師渡過多瑙河進入洛鮑島，
21日至
22日與奧軍發生激戰，法軍損失慘重，傷亡達
4.
4萬人，而奧軍只傷亡
2.
3萬人。這次戰役，是拿破崙遭受過的第一次真正的失敗，此外，這次戰役還使他的一個英勇善戰的元帥拉納犧牲了。
不過，拿破崙在洛鮑島仍未退縮。他繼續集結部隊，一個多月後又完成了進攻部署。
7月
4日晚，風雨交加，電閃雷鳴，暴風雨分散了奧軍的注意力，加上查理大公的主力在北邊七英里遠的地方守候他們，使拿破崙在一夜之間，指揮
15萬人馬渡過了歐洲的這條最大的河流。過河後法軍擊退了奧軍前衛並向左實施大規模的迂迴運動戰。
在維也納和普雷斯堡之間的多瑙河北岸，綿亙着一塊東西長
40英里，南北長
20英里叫馬爾赫費爾德的肥沃平原，其北部與摩拉維亞山地相連。馬爾赫河和多瑙河左岸的一些支流從平原流過。在這些較大的支流中，有一條叫魯斯巴哈河。查理大公的左翼部隊已沿該河左岸多伊茨—瓦格拉姆和馬爾格拉夫—新錫德爾之間長約
4英里的地段掘壕據守，該部隊包括羅森貝格、霍享佐倫和貝爾加德
3個軍。
查理大公的右翼在多伊茨—瓦格拉姆處與其左翼結集，該翼先向西，逐漸折往西南，經阿德克拉村、蘇森布倫村、佈雷滕利村至阿斯佩恩村，構成一條長達
8英里以多瑙河為依託的弧形防線。這一翼由克里勞軍、柯羅華特軍和列支敦士登親王的部隊據守。
7月
5日拂曉時，天卻開始放晴並轉熱了。法軍在下午
3時完成了扇形接敵運動並抵近奧軍佈防的凹面弧形陣地。但查理大公此時卻不急於交戰，因為參戰各軍尚未完全展開，其弟約翰的部隊也相距甚遠，援軍到達後即可構成合圍。本來查理大公如果在拂曉時乘法軍半渡之際發起攻擊，他可能已將法軍徹底殲滅。
但此時他已錯過了時機。
馬塞納軍的
4個師在阿斯佩恩和阿德克拉之間構成整個法軍的左翼，從一開始他就與克里勞軍在阿斯佩恩附近展開了激戰。下午
6時，拿破崙將自己的近衛軍和重騎兵預備隊集中到拉斯多夫附近。經過陣前偵察，他決定攻擊奧軍在水深流濁的魯斯巴哈河一綫的左段。這次攻擊由達武和烏迪諾從正面發起，但部隊傷亡慘重。
由於夜幕降臨，拿破崙命令停止戰鬥，打算次日繼續進攻。
7月
6日清晨，查理大公竟率先發動進攻，使拿破崙大吃一驚。馬塞納的
4個師在阿德克拉和阿斯佩恩之間長達
7英里的正面戰場上，被迫抵禦奧軍主力克里勞軍和柯羅華特軍的衝擊。右邊的薩克森軍再次被擊潰，左邊的布爾代師則被攆出阿斯佩恩村，火炮全部損失。形勢十分危急。
如果奧軍沿多瑙河岸推進，法軍就會被切斷退路。面臨着這種危險，拿破崙只有兩種選擇：將預備隊調過河來支援受威脅的左翼；二是對奧軍的中路和左翼實施反擊。第一種方案的困難在於距離太長，調動複雜，拿破崙遂決定打擊瓦格拉姆，因為這是奧軍左右翼的接合部和中心要點。
拿破崙命令馬塞納不惜一切代價守住左翼，然後命洛裡斯托納和德魯奧把近衛軍的
60門火炮投入戰鬥，炮轟瓦格拉姆和阿德克拉之間的奧軍中心。經過長時間的炮轟之後，貝西埃爾率領重騎兵師向業已動搖的奧軍步兵衝去。接着，麥克唐納所率歐仁的
20營步兵以及隨後跟進的馬爾蒙和弗雷德的部隊相繼突破了奧軍中部。同時，右翼的達武在馬爾格拉夫——新錫德爾以南渡過魯斯巴哈河，席捲整個奧軍左翼之後也向瓦爾格拉姆合圍。
戰斗十分激烈，奧軍進行了頑強的抵抗。但是，當查理大公在下午
4時獲悉弟弟約翰的部隊離戰場還有
10英里遠時，他這才意識到其圍殲法軍的計劃已告失敗，便命令部隊脫離戰鬥撤往摩拉維亞山區。
撤退時奧軍井然有序，僅撇下重傷員和一些被打壞的火炮，法軍精疲力竭無力追擊，拿破崙已經把所有預備隊都用光了。在近程炮戰中雙方都投入了
400門以上的大炮，因此傷亡慘重。法軍傷亡可能高達
3萬餘人，奧軍也可能有
2.
6萬人。對於拿破崙而言，瓦格拉姆之戰雖不像弗裡德蘭之戰和奧斯特裡茨之戰那樣可稱之為壓倒性的勝利，但結果證明它同樣是決定性的。
查理大公的軍隊在夜間以數路縱隊向北撤退。法軍于次日才不緊不慢地追擊。
7月
10日，馬塞納在茲諾伊莫追上奧軍後衛，兩軍交戰，馬塞納取勝。此後，奧皇感到自己的軍隊不能再承受更大損失，遂於
11日派列支敦士登親王向拿破崙請求休戰，拿破崙欣然同意。
他遠離法國本土，況且從西班牙傳來的消息也不容樂觀。戰爭行動雖已告終，但雙方經過了
3個月的艱苦談判，才于
10月
4日在肖恩布魯恩宮簽訂了和平條約。
2抉擇第二次婚姻瓦格拉姆之戰，使拿破崙再次征服了奧地利。當和約簽訂期間，拿破崙曾在肖恩布魯恩住了
3個月。此間，几乎每天都有閲兵式或分隊式。
