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其不在學堂系統內者，曰譯學館，曰進士館。先是同文館併入大學堂，設英、法、俄、德、日本五國語文專科，後由大學分出，名譯學館。仍設英、法、俄、德、日本文各一科，無論習何國文，皆須習普通及專門學。普通科目：人倫道德、中國文學、歷史、地理、算學、博物、物理及化學、圖畫、體操。專門科目：交涉、理財、教育。五年畢業。進士館令新進士用翰林部屬、中書者，入館肄業，講求實用之學。課目：史學、地理、教育、法學、理財、交涉、兵政、農政、工政、商政、格致。得選習農、工、商、兵之一科或兩科。西文、東文、算學、體操為隨意科。三年畢業。
各學堂管理通則之規定，與舊章大體相同。月朔，監督、教員集諸生禮堂，宣讀聖諭廣訓一條。皇太後、皇上萬壽節，至聖先師孔子誕日，春、秋上丁釋奠，為慶祝日。堂中各員率學生至萬歲牌前或聖人位前行三跪九叩禮。畢，各員西鄉立，學生向各員行三揖禮，退。開學、散學或畢業，率學生至萬歲牌前、聖人位前行禮如儀。學生向監督、教員行一跪三叩禮。監督等施訓語，乃散。月朔，率學生至聖人位前行禮如儀。每日講堂授課，多者不得過六小時。房、虛、星、昴日為休息例假，慶祝日、端午、中秋節各放假一日。每年以正月二十日開學，至小暑節散學，為第一學期。立秋後六日開學，至十二月十五日散學，為第二學期。學生賞罰，由教員、監學摘出，監督核定。賞分三種：曰語言獎勵，曰名譽獎勵，曰實物獎勵。罰分三種：曰記過，曰禁假，曰出堂。學生以端飭品行為第一要義，監督、監學及教員隨時稽察，詳定分數，與科學分數合算。
學堂考試分五種：曰臨時考試，曰學期考試，曰年終考試，曰畢業考試，曰升學考試。臨時試無定期，學期、年終、畢業考試分數與平日分數平均計算。年考及格者升一級，不及格者留原級補習，下屆再試，仍不及格者退學。評定分數，以百分為滿格，八十分以上為最優等，六十分以上為優等，四十分以上為中等，二十分以上為下等，謂之及格，二十分以下為最下等，應出學。
畢業考試最重，視學堂程度，由所在地方官長會同監督、教員親蒞之，照鄉會試例。高等學畢業，簡放主考，會同督、撫、學政考試。大學分科畢業，簡放總裁，會同學務大臣考試。分內、外二場：外場試，就學堂舉行。擇各科講義精要一二條摘問，令諸生答述。內場試，擇地扃試。分兩場：首場以中學發題，經、史各一，經用論，史用策。二場以西學發題，政、藝各一，西政用考，西藝用說。通儒院畢業，不派員考試，以平日研究所得各種著述，評定等第，進呈，候欽定。其獎勵章程，比照獎勵出洋遊學日本學生例，通儒院畢業，予以翰林升階，或分用較優京、外官。大學分科畢業，最優等作為進士出身，用翰林院編修、檢討。優等、中等均作為進士出身，分別用翰林院庶吉士、各部主事。大學選科，比照分科大學降等給獎。大學豫備科及各省高等學畢業，最優等作為舉人，以內閣中書、知州用。優等、中等均作為舉人，以中書科中書、部司務、知縣、通判用。中學畢業，分別獎以拔貢、優貢、歲貢。高等小學畢業，分別獎以廩、增、附生。初等小學屬義務教育，不給獎。優級師範畢業，最優等、優等、中等均作為舉人，分別以國子監博士、助教、學正用。初級師範畢業，分別獎以拔貢、優貢、歲貢，以教授、教諭、訓導用。高等實業學堂畢業，最優等、優等、中等均作為舉人，分別以知州、知縣、州同用。中等實業學堂畢業，獎勵視中學。奏定章程規定之概要如此。
三十一年，詔以各省學堂次第興辦，必須有總匯之區，以資董率而專責成。特設學部，命榮慶為尚書，熙瑛、嚴修為侍郎。裁國子監，歸併學部。明年，學部奏請宣示教育宗旨，略言：「今中國振興學務，宜注重普通教育，令全國之民無人不學。尤以明定宗旨，宣示天下，為握要之圖。中國政教所固有，亟宜發明以距異說者有二：曰忠君，曰尊孔。中國民質所最缺，亟宜箴砭以圖振起者有三：曰尚公，曰尚武，曰尚實。」上諭照所陳各節通飭遵行。尋奏定學部官制，於本部各司、科分掌教育行政事務外，設編譯圖書局、調查學制局、京師督學局。又擬設高等教育會議所，屬學部長官監督。其議員選派部員，及直轄學堂、各省中等以上學堂監督，暨京、外官紳，學識宏通，於教育素有經驗者充任。又擬設教育研究所，延聘精通教育之員，定期講演，以訓練本部員司焉。先是直督袁世凱奏陳學務未盡事宜，以裁撤學政為言。雲南學政吳魯奏請裁撤學政。至是學部會同政務處覆議，言：「各省教育行政及擴張興學之經費，督飭辦學之考成，與地方行政在在皆有關係。學政位分較尊，事權不屬，於督、撫為敵體，諸事不便於稟承，於地方為客官，一切不靈於呼應。且地方寥闊，官立、公立、私立學堂日新月盛，勢不能如歲、科試分棚調考之例。而循例按臨，更日不暇給。勞費供張，無裨實事。擬請裁撤學政，各省改設提學使司提學使一員，統轄全省學務，歸督、撫節制。於省會置學務公所，分曹隷事。選派官紳有學行者，別設學務議紳四人，延訪本省學望較崇之紳士充選。議長一人，學部慎選奏派。」從之。嗣是各省學務始有確定之執行機關矣。
勸學所之設，創始於直隷學務處。時嚴修任學務處督辦，提倡小學教育，設勸學所，為、州、縣行政機關。仿警察分區辦法，采日本地方教育行政及學校管理法，訂定章程，頗著成效。三十二年，學部奏定勸學所章程，通行全國，即修呈訂原章也。勸學所由地方官監督，設總董一員，以縣視學兼充，綜核各學區事務。區設勸學員一人，任一學區內勸學之責，以勸募學生多寡，定勸學員成績之優劣。其章程內推廣學務一條，規定辦法凡五：曰勸學，曰興學，曰籌款，曰開風氣，曰去阻力。又奏定各省教育會章程，省會設立者為總會，府、州、縣設立者為分會，以補助教育行政，與學務公所、勸學所相輔而行。皆普及教育切要之圖也。
學部設立後，於各項學堂章程多所更正。其要者，如改訂考試辦法，詳定師範獎勵義務，變通中、小學課程，中學分文科、實科之類，然大致不外修正科目，確定限制，其宏綱細目，不能出奏定章程之範圍。所增定者，則女學堂章程也。先是學部官制已將女學列入職掌。三十三年，奏定女子師範、女子小學章程，以裨補家計，有益家庭教育為要旨。師範科目：修身、教育、國文、歷史、地理、算學、格致、圖畫、家事、裁縫、手藝、音樂、體操。四年畢業。音樂得隨意學習。小學分兩等，高等科目：修身、國文、算術、中國歷史、地理、格致、圖畫、女紅、體操，得酌加音樂，為隨意科。初等科目：修身、國文、算術、女紅、體操，得酌加音樂、圖畫二隨意科。均四年畢業。其授業鐘點，較男子小學減少，與男子小學分別設立，不得混合。宣統三年。奏設中央教育會議，以討論教育應行改進事宜及推行方法。則根據學部原奏，擬設高等教育會議所之規定行之。此為第二期有系統之教育制度也。
