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京師大學堂分大學院、大學專門分科、大學豫備科。附設者，仕學、師範兩館。大學院主研究，不講授，不立課程。專門分科凡七：曰政治科，曰文學科，曰格致科，曰農業科，曰工藝科，曰商務科，曰醫術科。政治科分目二：政治，法律。文學科分目七：經學，史學，理學，諸子，掌故，詞章，外國語言文字。格致科分目六：天文，地質，高等算學，化學，物理，動植物。農業科分目四：農藝，農業化學，林學，獸醫。工藝科分目八：土木，機器，造船，造兵器，電氣，建築，應用化學，採礦冶金。商務科分目六：簿記，產業製造，商業語言，商法，商業史，商業地理。醫術科分目二：醫學，藥學。豫備科分政、藝兩科。政科課目：倫理，經學，諸子，詞章，算學，中外史，中外輿地，外國文，物理，名學，法學，理財，體操。藝科課目：倫理，中外史，外國文，算學，物理，化學，動植物，地質及礦產，圖畫，體操。為入專理某科便利計，得增減若幹科目。各三年卒業。仕學館課目：算學，博物，物理，外國文，輿地，史學，掌故，理財，交涉，法律，政治。師範館課目：倫理，經學，教育，習字，作文，算學，中外史，中外輿地，博物，物理，化學，外國文，圖畫，體操。
各省高等學堂為中學卒業之升途，又為入分科大學之豫備。分政、藝兩科。課程與大學豫科同。三年卒業。高等學外，得附設農、工、商、醫高等實業學堂，亦中學卒業生升入。教授用專科教員制，各任一門。中學堂，為高等小學卒業之升途，即為入高等學之豫備。課目：修身，讀經，算學，詞章，中外史，中外輿地，外國文，圖畫，博物，物理，化學，體操。四年卒業。中學外，得設中等農、工、商實業學堂，高小卒業生不原治普通學者入之。又附設師範學堂，課目視中學，惟酌減外國文，加教育學、教授法。得合兩班或三班，以兩三教員各任數科目，分教之。小學堂分高等、尋常二級。兒童自六歲起，受蒙學四年。十歲入尋常小學，修業三年。此七年定為義務教育。十三歲入高等小學，三年卒業。得附設簡易農、工、商實業學堂，尋常小學卒業者入之。尋常小學課目：修身、讀經、作文、習字、史學、輿地、算術、體操。高等小學課目，增讀古文辭、理科、圖畫，餘同尋常小學。教授採用級任制。正教習外，得置副教習。蒙學堂屬義務教育，府、、州、縣、城、鎮、鄉、集均應設立。凡義塾或家塾，應照蒙學課程，核實改辦。課目同尋常小學，惟作文易以字課。蒙學宗旨，在於改良私塾，故章程規定，頗注重教授法之改善，於兒童身心之體察，三致意焉。至學生出身獎勵，小學卒業，獎給附生；中學卒業，獎給貢生；高等學卒業，獎給舉人；大學分科卒業，獎給進士。各省師範卒業，照大學師範館例給獎。其大較也。欽定章程雖未臻完備，然已有系統之組織。頒佈未及二年，旋又廢止。
先是百熙招致海內名流，任大學堂各職。吳汝綸為總教習，赴日本參觀學校。適留日學生迭起風潮，諑謡繁興，黨爭日甚。二十九年正月，命榮慶會同百熙管理大學堂事宜。二人學術思想，既各不同，用人行政，意見尤多歧異。時鄂督張之洞入覲。之洞負海內重望，於川、晉、粵、鄂，曾創設書院及學堂。著勸學篇，傳誦一時；尤抱整飭學務之素志。閏五月，榮慶約同百熙奏請添派之洞會商學務，詔飭之洞會同管學大臣釐定一切學堂章程，期推行無弊。
十一月，百熙、榮慶、之洞會奏重訂學堂章程，言：「各省初辦學堂，難得深通教育理法之人。學生率取諸原業科舉之士，未經小學陶鎔而來，言論行為，不免軼於範圍之外。此次奉諭會商釐定，詳細推求，倍加審慎。博考外國各項學堂課程門目，參酌變通，擇其宜者用之，其於中國不相宜者缺之，科目名稱不可解者改之，過涉繁重者減之。無論何等學堂，均以忠孝為本，以中國經史之學為基，俾學生心術壹歸於純正。而後以西學瀹其智識，練其藝能，務期他日成材，各適實用。擬成初等小學、高等小學、中學、高等學各章程，大學附通儒院章程。原章有蒙學名目，所列實即外國初等小學之事。外國蒙養院，一名稚園，參酌其意，訂為蒙養院章程及家庭教育法。此原章所有，而增補其缺略者也。辦理學堂，首重師範。原訂師範館章程，系僅就京城情形試辦，尚屬簡略。另擬初級、優級師範學堂章程，並任用教員章程，京城師範館改照優級師範辦理。此外仕學館屬暫設，不在各學堂統系之內，原章應暫仍舊。譯學館即方言學堂；進士館系奉特旨，令新進士概入學堂肄業，課程與各學堂不同，並酌定章程課目。又國民生計，莫要於農、工、商實業，興辦實業學堂，有百益而無一弊，另擬初等、中等、高等農、工、商實業學堂章程，附實業補習普通學堂、藝徒學堂、實業教員講習所各章程。此原章未及，而別加編訂者也。又中國禮教政俗與各國不同，少年初學，胸無定識，哤雜浮囂，在所不免。規範不容不肅，稽察不容不嚴。特訂立規條，申明禁令，為學堂管理通則。並將設學宗旨、立法要義，總括發明，為學務綱要。果能按照現定章程認真舉辦，民智可開，國力可富，人才可成，不致別生流弊。至學生畢業考試，升級、入學考試及獎勵錄用之法，亦經詳定專章，伏候裁定。」
又奏：「奉旨興辦學堂，兩年有餘。至今各省未能多設者，經費難籌也。經費所以不能捐集者，科舉未停，天下士林謂朝廷之意並未專重學堂也。科舉不變通裁減，人情不免觀望，紳富孰肯籌捐？經費斷不能籌，學堂斷不能多。入學堂者，恃有科舉一途為退步，不肯專心鄉學，且不肯恪守學規。況科舉文字多剽竊，學堂功課務實修；科舉止憑一日之短長，學堂必盡累年之研究；科舉但取詞章，學堂並重行檢。彼此相衡，難易迥別。人情莫不避難就易，當此時勢阽危，除興學外，更無養才濟時之術。或慮停罷科舉，士人競談西學，而中學無人肯講。現擬章程，於中學尤為注重。凡中國向有之經學、史學、文學、理學，無不包舉靡遺。科舉所講習者，學堂無不優為；學堂所兼通者，科舉皆所未備。是取材於科舉，不如取材於學堂，彰彰明矣。或又慮學堂雖重積分法，分數定自教員，保無以愛憎而意為增損。不知功課優絀，當堂考驗。教員即欲違眾徇私，而公論可憑，萬難掩飾。臣等尚恐偶有此弊，故於中學考試，歸學政主持，督同道、府辦理。高等學畢業，請簡放主考，會同督、撫、學政考試。大學畢業，請簡放總裁，會同學務大臣考試。不專憑本學堂所定分數。凡科舉掄才之法，已括諸學堂獎勵之中，實將科舉、學堂合併為一。就事理論，必須科舉立時停罷，學堂辦法方有起色，經費方可設籌。惟此時各省學堂，未能遍設，已設學堂，辦理未盡合法，不欲遽議停罷科舉。然使一無舉動，天下未見朝廷有遞減以至停罷之明文，實不足風示海內士民，收振興學堂之效。請查照臣之洞會同袁世凱原奏分科遞減之法，明降諭旨，從下屆丙午科起，每科遞減中額三分之一。一面照現定各學堂章程，從師範入手，責成各省實力舉行，至第三屆壬子科應減盡時，尚有十年。計京、外開辦學堂，已逾十年以外，人才應已輩出。天下士心專注學堂，籌措經費必立見踴躍。人人爭自濯磨，相率入學堂，求實在有用之學，氣象一新，人才自奮。轉弱為強，實基於此。」詔悉如所請。是為頒佈奏定章程之期，時科舉未全廢止也。迨三十一年，世凱、之洞會奏：「科舉一日不停，士人有僥倖得第之心，以分其砥礪實修之志。民間相率觀望，私立學堂絶少。如再遲十年甫停科舉，學堂有遷延之勢，人才非急切可求。必須二十餘年後，始得多士之用。擬請宸衷獨斷，立罷科舉。飭下各省督、撫、學政，學堂未辦者，從速提倡；已辦者，極力擴充。學生之良莠，辦學人員之功過，認真考察，不得稍辭其責。」遂詔自丙午科始，停止各省鄉、會試及歲、科試。尋諭各省學政專司考校學堂事務。於是沿襲千餘年之科舉制度，根本劃除。嗣後學校日漸推廣，學術思想因之變遷，此其大關鍵也。
