五十九年春正月庚寅，免直隷、山東、河南逋賦十分之三。庚戌，管幹貞病免，命書麟兼署漕運總督。乙卯，恆秀以侵帑褫職，調寶琳為吉林將軍，松筠署之。戊午，安置安南內附人黎維治於江南。
二月庚申，以明年元旦上元值日月食，諭修省，毋舉行慶典。癸亥，廓爾喀遣使進表貢。丁亥，增造廣東水師戰船。
三月己醜，恆秀論絞。庚子，上巡幸天津，免經過地方及天津府屬額賦十分之三，免天津府屬逋賦，免大興等十三州縣逋賦十分之四。壬子，上駐蹕天津府。
夏四月壬戌，常雩，命皇八子儀郡王永璿代行禮。癸亥，上還京師。丁醜，上詣黑龍潭祈雨。
五月丙申，京師雨。甲辰，郭世勛病免，調硃珪為廣東巡撫，陳用敷為安徽巡撫。丙午，以直隷保定等八十三州縣旱，命賞給一月口糧。減奉天商販豆麥等項經過直隷、山東關津稅。辛亥，上幸避暑山莊，免經過地方錢糧有差。
六月丙辰朔，以山東歷城山莊等五十一州縣旱，給貧民一月口糧，除山東臨清州水沖地畝田賦。丁巳，上駐蹕避暑山莊。庚午，設唐古忒西南外番布魯克巴、哲孟雄、作木朗、洛敏湯、廓爾喀各交界鄂博。
秋七月戊子，永定河決。庚寅，河南丹、沁二河決。辛卯，賑山西平定等處水災。己亥，賑山東臨清等州縣水災。辛醜，賑直隷天津等處水災。癸卯，河南豐北曲家莊河決。甲辰，書麟以徇隱鹽政巴寧阿交結商人褫職，調富綱為兩江總督，命蘇淩阿署之。調福康安為雲貴總督。以和琳為四川總督，孫士毅署之。以駐藏辦事松筠為工部尚書。乙巳，命馮光熊署雲貴總督。大學士嵇璜卒，召孫士毅入閣辦事。癸醜，停本年及明年木蘭行圍。免直隷保定等府屬、河南★輝等府屬、山東臨清等五州縣、山西代州等三州縣被水額賦。
八月丁巳，以直隷天津、河間二府水災重，免因災緩徵額賦。戊午，永定河南工決口合龍。己巳，以明歲禦宇屆六十年，普免各省漕糧一次。甲戌，上回蹕。調福寧為河南巡撫，穆和藺為山東巡撫，江蘭護之。福康安奏四川大寧教匪謝添秀等傳習邪教，蔓延陝西、湖北、河南，諭嚴為捕治。丁醜，免直隷通州等二十三州縣逋賦。甲申，畢沅降山東巡撫，罰繳湖廣總督養廉五年。以福寧為湖廣總督，穆和藺留為河南巡撫。
九月己醜，賑湖北沔陽等州縣水災。丙申，以秀林為吉林將軍。己亥，賑福建漳、泉二府水災。減直隷遵化內務府官地租。命福寧駐襄陽，督緝邪教案犯。辛醜，以校正石經，加彭元瑞太子少保銜。癸卯，賑廣東高要等縣水災。以湖北來鳳縣教匪段漢榮等糾眾拒捕，諭責畢沅廢弛。戊申，免齊齊哈爾等三城水災逋賦。
冬十月丙辰，免河南汲縣等九縣、山東臨清等十州縣逋賦。壬戌，勒保奏獲邪教首犯劉松。命安徽嚴緝其徒劉之協。癸亥，荷蘭入貢。乙醜，免福建漳州府屬四州縣本年水災額賦。戊辰，命將科布多威豁爾等七卡移駐原處北界，餘地賞杜爾伯特汗瑪克素爾劄布等遊牧。己卯，調陳用敷為湖北巡撫，惠齡為安徽巡撫。辛巳，釋恆秀罪。
十一月丙戌，以河南扶溝縣知縣劉清鼐疏防劉之協潛逃，革逮，穆和藺下部嚴議。壬辰，免山東臨清等州縣本年漕賦。壬寅，命富綱署刑部尚書。甲辰，穆和藺褫職，發烏魯木齊效力。以阿精阿為河南巡撫。
十二月丙辰，普免各省積年逋賦。丙子，吏部尚書金簡卒，以保寧代之。以明亮為伊犁將軍。戊寅，命舒亮為黑龍江將軍。改綏遠城將軍圖桑阿為西安將軍，以永琨代之。
六十年春正月甲申朔，日食，免朝賀。乙酉，賑直隷天津等二十州縣、河南汲縣等十四縣、山東臨清等十州縣上年被水貧民有差。丙戌，召蘇淩阿來京，調福寧為兩江總督，復以畢沅為湖廣總督，玉德為山東巡撫。戊子，調陳用敷為貴州巡撫，英善為湖北巡撫，畢沅兼署。乙未，以固倫額駙豐紳殷德為內務府大臣。辛醜，免山東積年逋賦。庚戌，免江蘇積年逋賦。免江西應緩徵銀穀。
二月癸醜朔，免廣東積年逋賦。陳用敷以查拏要犯劉之協辦理錯謬，褫職逮問。調姚棻為貴州巡撫，以成林為廣西巡撫。丙辰，免陝西積年逋賦。貴州松桃苗匪石柳鄧等、湖南永綏苗匪石三保等作亂。戊午，湖南苗匪陷乾州，同知宋如椿等死之。命福康安往剿，畢沅駐常德籌辦糧餉。庚申，以大學士阿桂等書上諭不能稱旨，停甄敘，侍郎成策等下部議處。予總督福康安等議敘。辛酉，貴州苗匪圍鎮遠鎮總兵珠隆阿於正大營。免奉天廣寧、錦州旗地逋賦。免甘肅皋蘭等四十五州縣積年逋賦。丙寅，命四川總督和琳赴酉陽州備苗，孫士毅仍留四川辦理報銷。丁卯，免浙江積年民地灶地逋賦。己巳，苗匪陷永綏鴉酉寨，鎮筸鎮總兵明安圖等死之。辛未，湖南永順苗匪張廷仲等作亂，擾保靖、瀘溪。丙子，免安徽積年逋賦。壬午，貴州苗匪擾思南、印江一帶，竄入四川秀山。福康安赴銅仁督剿。命德楞泰領巴圖魯侍衛等赴貴州軍營。
閏二月乙酉，福康安奏解正大營之圍。壬辰，馮光熊留為貴州巡撫，調姚棻為雲南巡撫。以苗匪亂，免貴州銅仁府屬松桃、正大等處額賦。乙未，上詣東陵，免經過地方錢糧十分之三。戊戌，上謁昭西陵、孝陵、孝東陵、景陵。己亥，福康安奏解嗅腦圍。乙巳，福康安奏攻克石城，剿除岩洞苗匪。丁未，上謁泰陵、泰東陵，尊孝賢皇後陵。免兩淮場灶積欠。戊申，福康安奏解松桃之圍。
三月乙卯，和琳奏肅清秀山後路，命往松桃與福康安會剿。以孫士毅署四川總督。己未，福康安奏殄除長沖、卡落苗匪，進兵楚境。命額勒登保迅赴福康安軍營。己卯，福康安奏解湖南永綏匪圍。
夏四月辛卯，台灣彰化匪徒陳周全等作亂，陷縣城，尋復之。癸巳，竇光鼐以會試衡文失當，降調。以硃珪為左都禦史，仍留廣東巡撫任。己亥，以魁倫劾洋盜肆行，命浦霖來京候旨，調姚棻為福建巡撫，以魁倫署之，江蘭為雲南巡撫。庚子，賜王以銜等一百十一人進士及第出身有差。癸卯，賞會試薦卷文理較優之舉人徐炘、傅淦、李端內閣中書。戊申，上詣廣潤祠祈雨。是夜，雨。丁未，免貴州官兵經過地方本年額賦有差。福康安等奏克黃瓜寨。己酉，以福寧、惠齡經理湖南軍務未竣，命蘇淩阿仍署兩江總督，費淳為安徽巡撫。庚戌，免福建龍溪等四縣上年水災額賦有差。匪首陳周全等伏誅。
五月丙辰，上幸避暑山莊。伍拉納、浦霖以辦理災賑不善，褫職鞫治。命魁倫兼署閩浙總督。免經過地方本年錢糧十分之三。丁巳，調費淳為江蘇巡撫，仍留惠齡為安徽巡撫。福康安等奏克構皮寨及蘇皮寨等處。調福康安為閩浙總督，勒保為四川總督。以宜綿為陝甘總督。壬戌，上駐蹕避暑山莊。甲子，以福建倉庫虧缺查實，申飭科道無人奏及，並命嗣後陳奏地方重大事件，毋忝言責。召阿精阿來京，以景安為河南巡撫。丁卯，召惠齡來京，以汪新為安徽巡撫。戊辰，命蘇淩阿駐清江浦，兼署江蘇巡撫。辛未，以於敏中營私玷職，褫輕車都尉世職。
六月壬午，以湖南苗匪擾鎮筸後路，諭責福寧怯懦，劉君輔株守。命惠齡仍署湖北巡撫。戊子，以旱命刑部清理庶獄，減徒以下罪，承德府如之。庚寅，福康安等奏克沙兜、多喜等處苗寨。乙未，賑廣東南海等縣水災。戊申，姚棻以質訊解任，命魁倫兼署福建巡撫，長麟署閩浙總督。
秋七月庚申，德明以罣累滋陽縣知縣陳照自縊，論絞。乙醜，免湖北江陵等十二州縣衛上年水災額賦。丙寅，以福康安等奏連克苗寨，渡大烏草河，賚珍物。壬申，哲布尊丹巴呼圖克圖等入覲，召見賜茶。
八月壬午，調永琨為烏里雅蘇台將軍，恆瑞為綏遠城將軍。癸未，賜南掌國王召溫猛、緬甸國王孟隕敕諭，均賚文綺。丙申，允兵部尚書劉瓘乞休，以硃珪代之，仍留廣東巡撫任。以金士松為左都禦史。丁未，免直隷通州等五十二州縣積欠旗租。福康安等進駐楊柳坪。
