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閏二月戊申朔，湖南餘寇牛萬才率所部降。庚戌，封和碩鄭親王濟爾哈朗子濟度為多羅簡郡王，勒度為多羅敏郡王。甲寅，諭曰：「國家紀綱，首重廉吏。邇來有司貪汙成習，百姓失所，殊違朕心。總督巡撫，任大責重，全在舉劾得當，使有司知所勸懲。今所舉多冒濫，所劾多微員，大貪大惡乃徇縱之，何補吏治？吏部其詳察以聞。」調黨崇雅為戶部尚書，金之俊為兵部尚書，劉餘祐為刑部尚書，謝啟光為工部尚書。免祥符等六縣七年災賦。乙卯，進封碩塞為和碩承澤親王。諭曰：「榷關之設，國家藉以通商，非苦之也。稅關官吏，擾民行私，無異劫奪。朕灼知商民之苦。今後每關設官一員，悉裁冗濫，並不得妄咨勤勞，更與銓補。」丙辰，諭督撫甄別有司才德並優兼通文義者擢之，不識文義任役作奸者黜之，吏部授官校試文義不通者除名。己未，總兵官許爾顯克肇慶、羅定，徐成功克高州。禁喇嘛貢佛像、銅塔及番犬。壬戌，幽阿濟格於別室，籍其家，削貝子勞親爵為庶人。乙醜，大學士馮銓、尚書謝啟光等以罪免。諭曰：「國家設官，必公忠自矢，方能裨益生民，共襄盛治。朕親政以來，屢下詔令，嘉與更始。乃部院諸臣因仍前弊，持祿養交。朕親行黜陟，與天下見之。自今以後，其淬礪前非，各盡厥職。若仍上下交欺，法必不貸。」丙寅，諭曰：「各省土寇，本皆吾民，迫於饑寒，因而為亂。年來屢經撲剿，而管兵將領，殺良冒功，真盜未殲，民乃荼毒，朕深痛之。嗣後各督撫宜剿撫並施，勿藉捕擾民，以稱朕意。」丁卯，孔有德克梧州、柳州。戊辰，大學士洪承疇兼都察院左都禦史，陳之遴為禮部尚書，張鳳翔為工部尚書。己巳，裁江南、陝西督餉侍郎，淮安總理漕運侍郎。庚午，固山額真阿喇善等剿山東賊。壬申，免涿、良鄉等十三州縣圈地。乙亥，定阿附多爾袞諸臣罪，剛林、祁充格俱坐罪。丁醜，諭曰：「故明宗籓，前以恣行不軌，多被誅戮，朕甚憫焉。自後有流移失所甘心投誠者，有司禮送京師，加恩畜養。鎮國將軍以下，即其地占籍為民，各安厥業。」免宛平災賦。
三月壬午，端重親王博洛、敬謹親王尼堪以罪降郡王。癸未，命諸王、貝勒、貝子分管六部、理籓院、都察院事。乙酉，湖南保、靖、永順等土司來歸。丙戌，免武強上年災賦。己醜，以希福為弘文院大學士，陳泰為國史院大學士。改李率泰為弘文院大學士，寧完我為國史院大學士。以噶達渾為都察院承政，硃瑪喇為吏部尚書，雅賴為戶部尚書，譚布為工部尚書，藍拜為鑲藍旗滿洲固山額真。辛卯，定王公朝集例。壬辰，定襲爵例。癸巳，諭曰：「禦史巡方，職在安民察吏。向來所差禦史，苞苴請託，身已失檢，何由察吏？吏不能察，民何以安？今後各宜洗濯自新，務盡職事，並許督撫糾舉，都察院考覈以聞。」癸卯，定齋戒例。丙午，許滿洲、蒙古、漢軍子弟科舉，依甲第除授。
夏四月庚戌，詔行幸所過，有司不得進獻。遣官祭嶽鎮海瀆、帝王陵寢、先師孔子闕裡。土賊羅榮等犯虔州，副將楊遇明討擒之。乙卯，幸沙河。辛酉，次赤城。以王文奎總督漕運。甲子，次上都。丙寅，翁牛特部杜棱郡王等來朝。己巳，次俄爾峒。庚午，免朝鮮歲貢柑、柚、石榴。巴林部固倫額駙色布騰郡王等來朝。命故靖南王耿仲明子繼茂襲爵。辛未，還次上都河。壬申，次俄爾峒河。
五月丁醜朔，次謨護裡伊劄裡河。夏一鶚擊明唐王故將傅鼎銓等，追入福建，擒鼎銓等斬之。辛巳，次庫爾奇勒河。壬午，烏硃穆秦部貝勒塞棱額爾德尼等來朝。乙酉，次西喇塔。調噶達渾為戶部尚書。以覺善為都察院承政，綽貝為鑲白旗蒙古固山額真。壬辰，次孫河。癸巳，還宮。丙申，免英山五年至七年荒逋賦。庚子，復博洛、尼堪親王爵。甲辰，禦史張煊以奏劾尚書陳名夏論死。
六月丙午朔，幸南苑。官軍破陝西賊何柴山等於雒南。丁巳，阿喇善擊山東盈河山賊，平之。壬戌，罷太和山貢符篆、黃精。乙醜，定諸陵壇廟祀典。庚午，諭曰：「朕以有司貪虐，命督撫察劾。乃閲四五月之久而未奏聞。毋乃受賕徇私，為有司所制，或勢要挾持，不敢彈劾歟？此盜賊所由滋，而黎民無起色也。其即奉行前詔，直陳無隱。」辛未，詔故明神宗陵如十二陵，以時致祭，仍設守陵戶。廣東官軍復廉州及永安等十二縣。壬申，命修繕祖陵，設守戶，定祭禮，復朝日、夕月禮。
秋七月丙子朔，諭曰：「比者投充漢人，生事害民，朕甚恨之。夫供賦役者編氓也，投充者奴隷也。今反厚奴隷而薄編氓，如國家元氣及法紀何？其自朕包衣牛錄，下至王公諸臣投充人，有犯法者，嚴治其罪，知情者連坐。前有司責治投充人，至獲罪譴。今後與齊民同罰，庶無異視。使天下鹹知朕意。」又諭曰：「大小臣工，皆朝廷職官，待之以禮，則朝廷益尊。今在京滿、漢諸臣犯罪，有未奉旨革職輒提取審問者，殊乖大體。嗣後各衙門遇官員有犯，或被告訐，皆先請旨革職，然後送刑部審問，毋得徑行提審，著為令。」戊子，大學士陳泰、李率泰以罪免。以雅秦為內國史院大學士，杜爾德為議政大臣。乙未，幸南苑。己亥，以陳名夏為內弘文院大學士。
八月丙午朔，上還宮。丁未，科爾沁卓禮克圖親王吳克善來朝。己酉，副將許武光請括天下藏金充餉。上曰：「帝王生財之道，在節用愛民。掘地求金，自古未有。」命逐去之。乙卯，以趙開心為左都禦史。定順天鄉試滿洲、蒙古為一榜，漢軍、漢人為一榜，會試、殿試如之。戊午，冊立科爾沁卓禮克圖親王吳克善女博爾濟錦氏為皇後。壬戌，更定馬步軍經制。吏部尚書譚泰有罪，伏誅，籍其家。乙酉，大婚禮成，加上太後尊號為昭聖慈壽恭簡皇太後。丙寅，禦殿受賀，頒恩赦。戊辰，追復肅親王豪格爵。己巳，詔天下歲貢物產不便於民者悉罷之。癸酉，陳錦、金礪等追故明魯王於舟山，獲其將阮進。
九月庚辰，定朝儀。壬午，命平西王吳三桂征四川。陳錦、金礪克舟山，故明魯王遁走。丙戌，雅賴、譚布、覺善免，以卓羅為吏部尚書，車克為戶部尚書，藍拜為工部尚書，俄羅塞臣為都察院左都禦史，趙國祚為鑲紅旗漢軍固山額真。封阿霸垓部都司噶爾為郡王。固山額真噶達渾征鄂爾多斯部多爾濟。丁亥，除永平四關荒屯賦。壬辰，改承天門為天安門。癸巳，上獵於近郊。辛醜，還宮。癸卯，喀爾喀部土謝圖汗、車臣汗、塞臣汗等來貢。
冬十月己酉，以和碩承澤親王碩塞、多羅謙郡王瓦克達為議政王。辛亥，免宣府災賦。丁巳，以額色黑為國史院大學士。庚申，賜阿濟格死。辛酉，李國翰會吳三桂征四川。以馬光輝為直隷山東河南總督。甲子，免諸王三大節進珠、貂、鞍馬及衍聖公、宣、大各鎮歲進馬。乙醜，封肇祖、興祖陵山曰啟運山，景祖、顯祖陵山曰積慶山，福陵山曰天柱山，昭陵山曰隆業山。是日，啟運山慶雲見。
十一月乙亥朔，皇第一子牛鈕生。丙子，於大海率所部至夷陵請降。丙戌，尚可喜克雷州。乙未，免平陽、潞安二府，澤、遼、沁三州上年災賦。戊戌，以伊爾德為正黃旗滿洲固山額真，佟圖賴為正藍旗漢軍固山額真。庚子，免陽曲等四縣上年災賦。壬寅，免寧晉荒賦。
十二月丙午，免桐城等四縣上年荒賦。丁卯，以周國佐為江寧巡撫。
是年，朝鮮，厄魯特部額爾德尼台吉、昆都倫吳巴什、阿巴賴，喀爾喀部土謝圖汗、車臣汗、塞臣汗、顧實汗、台吉吳巴什，達賴喇嘛俱來貢。
九年春正月癸酉朔，上幸南苑。辛巳，以陳泰為禮部尚書。壬午，大學士陳名夏以罪免。雪張煊冤，命禮部議恤。京師地震。乙酉，以陳維新為廣西巡撫。壬寅，皇第一子牛鈕薨。
二月丁未，以祜錫布為鑲紅旗滿洲固山額真。噶達渾等討鄂爾多斯部多爾濟等於賀蘭山，殲之。戊申，和碩巽親王滿達海薨，追封和碩簡親王。庚戌，頒六諭臥碑文於天下。庚申，加封鄭親王濟爾哈朗為叔和碩鄭親王。辛酉，以陳之遴為弘文院大學士，孫茂蘭為寧夏巡撫。
