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第一，我們對於任何一種生物的全部機構的知識太缺乏，以致不能說明什麼樣的輕微變異是重要的或是不重要的。在以前的一章裡我曾舉出過微細性狀的一些事例，如果實上的茸毛，果肉的顏色，四足獸的皮和毛的顏色，它們由於與體質的差異相關，或與決定昆蟲是否來攻擊相關，確實能受自然選擇的作用。長頸鹿的尾巴，宛如人造的蠅拂；說它適于現在的用途是經過連續的、微細的變異，每次變異都更適合于像趕掉蒼蠅那樣的瑣事，起初看來，似乎是不能相信的；然而甚至在這種情形裡，要作肯定之前亦應稍加考慮，因為我們知道，在南美洲，牛和其他動物的分佈和生存完全決定於抗拒昆蟲攻擊的力量；結果，無論用什麼方法只要能防避這等小敵害的個體，就能蔓延到新牧場，而獲得巨大優勢。並不是這些大形的四足獸實際上會被蒼蠅消滅（除卻一些很少的例外），而是它們連續地被攪擾，體力便會降低，結果，比較容易得病，或者在饑荒到來的時候不能那麼有效地找尋食物，或者逃避食肉獸的攻擊。
現在不很重要的器官，在某些情形裡，對於早期的祖先大概是高度重要的，這些器官在以前的一個時期慢慢地完善化了之後，雖然現在已經用處極少了，仍以几乎相同的狀態傳遞給現存的物種；但是它們在構造上的任何實際的有害偏差，當然也要受到自然選擇的抑止。看到尾巴在大多數水棲動物裡是何等重要的運動器官，大概就可以這樣去解釋它在多數陸棲動物（從肺或變異了的鰾表示出它們的水棲起源）裡的一般存在和多種用途。一條充分發達的尾如在一種水棲動物裡形成，其後它大概可以有各種各樣的用途，——例如作為蠅拂，作為握持器官，或者像狗尾那樣地幫助轉彎，雖然尾在幫助轉彎上用處很小，因為山兔（bare）几乎沒有尾巴，卻能更加迅速地轉彎。
第二，我們很容易誤認某些性狀的重要性，並且很容易誤信它們是通過自然選擇而發展起來的。我們千萬不可忽視：變化了的生活條件的一定作用所產生的效果，——似乎與外界條件少有關係的所謂自發變異所產生的效果，——復現久已亡失的性狀的傾向所產生的效果，——諸如相關作用、補償作用、一部分壓迫另一部分等等複雜的生長法則所產生的效果，——最後還有性選擇所產生的效果，通過這一選擇，常常獲得對於某一性的有用性狀，並能把它們多少完全地傳遞給另一性，雖然這些性狀對於另一性毫無用處。但是這樣間接獲得的構造，雖然在起初對於一個物種並沒有什麼利益，此後卻會被它的變異了的後代在新的生活條件下和新獲得的習性裡所利用。
如果只有綠色的啄木鳥生存着，如果我們不知道還有許多種黑色的和雜色的啄木鳥，我敢說我們一定會以為綠色是一種美妙的適應，使這種頻繁往來于樹木之間的鳥得以在敵害面前隱蔽自己；結果就會認為這是一種重要的性狀，並且是通過自然選擇而獲得的；其實這顏色大概主要是通過性選擇而獲得的。馬來群島有一種藤棕擱（trailingpalm），它依靠叢生在枝端的構造精緻的鈎，攀緣那聳立的最高的樹木，這種裝置，對於這植物無疑是極有用處的；但是我們在許多非攀緣性的樹上也看到極相似的鈎，並且從非洲和南美洲的生刺物種的分佈看來，有理由相信這些鈎本來是用作防禦草食獸的，所以藤棕櫚的刺最初可能也是為著這種目的而發展的，後來當那植物進一步發生了變異並且變成攀緣植物的時候，刺就被改良和利用了。禿鷲（vulture）頭上裸出的皮，普通被認為是為了沉溺于腐敗物的一種直接適應；也許是這樣，或者也許可能是由於腐敗物質的直接作用；但是當我們看到吃清潔食物的雄火鷄的頭皮也這樣裸出時，我們要作任何這樣的推論就要很慎重了。幼小哺乳動物的頭骨上的縫曾被認為是幫助產出的美妙適應，毫無疑問，這能使生產容易，也許這是為生產所必須的；但是，幼小的鳥和爬蟲不過是從破裂蛋殼裡爬出來的，而它們的頭骨也有縫，所以我們可以推想這種構造的發生系由於生長法則，不過高等動物把它利用在生產上罷了。
對於每一輕微變異或個體差異的原因，我們是深刻無知的；我們只要想一下各地家養動物品種間的差異，——特別是在文明較低的國家裡，那裡還極少施用有計劃的選擇，——就會立刻意識到這一點。各地未開化人所養育的動物還常常須要為自己的生存而鬥爭，並且它們在某種程度上是暴露在自然選擇作用之下的，同時體質稍微不同的個體，在不同的氣候下最能得到成功。牛對於蠅的攻擊的感受性，猶如對於某些植物的毒性的感受性，與體色相關；所以甚至顏色也是這樣服從自然選擇的作用的。某些觀察者相信潮濕氣候會影響毛的生長，而角又與毛相關。
高山品種常與低地品種有差異；多山的地方大概對後腿有影響，因為它們在那裡使用後腿較多，骨盤的形狀甚至也可能因此受到影響；於是，根據同源變異的法則，前肢和頭部大概也要受到影響。還有，骨盤的形狀可能因壓力而影響子宮裡小牛的某些部分的形狀。在高的地區必需費力呼吸，我們有可靠的理由相信，這使胸部有增大的傾向；而且相關作用在這裡又發生了效力。少運動和豐富的食物對於整個體制的影響大概更加重要；馮那修西亞斯（H.vonNathusius）最近在他的優秀的論文裡曾闡明，這顯然是豬的品種發生巨大變異的一個主要原園。
