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但是可以提出反對意見：如果一切生物，既然在等級上都是這樣傾向上升，為什麼全世界還有許多最低等類型依然存在？在每個大的綱裡，為什麼有一些類型遠比其他類型更為發達？為什麼更高度發達的類型，沒有到處取代較低等類型的地位並消滅它們呢？拉馬克相信一切生物都內在地和必然地傾向于完善化，因而他強烈地感到了這個問題是非常難解的，以致他不得不假定新的和簡單的類型可以不斷地自然發生。現在科學還沒有證明這種信念的正確性，將來怎麼樣就不得而知了。根據我們的理論，低等生物的繼續存在是不難解釋的；因為自然選擇即最適者生存，不一定包含進步性的發展——自然選擇只利用對於生物在其複雜生活關係中有利的那些變異。那末可以問，高等構造對於一種浸液小蟲（infusoriananinlcule），以及對於一種腸寄生蟲，甚至對於一種蚯蚓，照我們所能知道的，究有什麼利益？如果沒有利益，這些類型便不會通過自然選擇有所改進，或者很少有所改進，而且可能保持它們今日那樣的低等狀態到無限時期。
地質學告訴我們，有些最低等類型，如浸液小蟲和根足蟲（rhizopods），已在極長久的時期中，差不多保持了今日的狀態。但是，如果假定許多今日生存着的低等類型，大多數自從生命的黎明初期以來就絲毫沒有進步，也是極端輕率的；因為每一個曾經解剖過現今被列為最低等生物的博物學者們，沒有不被它們的確係奇異而美妙的體制所打動。
如果我們看一看一個大群裡的各級不同體制，就可以知道同樣的論點差不多也是可以應用的；例如、在脊推動物中，哺乳動物和魚類並存；在哺乳動物中，人類和鴨嘴獸並存；在魚類中，沙魚和文昌魚（Amphioxus）並存，後一種動物的構造極其簡單，與無脊椎動物很接近。但是，哺乳動物和魚類彼此沒有什麼可以競爭的；哺乳動物全綱進步到最高級，或者這一綱的某些成員進步到最高級，並不會取魚的地位而代之。生理學家相信，腦必須有熱血的灌注才能高度活動，因此必須進行空氣呼吸；所以，溫血的哺乳動物如果棲息于水中，就必須常到水面來呼吸，很不便利。關於魚類，沙魚科的魚不會有取代文昌魚的傾向，因為我聽弗裡茨·米勒說過，文昌魚在巴西南部荒蕪沙岸旁的唯一夥伴和競爭者是一種。
奇異的環蟲（annelid）。哺乳類中三個最低等的目，即有袋類、貧齒類和嚙齒類，在南美洲和大量猴子在同一處地方共存，它們彼此大概很少衝突。總而言之，全世界生物的體制雖然都進步了，而且現在還在進步着，但是在等級上將會永遠呈現許多不同程度的完善化；因為某些整個綱或者每一綱中的某些成員的高度進步，完全沒有必要使那些不與它們密切競爭的類群歸於絶滅。在某些情形裡，我們以後還要看到，體制低等的類型，由於棲息在侷限的或者特別的區域內，還保存到今日，它們在那裡遭遇到的競爭較不劇烈，而且在那裡由於它們的成員稀少，阻礙了發生有利變異的機會。
最後，我相信，許多體制低等的類型現在還生存在世界上，是有多種原因的。在某些情形裡，有利性質的變異或個體差異從未發生，因而自然選擇不能發生作用而加以積累。大概在一切情形裡，人對於最大可能的發展量，沒有足夠的時間。在某些少數情形裡，體制起了我們所謂的退化。
但主要的原因是在於這樣的事實，即在極簡單的生活條件下，高等體制沒有用處——或者竟會有害處，因為體制愈纖細，就愈不容易受調節，就愈容易損壞。
再來看一下生命的黎明初期，那時候一切生物的構造，我們可以相信都是極簡單的，於是可以問：身體各部分的進步即分化的第一步驟是怎樣發生的呢？赫伯特·斯潘塞先生大概會答覆說，當簡單的單細胞生物一旦由於生長或分裂而成為多細胞的集合體時，或者附着在任何支持物體的表面時，他的法則「任何等級的同型單位，按照它們和自然力變化的關係，而比例地進行分化」，就發生作用了。但是，既沒有事實指導我們，只在這一題目上空想，几乎是沒有什麼用處的。但是，如果假定，在許多類型產生以前，沒有生存競爭因而沒有自然選擇，就會陷入錯誤的境地：生長在隔離地區內的一個單獨物種所發生的變異可能是有利的，這樣，全部個體就可能發生變異，或者，兩個不同的類型就可能產生，但我在《緒論》將結束時曾經說過，如果承認我們對於現今生存千世界上的生物間的相互關係極其無知，並且對於過去時代的情形尤其如此，那末關於物種起源問題還有許多不能得到解釋的地方，便不會有人覺得奇怪了。
性狀的趨同
H.C.沃森先生認為我把性狀分歧的重要性估計得過高了（雖然他分明是相信性狀分歧的作用的），並且認為所謂性狀趨同同樣也有一部分作用。如果有不同屬的但系近屬的兩個物種，都產生了許多分歧新類型，那末可以設想，這些類型可能彼此很接近，以致可以把它們分類在一個屬裡；這樣，兩個不同屬的後代就合二而成為一屬了。就大不相同的類型的變異了的後代來說，把它們的構造的接近和一般相似歸因于性狀的趨同，在大多數場合裡都是極端輕率的。結晶體的形態，僅由分子的力量來決定，因此，不同的物質有時會呈現相同的形態是沒有什麼奇怪的。
