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有幾位著者誤解了或者反對「自然選擇」這一用語。有些人甚至想像自然選擇可以誘發變異，其實它只能保存已經發生的、對生物在其生活條件下有利的那些變異而已。沒有人反對農學家所說的人工選擇的巨大效果；不過在這種情形下，必須先有自然界發生出來的個體差異，然後人類才能依照某種目的而加以選擇。還有一些人反對選擇這一用語，認為它含有這樣的意義：被改變的動物能夠進行有意識的選擇；甚至極力主張植物既然沒有意志作用，自然選擇就不能應用於它們！照字面講，沒有疑問，自然選擇這一用語是不確切的；然而誰曾反對過化學家所說的各種元素有選擇的親和力呢？嚴格地實在不能說一種酸選擇了它願意化合的那種鹽基。
有人說我把自然選擇說成為一種動力或「神力」；然而有誰反對過一位著者說萬有引力控制着行星的運行呢？每一個人都知道這種比喻的言同包含着什麼意義；為了簡單明了起見，這種名詞几乎是必要的，還有，避免「自然」一字的擬人化是困難的；但我所謂的「自然」只是指許多自然法則的綜合作用及其產物而言，而法則則是我們所確定的各種事物的因果關係。只要稍微熟習一下，這些膚淺的反對論調就會被忘在腦後了。
對正在經歷着某些輕微物理變化、如氣候變化的一處地方加以研究，我們將會極好地理解自然選擇的大致過程。氣候一發生變化，那裡的生物比例數几乎即刻就要發生變化，有些物種大概會絶滅，從我們所知道的各地生物的密切而複雜的關係看來，可以得出如下的結論：即使撇開氣候的變化不談，生物的比例數如果發生任何變化，也會嚴重地影響其他生物。如果那地區的邊界是開放的，則新類型必然要遷移進去，這就會嚴重地擾亂某些原有生物間的關係。請記住：從外地引進來一種樹或一種哺乳動物的影響是何等有力；對此已有所闡明。
但是，在一個島上，或在一處被障礙物部分環繞的地方，如果善於適應的新類型不能自由移入，則該處的自然組成中就會騰出一些地位，這時如果某些原有生物按照某種途徑發生了改變，它們肯定會把那裡填充起來；因為如果那區域允許自由移入，則外來生物早該取得那裡的地位了。在這種情形下，凡輕微的變異，只要在任何方面對任何物種的個體有利，使它們能夠更好地去適應改變了的外界條件，就有被保存下來的傾向；於是自然選擇在改進生物的工作上就有餘地了。
正如第一章所闡明的，我們有充足的理由可以相信，生活條件的變化，有使變異性增加的傾向；在上節所述的情形中，外界條件既變，有利變異發生的機會便會漸多，這對自然選擇顯然大大有利。如果沒有有利變異發生，自然選擇便不能發生作用，切勿忘記，「變異」這一名詞所包含的僅僅是個體差異。人類把個體差異按照任何既定的方向積累起來，就能使家養的動物和植物產生巨大的結果，同樣地，自然選擇也能夠這樣做，而且容易得多，岡為它有不可比擬的長久期間去發生作用。我不相信必須有任何巨大的物理變化，例如氣候的變化，或者高度的隔離以阻礙移入，藉以騰出一些新的空位，然後自然選擇才能改進某些變異着的生物，而使它們填充進去。
因為各地區的一切生物都以嚴密的平衡力量互相鬥爭着，一個物種的構造或習性發生了極細微的變異，常會使它比別種生物占優勢；只要這個物種繼續生活在同樣的生活條件下，並已以同樣的生存和防禦的手段獲得利益，則同樣的變異就會愈益發展，而常常會使其優勢愈益增大。還沒有一處地方。在那裡一切本地生物現已完全相互適應，而且對於它們所生活于其中的物理條件也完全適應，以致它們之中沒有，一個不能適應得更好一些或改進得更多一些；因為在一切地方，外來生物常常戰勝本地生物，並且堅定地佔據這片土地。外來生物既能這樣在各地戰勝某些本地生物，我們就可以穩妥地斷言：本地生物也會發生有利的變異，以便更好地抵抗那些侵入者。
人類用有計劃的和無意識的選擇方法，能夠產生出而且的確已經產生了偉大的結果，為什麼自然選擇不能發生效果呢？人類只能作用於外在的和可見的性狀：「自然」——如果允許我把自然保存或最適者生存加以擬人化——並不關心外貌，除非這些外貌對於生物是有用的。「自然」能對各種內部器官、各種微細的體質差異以及生命的整個機構發生作用。人類只為自己的利益而進行選擇：「自然」則只為被她保護的生物本身的利益而進行選擇。各種被選擇的性狀，正如它們被選擇的事實所指出的，都充分地受着自然的鍛鍊。
人類把多種生長在不同氣候下的生物養在同一個地方；他很少用某種特殊的和適宜的方法來鍛鍊各個被選擇出來的性狀；他用同樣的食物飼養長嗤和短椽的鴿；他不用特別的方法去訓練長背的或長腳的四足獸；他把長毛的和短毛的綿羊養在同一種氣候裡。他不允許最強壯的諸雄體進行鬥爭，去佔有雌性。他並不嚴格地把一切劣等品質的動物都毀滅掉，而在力之所及的範圍內，在各個不同季節裡，保護他的一切生物。他往往根據某些半畸形的類型，開始選擇；或者至少根據某些足以引起他注意的顯著變異，或明顯對他有利的變異，才開始選擇。
