當野蠻人入侵地方省份、當勝利的軍團在貝利薩留和納爾塞斯的旗幟下前進的時候，不為軍營的人所知的圖拉真的繼承人卻滿足於作為一個宗教會議的首領進行征服。如果查士丁尼曾往這些會議上邀請過一個不懷私心、通情達理的聽眾，那他也許就會明白，“宗教爭論是傲慢和愚昧的產物；最值得推崇的真正的虔誠只能靠沉默和順從來表達；對自身的本性都毫無所知的人類根本就不應妄圖探討神的性質；以及，我們只要知道力量和仁慈是神的最完美的屬性也就完全夠了。
”寬容不是當時所推崇的美德，縱容叛亂分子更從來不是皇帝的脾性，但當皇帝降格成為一個心胸狹窄、脾氣暴躁的論爭者的時候，他卻很容易在被激怒的情況下，使用他的全部威力以補充理論的不足，而且對那些有意閉眼不看一些明明白白的道理的頑固分子毫不憐惜地予以懲罰。查士丁尼的統治雖變換着花樣，但始終離不開對人民進行迫害一條；他似乎在巧立法律名目和對法律的嚴厲執行方面都遠遠超過了他的那些懶散的前代皇帝。
對所有異端分子都規定在短短
3個月中或者改變信仰，或者將被流放；如果他還聽任他們勉強停留下來，那他們，在他的鐵腕統治之下，將不但失去社會對個體的一切福利，同時還將被剝奪掉天生為人和基督教徒的權利。在將近
400年的時間之後，弗裡吉亞的蒙特魯派還依然顯露出他們從聖靈的特殊喉舌，他們的男女使徒那裡得來的追求完美和先知的狂熱情緒。在正統基督教的教士和士兵臨近的時候，他們敏捷地抓住了殉教者的桂冠；會所和會眾全在烈焰中化為灰燼，而且這種原始的狂熱分子甚至在他們的暴君死去
300年後還沒有完全消滅。在正統基督教同盟者的庇護之下，君士坦丁堡的阿里烏斯派曾置嚴厲的法律于不顧：他們的教士在財富和闊綽方面與元老們不相上下；而查士丁尼的貪婪的雙手所聚集的金銀財寶也許完全可以說是對地方各省的掠奪和對野蠻人的搶劫。一群仍然藏匿在人類生活最高雅、最樸實的環境中的異教的秘密殘存者激起了基督教徒的憤怒，他們也許是極不願意有任何局外人成為他們的內部紛爭的見證。一位主教被推定為教徒信念的考察者，他的努力很快便在宮廷和城市中發現了一些仍然抱著希臘迷信不放的行政官員、法律工作人員、醫生和詭辯家。他們立即得到嚴厲的通知，他們必須刻不容緩地在惹怒朱庇特還是惹怒查士丁尼之間作出選擇，他們再也不可能，在可恥的冷漠或缺乏虔誠的假面具後面，隱藏着他們對福音的反感。
大約僅只有福提烏斯大主教決心像他的祖先一樣活着和死去：他用一隻短劍當胸一擊使自己獲得瞭解脫，留下他的暴君更無聊地厚着臉皮去揭露這個逃犯的無生意的屍體。他的意志較薄弱的弟兄們卻都對他們的塵世的君主屈服了，他們全都接受了洗禮，並以超常的熱情洗刷掉他們的偶像崇拜的嫌疑或實際罪行。
荷馬的故鄉和特洛耶戰爭的戰場仍然還保留着他的神話的最後的火花：仍是通過那一主教的努力，在亞細亞、弗裡吉亞、呂底亞和卡里亞，共發現了
7萬個異教徒，全讓他們受洗了；為這些新入教的教徒共修建了
96所教堂；亞麻法衣、聖經和聖餐用具、金器銀器全都由虔誠、慷慨的查士丁尼供給。早已被逐漸剝奪豁免權的猶太人現在更受到一項可厭的法令的壓抑，這法令規定他們必須和基督教徒在同一天裡慶祝復活節。他們可能更有理由抱怨，因為正統基督教徒他們自己也不同意他們的君主按天象計算的日期：君士坦丁堡的人民把他們開始四旬齋的起始日期比規定時間推遲了一周；他們一向樂於禁食
7天，皇帝卻下令到處賣肉。巴勒斯坦的撒馬利亞人是一個混雜的人種，一個區劃不清的派別，異教徒把他們看作是猶太人而加以排斥，猶太人把他們看作是教會分裂主義者，基督教徒更把他們看作是偶像崇拜者。可厭的十字架早已在他們的神聖的加里茲姆山上樹立起來，但查士丁尼的迫害政策留給他們的其它選擇則僅只有受洗或造反。他們選擇了後者：在一個不顧一切的領導人的指揮之下，他們拿起了武器，儘力以一群無力自衛的人民的生命財產和廟宇作為代價來尋求報復。撒馬利亞人最後被東部的正規軍鎮壓下去：
2萬人被殺，
2萬人被阿拉伯人賣給了波斯和印度的非教徒，這一不幸民族的剩餘部分則不惜公然作偽，以補償自己的叛國之罪。據估計在撒馬利亞戰爭中共有
10萬羅馬臣民被害，以致使一度繁華的省份變成了濃煙滾滾的荒野，但在查士丁尼的法令中，謀害罪不適用於對異教徒的殺害；他虔誠地一心要用火和劍建立起單一的基督教信仰。
既然帶著這種情緒，那至少他自己有責任永遠保持正確。
在他進行統治的開頭幾年，他熱情地表明自己是正統基督教的門徒和保護人；希臘人和拉丁人的和解使得聖利奧的巨着變成了皇帝和全帝國的信條；聶斯脫利派和優迪克派，在任何一邊都被置於雙重迫害之下；而分別在尼斯、君士君丁堡、以弗所和卡爾西頓舉行的四次宗教會議，全得到了一位正統基督教的立法者的明令批准。但是，在查士丁尼力求維護信仰和崇拜儀式的統一的時候，他的其罪行及其虔誠並非水火不相容的妻子提奧多拉卻一直聽命于她的一些一性論的教師；教會的公開和暗藏的敵人也便在他們的這位仁慈的女保護人的微笑聲中復活和發展起來。
於是，首都、宮廷以及夫妻共在的床榻全都因宗教信仰的分歧而分裂；然而，皇家夫婦的真誠是如此可疑，以至許多人認為他們之間的外貌的不和不過是意在反對人民的宗教和幸福的一種惡意的陰謀。那着名的實際上幾句話可以說完卻竟充斥大作巨着有關三章的爭論便充分透露出這種微妙、詭詐的精神。
現在奧利金的屍體被蛆蟲吃掉已經
300年了：他的自認為先在的靈魂已經落入到它的創造者的手中；但他的作品卻被巴勒斯坦的僧人如饑似渴地閲讀着。
在這些作品中，查士丁尼的鋭利的眼光發現了十多處形而上學的錯誤；而這位原始時代的學者，與畢達哥拉斯和柏拉圖一起，被教士們奉獻給了他曾加以否認的永恆的地獄烈火。在這個先例的掩飾之下，直對著卡爾西頓會議發動了惡毒的一擊。神甫們原來都耐心地傾聽著對莫蘇伊斯希亞的提奧多爾的讚揚；他的公正態度或縱容使得錫拉斯的提奧多雷和埃德薩的伊巴斯都重新進入了教會。但是，這幾個東部主教的人品都曾被加以崇奉異端邪說的惡名；這裡的前一個曾是聶斯脫利的老師，另外還有兩個則是他的朋友：他們的最為可疑的幾段文字曾在三章的大標題下加以批判；而對他們的英魂的指責必然牽涉到一個正統基督教世界一直以真誠或偽裝的尊崇提出它的名字的宗教會議的榮譽。不管這些主教有罪與否，如果他們在死亡的沉睡中被徹底消滅，那他們也便不會，在
100年之後，被在他們的墳頭上掀起的喧囂聲吵醒。如果他們已經落入魔鬼的毒牙之中，那任何人的努力也便已不可能減輕或加重他們的痛苦了。
